|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Опыт исследования горизонтального переноса систем рестрикции-модификации в популяции бактерий с помощью распространенности избегания сайтов рестрикции в метагеномекурсовая работа (Специалист)
- Научные руководители: Ершова А.С., Алексеевский А.В.
- Автор: Хачатурян М.А.
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2016
- Курс: 4
- Аннотация: Курсовая работа студентки 3го курса. Системы рестрикции-модификации (Р-М) существуют у большинства бактерий и архей и защищают их от бактериофагов. Классические системы включают ферменты двух ак- тивностей: эндонуклеазы рестрикции узнают специфическую последовательность ДНК и расщепляют, если она неметилированная, а метилтрансферазы узнают такую же по- следовательность ДНК и метилируют ее (рис. 1). Системы Р-М могут подвергаться горизонтальному переносу внутри единой популяции бактерий и использоваться бак- териями, которые их не кодируют. Часто одна бактерия использует сразу несколько систем Р-М. Существует четыре типа систем Р-М, выделенных на основании характера вхож- дения в состав системы ДНК-метилтрансферазы и эндонуклеазы рестрикции. Типы в свою очередь подразделяются на подтипы. Самым изученным является тип II, так как эндонуклеазы рестрикции этого типа активно используются в генной инженерии [5]. Для одного из подтипов типа II – ортодоксальных систем Р-М – был обнаружен определенных след, который в ряде случаев они оставляют в геномах бактерий. Это недопредставленность соответствующего сайта (последовательности нуклеотидов, по которой ферменты системы Р-М распознают ДНК) в геномах. Недопредставленность может появляться и для систем Р-М, которые никогда не были закодированы в гено- ме или утратились с течением времени. Снижение количества таких сайтов уменьшает вероятность лизиса собственной ДНК в случае ошибки метилирования и облегчает го- ризонтальный перенос генов в другие бактери. На восстановление количества сайтов нет никакого положительного отбора, поэтому оно происходит значительно медленнее. Такой же след остается и в геномах бактериофагов, атакующих бактерии, кото- рые используют определенные системы Р-М. Снижение количества соответствующих сайтов увеличивает вероятность того, что бактериофаг успеет размножиться до того момента, когда система Р-М обнаружит чужеродную ДНК. Эти следы можно использовать для изучения горизонтального переноса систем Р-М, их эфолюции, эволюции самих прокариотических организмов, а также в фарма- цевтических задачах борьбы с определенными бактериями.
- Добавил в систему: Ершова Анна Степановна