Аннотация:Дипломная работа Лаптева Г.Ю. посвящена поиску ингибиторов бактериальной рибосомы методами виртуального скрининга. Развитие резистентности к антибиотикам ведет к увеличению смертности от инфекционных заболеваний. Таким образом, разработка новых антибактериальных препаратов является актуальной проблемой современной медицинской химии и фармакологии. В качестве мишеней для связывания лигандов в дипломной работе были рассмотрены два участка Е-сайта: участок в области мРНК-тоннеля и участок в области связывания ССА 3’-конца тРНК. Селективные ингибиторы бактериальной рибосомы, связывающиеся в этих фрагментах Е-сайта, на данный момент неизвестны.
В итоге проведенной работы на системах, для которых была известна трехмерная структура комплексов ингибиторов с рибосомой, проведена отработка методов докинга и оптимизация условий расчетов для наиболее точного воспроизведения экспериментальных результатов. Разработан алгоритм докинга лигандов, содержащих в своем составе конформационно гибкие циклические структуры. Выявлены структурные различия в Е-сайтах бактериальной и эукариотической рибосом, которые представляются важными для поиска селективных ингибиторов. На основании полученных данных отобраны соединения, образующие специфические контакты с бактериальной рибосомой в расчетных моделях комплексов и имеющие наилучшие в сравнении с известными лигандами значения оценочных функций.