ИСТИНА

Диссертационная работа Гущанской Екатерины Сергеевны «Механизмы поддержания трехмерной организации генома» посвящена исследованию закономерностей пространственной организации генома, а также уточнению молекулярных основ работы процедуры 3С – метода, который широко используется для изучения пространственных взаимодействий удаленных участков генома. В первой части работы показано, что основной этап процедуры 3С – преимущественное лигирование пространственно сближенных фрагментов ДНК– происходит в нелизированных ядрах, а не в растворе, как это постулировалось в классических работах по 3С. Более того, автором продемонстрировано, сохранение целостности ядра является необходимым условием для получения 3С-сигнала. Полученный результат позволяет сделать заключение о том, что позиции регуляторных элементов в фиксированных ядрах поддерживаются не только за счет прошивки формальдегидом многокомпонентных регуляторных комплексов (так называемых «активных хроматиновых блоков»), но и за счет формальдегидных сшивок между хроматиновыми фибриллами. На основании этого заключения была предложена альтернативная модель активного хроматинового компартмента, в котором пространственное сближение регуляторных элементов с промоторами обеспечивается как взаимодействиями между регуляторными белками, так и особенностями укладки хроматиновой фибриллы. Вторая часть работы связана с выяснением общих принципов пространственной организации интерфазных хромосом. С использованием одного из полногеномных методов анализа пространственных взаимодействий между удаленными геномными элементами в работе показано , что существенную роль в определении характера укладки хроматиновой фибриллы играет ассоциация CpG-островков, которые часто содержат промоторы генов домашнего хозяйства. Эти наблюдения хорошо согласуются с выдвинутым ранее предположением о том, что активные и неактивные компартменты генома разделены в пространстве. Исходя из результатов работы, можно утверждать, что основное влияние на формирование активных хроматиновых компартментов оказывает кластеризация СpG-островков. В работе получены указания на то, что кластеризация CpG-островков может быть существенна и для пространственной организации репликативных единиц.