ИСТИНА

Представлены результаты по комбинированному применению для докинга классического силового поля и метода квантовой химии PM7. Сначала был проведен докинг лиганда в белок-мишень с вычислением энергии системы белок-лиганд в рамках силового поля MMFF94 с учетом растворителя. Среди нескольких сотен тысяч найденных локальных минимумов более 8 тысяч наиболее низкоэнергетических минимумов были сохранены. Эта процедура докинга была проведена для 16 тестовых комплексов, различающихся как белками, так и лигандами. На основе анализа поз и энергий лигандов в этих минимумах и их сравнения с позой и энергией локально оптимизированных кристаллических (нативных) положений лигандов сделаны выводы о применимости парадигмы докинга, позволяющей по положению глобального минимума правильно предсказать нативное положение лиганда в комплексе белок-лиганд. Показано, что для силового поля MMFF94 это сделать можно далеко не для всех исследованных комплексов. В данном исследовании показано, что последующий пересчет энергий всех найденных в силовом поле минимумов с помощью квантовохимического метода PM7, т.е. квантовохимический квази-докинг, существенно улучшает точность позиционирования, и парадигма докинга выполняется почти для всех тестовых комплексов.