Аннотация:Для идентификации и подсчета клеток микроорганизмов, обитающих в природных экосистемах, традиционно используются методы, основанные на их культивировании на специфических питательных средах. При этом не учитывается значительная часть некультивируемых форм, для которых не удается подобрать соответствующих питательных сред. В последние годы в практику микробиологических исследований природных микробных сообществ активно внедряются новые молекулярно-биологические методы.
Одним из наиболее часто применяемых в микробной экологии методов является флуоресцентная in situ гибридизация (FISH) с олигонуклеотидными зондами, специфичными для определенных последовательностей рибосомальной РНК. Вследствие своей быстроты и чувствительности данный метод является мощным инструментом для филогенетических, экологических, диагностических и других исследований в микробиологии. С использованием видоспецифичных зондов становится возможной идентификация различных микроорганизмов в составе комплексных микробных сообществ, таким образом, позволяя изучать и межвидовые взаимодействия.
Черное море является самым большим в мире морским меромиктическим водоемом. Установлено, что анаэробные воды Черного моря содержат большое количество сероводорода, который является результатом жизнедеятельности сульфатредуцирующих бактерий. Однако в последнее время было показано, что процесс сульфатредукции протекает также в аэробных водах и зоне хемоклина Черного моря. И хотя сульфатредуцирующие микроорганизмы традиционно считаются анаэробными, многие из них обладают как поведенческими, так и биохимическими механизмами защиты от окислительного стресса, что позволяет им оставаться физиологически активными даже в аэробных местообитаниях.
Поскольку метод FISH является удобным для определения таксономической принадлежности и подсчета численности микроорганизмов в естественных местообитаниях, мы использовали его как основной подход для изучения сульфатредуцирующих бактерий в водах Черного моря.
Цель работы: Изучение состава сообществ сульфатредуцирующих микроорганизмов в аэробных водах и зоне хемоклина Черного моря.
Задачи исследования:
1. Анализ распространения сульфатредуцирующих бактерий в аэробных водах и зоне хемоклина Черного моря с помощью метода FISH.
2. Выделение накопительных культур сульфатредуцирующих бактерий из аэробных вод и зоны хемоклина Черного моря.
3. Исследование полученных накопительных культур с помощью метода FISH и секвенирования вариабельного участка гена 16S рРНК.