ИСТИНА

Узнавание промоторов и инициация транскрипции в клетках бактерий происходит при участии специального фактора инициации – сигма-субъединицы РНК-полимеразы (РНКП). В клетках Escherichia coli присутствует одна главная (сигма70) и шесть альтернативных сигма-субъединиц. Ранее было показано, что главная сигма70-субъединица способна вызывать паузы на стадии элонгации транскрипции, уже после разрыва контактов РНКП с промотором. Это происходит благодаря узнаванию промотор-подобных мотивов в транскрибируемой ДНК и, вероятно, играет регуляторную роль в экспрессии генов. В данной работе мы исследовали, способны ли альтернативные сигма-субъединицы E.coli, которые гомологичны сигма70, вызывать аналогичные паузы транскрипции. В результате было установлено, что сигма38-субъединица, которая участвует в экспрессии генов в стационарной фазе роста и в стрессовых условиях, индуцирует формирование пауз транскрипции в участках, содержащих последовательность -10 элемента промотора. Мы выявили, что сигма38-зависимая пауза ослабляется в присутствии Gre-факторов, которые активируют расщепление РНК в активном центре РНКП. Это указывает на то, что причиной остановки транскрипции в данном случае является обратное смещение РНКП по матрице ДНК. Нами получена мутация L117F в сигма38-субъединице, которая значительно ослабляет паузу, предположительно за счёт снижения сродства сигма38-субъединицы к кор-ферменту РНКП. С использованием методов транскрипции и футпринтинга мы показали, что сигма-38 зависимая остановка транскрипции происходит начально-транскрибируемой области клеточных промоторов ecnB и adhEp1. Так как на этих промоторах при формировании сигма-зависимых пауз РНКП закрывает сайты посадки репрессоров транскрипции, мы предполагаем, что такие паузы могут иметь значение для регуляции экспрессии этих генов. Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ № 15-34-20928.