ИСТИНА

Белок NEP вируса гриппа один из компонентов в составе супрамолекулярного комплекса, образующегося в процессе экспорта вирусных РНП через мембрану ядра инфицированной клетки. Только С-концевой домен (аминокислоты 64-121) был доступен для рентгеновского анализа, структурные исследования затруднены нерастворимостью белка. Мы анализировали структуру NEP совокупностью методов SAXS и online вытеснительной хроматографии (SEC-SAXS). Обнаружено присутствие двух фракций белка в растворе. Первая состояла из больших агрегатов, во второй обнаруживалось кластеры NEP, их характеристики были определены методом ab initio восстановления формы. Подобные кластеры представляют собой организованные спиралеобразные частицы, длиной ~ 20 нм и диаметром спирали ~ 5 нм, состоящие из схожих частиц (рассматриваемые как индивидуальные макромолекулы NEP) размером около 2 нм. Подобные кластеры, типичные для большинства вирусных белков, особенно для белков, взаимодействующих с мембраной. Для дополнительного изучения образования ассоциатов NEP, проведен поиск α-спиралей в структуре NEP, использована концепция неупорядоченных/неструктурированных белков, выполнено предсказание SSE с помощью программного обеспечения Psipred. Предсказание 3D структуры N-домена NEP с применением программы Scratch Protein Predict (SPP) и программного обеспечения Modeller 9.8 привело к противоречивым результатам. Предсказание структурированных (спираль) и неструктурированных фрагментов полипептидной цепи с помощью сервера RaptorX привело к почти сходимости результатов программы. Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований 16-04-00563.