Вариабельность митохондриальной и ядерной ДНК у ряда близкородственных видов семейства Лососевые (Salmonidae) и различные подходы к ее оценке.дипломная работа (Специалист)
Аннотация:Целью данной работы стало исследование вариабельности митохондриальной и ядерной ДНК у 8 близкородственных видов семейства Лососевые и сравнительный анализ разрешающей способности использованных молекулярных маркеров.
Поставленная цель определила следующие задачи:
1. Исследовать уровень внутри- и межвидового полиморфизма гена цитохрома b митохондриальной ДНК внутри семейства Лососевые на основании самостоятельно полученных нуклеотидных последовательностей.
2. Сравнить разрешающую способность полной последовательности гена цитохрома b мтДНК с его фрагментами (с 5' и 3' конца).
3. На основании взятых из GeneBank последовательностей исследовать уровень внутри- и межвидового полиморфизма I субъединицы митохондриального гена цитохром С оксидазы у исследуемой группы.
4. Исследовать уровень внутри- и межвидового полиморфизма фрагментов ядерного гена 18S рРНК - ITS1 и ITS2 – внутри семейства Лососевые на основании самостоятельно полученных нуклеотидных последовательностей.
5. Исследовать применимость SCAR-маркеров для межвидового сравнения семейственных групп на примере семейства Лососевые.
6. Провести сравнительную оценку данных, полученных по митохондриальным и ядерным маркерам.
7. На основании вновь полученных и литературных данных оценить родственные отношения между 8 исследованными видами Лососевых рыб.
Заключения дипломной работы:
1. Ген цитохрома b мтДНК внутри семейства Лососевые показал высокий уровень межвидового полиморфизма – взвешенная генетическая дистанция составляла от 6% (горбуша/кета) до 17% (мальма/кижуч и мальма/горбуша).
2. Сравнение разрешающей способности полной последовательности гена цитохрома b мтДНК и его фрагментов показало более высокую эффективность использования полной последовательности гена для изучения генетического полиморфизма исследуемой группы.
3. Уровень межвидового полиморфизма I субъединицы митохондриального гена цитохром С оксидазы у исследуемой группы оказался в целом несколько ниже полиморфизма по гену цитохрома b, составляя от 4% (кета/кижуч) до 16% (благородный лосось/горбуша).
4. Характер полиморфизма фрагментов ядерного гена 18S рРНК - ITS1 и ITS2 – внутри семейства Лососевые существенно отличался от такового митохондриальных генов. По обоим ядерным фрагментам генетические дистанции между видами внутри родов были меньше, чем по митохондриальным генам; генетические дистанции между родами были наибольшими по ITS1 и наименьшими по ITS2 среди всех исследованных маркеров.
5. Разрешающая способность SCAR-маркеров на межвидовом уровне оказалась ограниченной.
6. В целом данные, полученные по Мт и ядерным последовательностям дают сходную топологию деревьев с высокой в большинстве случаев бутстреп-поддержкой, что свидетельствует о достоверности полученных данных.
7. Полученные небольшие различия по разным маркерам коррелируют с ранее проводившимися исследованиями и демонстрируют важность использования комплекса молекулярно-генетических методов для построения филетических линий.