ИСТИНА

В данном докладе представлен набор программ для прямого обобщенного докинга, позволяющий осуществлять докинг гибкого лиганда с учетом подвижности атомов белка. Наряду с программой поиска низкоэнергетических минимумов на многомерной энергетической поверхности приведен ряд вспомогательных программ, участвующих в проведении докинга. Приведены результаты тестирования этого комплекса программ, показывающие высокое качество позиционирования, существенно более быстрое функционирование по сравнению с программой докинга на основе случайного выполнения множества локальных оптимизаций при фиксированном белке, хорошее распараллеливание. Показано также существенное улучшение точности докинга при учете подвижности отдельных атомов белка. Показано, что для части тестовых комплексов выполняется парадигма докинга.