|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Биоинформатический анализ прокариотических роторных АТФаз: выявление корреляций между типом сопрягающего иона, стехиометрией с-кольца и физиологией микроорганизмадипломная работа (Специалист)
- Научные руководители: Шугаева Т.Е., Фенюк Б.А.
- Автор: Литвин Анна Валерьевна
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2021
- Аннотация: 1. В последовательности субъединицы а натрий-транслоцирующих АТФ-синтаз F-типа обнаружены характерные особенности, отличающиеся от таковых субъединицы а протон-транслоцирующих ферментов (остатки 196, 219, 226, 245 соотв. фермента E. coli; протонный мотив E196, [EHD]219, [AVLIF]226, [EH]245, натриевый мотив N196, не[EHD]219, [YS]226, [DG]245). Можно предположить, что ионная специфичность фермента обусловлена не только структурой с-субъединицы, но и структурой а-субъединицы. 2. Натрий-транслоцирующие роторные АТФазы F-типа обнаруживаются только в таксонах Firmicutes, Tenericutes, Fusobacteria и Thermotogae и только у анаэробных организмов, в то время как натрий-транслоцирующие N-АТФазы обнаруживаются в широком круге организмов, как аэробных, так и анаэробных, причем всегда вместе с как минимум еще одной роторной АТФазой. 3. Наличие более чем одной роторной АТФазы (предположительно, с разными регуляторными особенностями или же с разной ионной специфичностью), достаточно широко распространено у эубактерий и, вероятно, дает эволюционное преимущество. 4. Анализ последовательности с-субъединиц и объемов радикалов остатков на интерфейсе субъединиц в роторном кольце не позволяет предсказать стехиометрию с-субъединиц в кольце. 5. Полученные с помощью стандартных инструментов и имеющиеся в базах данных аннотации генов субъединиц АТФ-синтаз содержат заметное (более 10%) количество ошибок; для получения надежных данных необходима разработка специализированных инструментов или ручная аннотация.
- Добавил в систему: Фенюк Борис Александрович