|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Идентификация контактов человеческой рибосомной РНК с мРНК-связывающими белками с использованием данных экспериментов eCLIPкурсовая работа (Специалист)
- Научные руководители: Дмитриев С.Е., Кулаковский И.В.
- Автор: Буян Андрей Игоревич
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2019
- Курс: 3
- Аннотация: Рибосома – один из центральных молекулярных комплексов всех клеточных форм жизни, синтезирующий белки по матрице мРНК. Рибосома представляет из себя сложный рибонуклеопротеид, причём у высших эукариот, в том числе и у человека, рибосомные РНК и белки, взаимодействуя друг с другом, образуют особенно развитые структуры и формируют дополнительную внешнюю зону с обращенными наружу фрагментами РНК, потенциально способными контактировать с нерибосомными клеточными компонентами. Эти эукариот-специфические участки рРНК, названные сегментами экспансии (ES, от англ. «expansion segments»), формируют на поверхности рибосом петли и спирали длиною от 10 до 800 нуклеотидов. Их функциональная значимость уже исследовалась в ряде работ, проведенных преимущественно на дрожжах, где была установлена их роль в процессе созревания рибосом, а также были идентифицированы потенциальные белки, способные контактировать с определенными ES. Также было установлено обогащение данных участков CpG-динуклеотидами, что может быть связано с их функцией связывания мРНК и микроРНК. Тем не менее, информация о белках, непосредственно контактирующих с рибосомой человека через подобные экспонированные наружу участки рРНК, до сих пор носит лишь отрывочный характер. В данном исследовании нас интересовала возможность ES связывать белки в клетке, которые по общим представлениям не являются партнерами рРНК, - например, мРНК-связывающие белки. На настоящий момент такие технологии, как NGS (Next Generation Sequencing), дают возможность точно идентифицировать контакты РНК-белок в масштабе всего транскриптома. Мы предполагаем, что это может быть использовано и для изучения рРНК-белковых контактов с целью определения функциональной значимости ES как партнеров различных белков в клетке. В данной работе мы использовали данные базы ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements), содержащей результаты экспериментов по анализу контактов 223 мРНК-связывающих белков с РНК в клеточных линиях человека методом eCLIP (enhanced crosslinking and immunoprecipitation), для поиска взаимодействий этих белков с рибосомной РНК, а также попытались охарактеризовать их функциональную значимость.
- Добавил в систему: Дмитриев Сергей Евгеньевич