![]() |
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Известно, что наличие системы рестрикции-модификации в геноме бактерии или археи часто (но не всегда) приводит к снижению числа сайтов рестрикции в собственном геноме. Мы проанализировали тысячи прокариотических геномов чтобы оценить масштаб этого явления. Важным для нашей работы был выбор метода оценки недопредставленности числа сайтов в геноме, так как разные применяемые для этой цели методы дают разные результаты. Наш анализ показал, что метод, предложенный ранее S.Karlin'ым дает более адекватные результаты. По видимому, это связано с тем, что для вычисления ожидаемой частоты сайта учитываются частоты всех подслов, в том числе и разрывных. Мы нашли, что сайты рестрикции недопредставлены примерно в половине случаев, когда система рестрикции модификации, узнающая сайт, закодирована в геноме, что значимо больше, чем в контрольных наборах данных. Полученные данные мы связываем с жизненным циклом систем рестрикции-модификации, которые рассматриваются как своеобразная форма мобильных генетических элементов.