ИСТИНА

В настоящей работе рассматриваются белковые комплексы вида белок-белок, где в качестве компонент комплекса выступают белки, представленные в полноатомном виде. При моделировании процесса образования устойчивого комплекса компонентами при их нековалентном взаимодействии друг с другом возникает необходимость в вычислении энергии такого взаимодействия. Одним из существующих методов для вычисления энергии взаимодействия является использование оценочной функции, которая для заданной пространственной конфигурации компонент позволяет приближенно оценить искомую энергию. В исследовании приведено описание разработанной оценочной функции, в которой учитываются силы межатомных взаимодействий, представленные эмпирическими потенциалами Кулона и Леннард-Джонса. Молекулы растворителя в явном виде не рассматриваются, для этого энергия сольватации вычисляется в рамках модели неявного растворителя. Для тестового набора комплексов приведены результаты численных экспериментов, демонстрирующие оценки энергии взаимодействия, полученные с помощью разработанной функции. Представлены результаты сравнения с существующими методами. Выполненная реализация оценочной функции представлена в рамках программного пакета для полноатомного моделирования белка и будет использоваться в экспериментах по оценке константы скорости связывания в белковых комплексах с помощью кинетического метода Монте-Карло. Разработанная оценочная функция обладает набором параметров, выбор которых позволит различным образом рассматривать процесс формирования комплекса.