ИСТИНА

В данной работе описывается эвристический метод нахождения консервативных комплементарных участков в нуклеотидных последовательностях без использования множественного выравнивания. Принцип состоит в использовании пересечения хеш-таблиц для одновременного поиска комплементарности (пересечение с обратным комплементом) и консервативности (пересечение нескольких хеш-таблиц для ортологичных последовательностей). При этом существенное значение играет метод прореживания, состоящий отсеивании заранее неподходящих (неконсервативных) слов. Время выполнения и количество оперативной памяти являются линейными функциями длины последовательности. Высокая продуктивность метода позволяет применять его к полногеномному анализу консервативных комплементарных участков у млекопитающих, дрозофилид и нематод.