ИСТИНА

Изучение пространственных структур белков - одна из важнейших задач современной молекулярной биологии. Однако до сих пор остается открытым следующий вопрос: как по химическому составу белка, а именно, по последовательности составляющих его аминокислот, определить пространственное положение его атомов? Ответ на этот вопрос позволил бы эффективно планировать генетические воздействия, что привело бы к существенному прогрессу в медицине. Чрезвычайная важность этой проблемы приводит к необходимости привлечения к ее решению широкого круга специалистов из самых разных областей знания. В частности, для математиков имеется возможность статистического изучения уже полученных трехмерных структур белков на основе данных, собранных в Protein Data Bank. Естественно, от устройства этой базы, от удобства пользования ей, от качества выложенного там материала зависит прогресс как в теоретическом продвижении, так и в практическом применении, например, в изготовлении новых лекарств. В докладе будет рассказано о начальном шаге подготовки материала из базы Protein Data Bank для математической обработки. Уже на этом этапе выяснилось, что в базе имеются многочисленные ошибки, не отловленные до сих пор. Кроме того, было обнаружено, что некоторые устойчивые представления биологов, например, утверждение о том, что атомы пептидной группы CONH и два смежных с ней альфа-углерода лежат в одной плоскости, при этом альфа-углероды находятся в транс-конфигурации, оказываются неверными в достаточно большом числе случаев. В результате была разработана методика выделения из базы той ее части, которая представляется правдоподобной и пригодна для дальнейшего статистического исследования. Работа была выполнена совместно с Е.А.Вилкул (Тужилиной), А.О.Ивановым и А.С.Мищенко.