Аннотация:Поли(ADP-рибозо)полимераза 1 (ПАРП-1) – ДНК-зависимый ядерный фермент, задействованный в основополагающих клеточных процессах - репарации ДНК и регуляции структуры хроматина. Роль ПАРП-1 в репарации обуславливает интерес к ферменту с медицинской точки зрения. Однако применяющиеся ингибиторы ПАРП-1 обладают высокой токсичностью, и актуальной является задача разработки новых классов соединений. Дизайн новых ингибиторов ПАРП-1 следует проводить с использованием информации о механизме катализируемой реакции, которую можно получить методами молекулярного моделирования. ПАРП-1-зависимое ремоделирование хроматина на данный момент недостаточно изучено, и молекулярное моделирование взаимодействия между белком и ДНК способно помочь в интерпретации экспериментальных данных в этой области.
Целью работы явилось исследование механизма функционирования ПАРП-1, который включает (i) связывание с разрывом молекулы ДНК и (ii) связывание и превращение субстратов в активном центре, с помощью методов молекулярно-механического (MM) и квантово-механического (QM) моделирования.