ИСТИНА

Интерес к четырех- и пятичленным насыщенным циклам определяется их исключительной важностью как моделей и билдинг блоков для множества биологических систем. Описание действия на молекулярном уровне невозможно без построения количественной модели конформационного поведения этих малых циклов. Современное знание механизма и параметров их динамики явно несовершенно. Нами разработан оригинальный подход, основанный на описании конформационной динамики в рамках модели колебаний с большой амплитудой и на использовании КССВ для реконструкции поверхности потенциальной энергии конформационного процесса [3]. Задача формулируется как поиск такого потенциала, который дает наилучшее соответствие экспериментальных и расчетных КССВ. Метод включает серию последовательных этапов: (i) построение пробной поверхности потенциальной энергии и вычисление координат реакционного пути (IRC и сканирование двугранных углов); (ii) построение поверхностей для констант спин-спинового взаимодействия (FPT DFT); (iii) решение прямой колебательной задачи (вариационный метод Ритца), вычисление функции распределения вероятностей и оценка КССВ для заданной температуры (программный комплекс REVIBR); (iv) сравнение экспериментальных и расчетных КССВ и оптимизация потенциала. Достоинства нового метода демонстрируются на примере четырех- и пятичленных циклов и ациклических систем (стирол, азобензол, адреналин).