ИСТИНА

В докладе была представлена новая программа филогенетической реконструкции белков, называемая PQ. Она основана на новом оригинадьном алгоритме оценки качества филогенетического дерева. Веб-интерфейс к программе доступен по адресу: http://mouse.belozersky.msu.ru/tools/pq/ . Программа тестировалась на нескольких тысячах выравниваний ортологичных белков животных, грибов и протеобактерий; выравнивания состояли из 10, 15, 30 или 45 последовательностей. Было показано, что для всех размеров выравниваний PQ превосходит по качеству реконструкции программы, основанные на принципах максимального правдоподобия и максимальной экономии. Для небольших выравниваний (10-15 последовательностей) она превосходит также программу FastME [3], основанную на принципе "сбалансированной минимальной эволюции". В то же время на больших выравниваниях (45 последовательностей) FastME чаще превосходит по качеству программу PQ.