|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Анализ и предсказание профилей гидроксильного расщепления днк для изучения нуклеосом и их комплексовдипломная работа (Бакалавр)
- Научные руководители: Шайтан А.К., Армеев Г.А.
- Автор: Ефимова Дарья Андреевна
- Тип: Бакалавр
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2016
- Аннотация: Понимание механизма взаимодействий белок-ДНК является важной задачей молекулярной биологии. Существует несколько экспериментальных методов для решения данной проблемы, таких как рентгеноструктурный анализ, ЯМР, FRET, нуклеазный и гидроксильный футпринтинг ДНК. Метод гидроксильного футпринтинга позволяет картировать взаимодействия ДНК с белком с довольно высоким разрешением. Механизм метода заключается в расщеплении цепи ДНК в местах, не защищенных белками. Одним из наиболее интересных комплексов ДНК с белками является нуклеосома. По анализу футпринтов можно судить о том, с какими парами нуклеотидов взаимодействуют гистоны и насколько сильны эти взаимодействия. Помимо этого метод позволяет определять места взаимодействия нуклеосомальной ДНК с транскрипционными факторами и разнообразными белками, входящими в состав хроматина. Заключительным этапом эксперимента по гидроксильному футпринтингу является денатурирующий электрофорез в агарозном геле, таким образом, данные гидроксильного футпринтинга нуклеосом представляют собой изображения электрофоретических гелей. Несмотря на то, что такого рода изображения позволяют наглядно и качественно демонстрировать наличие или отсутствие взаимодействий, количественный анализ информации в данной форме затруднен. Целью данной работы являлась разработка алгоритма анализа изображений гелей гидроксильного футпринтинга нуклеосом для проведения количественного анализа вероятности разрыва ДНК по той или иной паре нуклеотидов. Задачи: 1. Выбрать модель для предсказания профилей футпринтинга из молекулярно-механистических моделей. 2. Разработать алгоритм для анализа изображений электрофоретических гелей гидроксильного футпринтинга. 3. Подобрать численные критерии для оценки вероятности разрыва цепи ДНК. 4. Выбрать модель для предсказания профилей футпринтинга из молекулярно-механистических моделей.
- Добавил в систему: Шайтан Алексей Константинович