ИСТИНА

Разработана процедура классификации ДНК-связывающих белковых доменов, а также их семейств. Процедура была применена для анализа 1942 структур комплексов 314 белковых доменов SCOP с ДНК и 34 семейств ДНК-связывающих доменов. Было выделено 97 способов взаимодействия белкового домена с ДНК в конкретных структурах комплексов и 17 классов взаимодействия, характеризующих консервативные контакты с ДНК внутри семейств. В рамках предложенной классификации был произведен поиск закономерностей ДНК-белкового узнавания на уровне структурных доменов SCOP и их семейств. Характерные черты ДНК-белкового взаимодействия были проанализированы: для структур одного и того же домена; для разных доменов, принадлежащих одному и тому же способу взаимодействия; внутри семейств белковых доменов; внутри одного класса взаимодействия. Предложенная классификация была внедрена в базу ДНК-белковых и РНК-белковых комплексов NPIDB. В базе данных есть возможность поиска структур с одинаковым способом узнавания ДНК, а также поиск семейств белковых доменов, относящихся к одному классу взаимодействия с ДНК. Страницы семейств белковых доменов SCOP, содержащие большое количество структур, были дополнены развернутым описанием. Кроме того для 72 семейств ДНК-узнающих белковых доменов в структурах их комплексов с ДНК выявлены консервативно расположенные молекулы воды. Данные также были интегрированы в NPIDB. Основываясь на разработанной классификации и используя функционал базы данных NPIDB, был проведен структурный анализ консервативных особенностей гомологичных белков. В частности, для семейства транскетолаз была рассмотрена роль консервативных молекул воды. Для семейств TATA-box связывающих белков и белков семейства LAGLIDADAG_1 были найдены и проанализированы консервативные контакты: прямые и опосредованные через воду водородные связи, а также гидрофобные кластеры.