|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Сравнительный анализ данных полногеномного секвенирования ДНК штаммов дикого типа и с делецией гена 6S РНКкурсовая работа (Бакалавр)
- Научные руководители: Кубарева Е.А., Хренова М.Г.
- Автор: Лабанов Владислав Андреевич
- Тип: Бакалавр
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2024
- Курс: 2
- Аннотация: Целью данной работы было определение различий, имеющих потенциальное влияние на синтез сурфактина, в геномах клеток B. subtilis NCIB 3610 и PY79 дикого типа и с нокаутом гена 6S-1 РНК. Для этого было проведено полногеномное нанопоровое секвенирование этих 4 штаммов. Полученные геномы были выравнены вместе с депонированным в базе данных NCBI референсным геномом B. subtilis 168 (NC_000964.3) с помощью алгоритма MAFFT в программе Jalview. С помощью программы, написанной нами на языке программирования C++, для каждого из двух нормальных штаммов мы нашли все различия с соответствующим штаммом с нокаутом. Выравнивание было проанализировано написанной нами на языке C++ программой. Среди всех различий были выбраны достоверные и находящиеся в генах, потенциально связанных с синтезом и выделением сурфактина. С помощью нашей программы была получена информация о возможном эффекте этих различий, т.е. влиянии на длину и последовательность аминокислот продукта соответствующего гена. В результате проделанной работы между клетками дикого типа и с нокаутом гена 6S-1 РНК обоих штаммов были обнаружены различия как в генах, имеющих потенциально негативное влияние на биосинтез сурфактина (например, гены spxH, murD, liaF и spxH, accA, dhbF, оперон eps для штаммов NCIB 3610 и PY79 соответственно), так и потенциально положительное влияние на этот процесс (например, в генах fabD, pyk и ntdB, fabHB, yhfS для штаммов NCIB 3610 и PY79 соответственно). Детальное изучение обнаруженных мутаций позволит сделать более однозначный вывод о их суммарном влиянии на процесс биосинтеза сурфактина для каждой клеточной линии. Таким образом, в геномах бактерий B. subtilis NCIB 3610 и PY79 с нокаутом гена 6S-1 РНК по сравнению с диким типом были обнаружены мутации как с потенциально отрицательным, так и с потенциально положительным влиянием на биосинтез сурфактина. Для того, чтобы сделать однозначный вывод о суммарном эффекте этих мутаций, требуется их дальнейшее более детальное изучение.
- Добавил в систему: Кубарева Елена Александровна