ИСТИНА

Миксомицет Dictyostelium discoideum (диктиостелиум) – популярный модельный объект в исследованиях клеточного метаболизма, подвижности, фагоцитоза и взаимоотношений «хозяин-паразит». Сложный жизненный цикл этого организма, включающий одноклеточную и многоклеточную стадии, сделал его так же удобной моделью для исследования процессов клеточной дифференцировки и роли разнообразных транскрипционных факторов в этом процессе. Однако практически ничего не известно о том, как меняется эпигенетический статус и пространственная организация хроматина диктиостелиума в ходе превращения изначально однородной клеточной массы свободноживущих амёбоидных форм в сложноорганизованное плодовое тело, состоящее из нескольких типов узкоспециализированных клеток. Для решения этого вопроса в настоящей работе мы использовали высокопроизводительный метод фиксации конформации хромосомы (Hi-C) для картирования топологии генома, профилирование транскриптома методом РНК-сек для полногеномного определения экспрессии генов и технику ATAC-seq для выявления участков открытого хроматина на нескольких временных точках дифференцировки клеток диктиостелиума. Мы обнаружили, что на всех исследованных стадиях геном организован в эрреи коротких (10-40 т.п.н.) петель, в основаниях которых расположены конвергентно ориентированные гены. Внутренние области петель содержат гены домашнего хозяйства и прочие высоко активные гены, в то время как основания петель являются участками низкой транскрипционной активности. Компартменты и топологически-ассоциированные домены не были обнаружены в геноме диктиостелиума, выявленные петли основным мотивом укладки его хроматина на масштабе целой хромосомы. Полученные данные позволяют предполагать наличие некоего архитектурного белка, функционально родственного CTCF млекопитающих, связывание которого детерминирует положение оснований петель. Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ # 18-34-20104.