ИСТИНА

Рибосома представляет собой одну из самых больших, сложных и жизненно важных органелл клетки. Эта молекулярная машина присутствует во всех организмах от бактерий до человека и выполняет функцию считывания генетической информации с матричной РНК и синтеза белка. Подобная ключевая роль рибосомы в жизнедеятельности клетки, а также различия в структурах эукариотической и бактериальной рибосом, делают ее привлекательной мишенью для действия антибиотиков. Несмотря на существование уже известных антибактериальных средств, многие микроорганизмы довольно быстро вырабатывают резистентность к целым группам препаратов, и поэтому задача разработки новых антибиотиков остается актуальной и в настоящее время. В данной работе построены молекулярные модели эукариотической и бактериальной рибосом на основании рентгеноструктурных данных. В качестве активных центров связывания новых ингибиторов выбраны два участка: участок связывания антибиотика амикумацин, и участок связывания деацетилированной транспортной РНК. С помощью программы докинга SOL проведен докинг и расчет энергий связывания для уже известных антибиотиков (амикумацин, циклогексимид, лактимидомицин). Результаты работы программы SOL сравнены с аналогичными результатами, полученными в программе докинга DOCK. Также проведен скрининг баз данных готовых соединений с целью поиска кандидатов в новые потенциальные антибактериальные препараты. Работа поддержана грантом Российского Научного фонда №15-11-00025 «Суперкомпьютерное моделирование межмолекулярных взаимодействий для борьбы с инфекционными заболеваниями» . Литература: 1) Polikanov Y.S, Osterman I.A., Szal T., Tashlitsky V.N., Serebryakova M.V., Kusochek P., Bulkley D., Malanicheva I.A., Efimenko T.A., Efremenkova O.V., Konevega A.L., Shaw K.J., Bogdanov A.A., Rodnina M.V., Dontsova O.A., Mankin A.S., Steitz T.A., Sergiev P.V. Amicoumacin A Inhibits Translation by Stabilizing mRNA Interaction with the Ribosome // Mol Cell. 2014; 56(4):531-40. 2) Garreau de Loubresse N., Prokhorova I., Holtkamp W., Rodnina M.V., Yusupova G., Yusupov M. Structural basis for the inhibition of the eukaryotic ribosome // Nature. 2014; 513(7519):517-22.