Аннотация:Целью работы являлось исследование возможности дальнейшего моделирования механизма реакции поли(ADP-рибозил)ирования с помощью методов молекулярного моделирования и квантово-механических/молекулярно-механических QM/MM подходов.
Для этого было необходимо решить следующие задачи:
1. Создать библиотеку молекулярно-механических параметров для описания метилового эфира ADP в качестве более адекватной модели субстрата-акцептора;
2. Получить равновесную структуру комплекса ПАРП-1 с NAD+ и метиловым эфиром ADP, подходящую для моделирования превращения NAD+.
3. С помощью одного из доступных QM/MM подходов (RM1) продемонстрировать образование иона оксокарбения в активном центре ПАРП-1 в присутствии субстрата-акцептора;
4. Установить, какие новые взаимодействия в активном центре ПАРП-1 могут быть образованы при формировании интермедиата.