Аннотация:В организме человека функционирует семейство поли(АДФ-рибозо)полимераз, катализирующих реакцию переноса АДФ-рибозы на белок-мишень. Среди этого семейства наиболее изученным является белок репарации ДНК ПАРП-1, а также танкиразы (ПАРП-5). На данный момент точно известно, что танкиразы вовлечены в различные заболевания, включая рак. Повышенная экспрессия этих ферментов была обнаружена в различных видах рака, включая рак легкого, желудка, мочевого пузыря, опухоли астроглии, аденокарцинома поджелудочной железы, рак молочной железы и толстой кишки. Известны точные механизмы, в которых танкиразы выступают в качестве ферментов, опосредующих процессы онкогенеза.
Целью работы был биоинформатический и структурный анализ отличий активного центра танкираз от активного центра ПАРП-1. Полученные данные могут иметь значение для дизайна новых ингибиторов танкираз, образующих селективные взаимодействия с активным центром. Были поставлены следующие задачи:
1. Осуществить выравнивание аминокислотных последовательностей танкираз 1 и 2 и ПАРП-1.
2. Среди доступных кристаллических структур танкираз 1 и 2 выбрать наиболее репрезентативные конформации данных белков.
3. Сравнить последовательности и структуры танкираз и ПАРП-1 в области активного центра.
4. Провести молекулярный докинг некоторых известных ингибиторов ПАРП и проанализировать влияние структурных особенностей активного центра танкираз на их связывание.