ИСТИНА

На основании компьютерного анализа и «стереохимического метода» предсказано существование в транспортном белке ТБГ1 (63 кДа) гордеивируса полулатентного вируса мятлика (ПЛВМ) трех доменов: неструктурированного N-концевого домена (NTD); внутреннего домена с выраженной вторичной структурой (ID) и С-концевого домена с /-структурой, соответствующего ранее охарактеризованному НТФазно/хеликазному домену (HELD). В пользу этого предсказания свидетельствует образование в клетках E. сoli в результате спонтанного ограниченного протеолиза рекомбинантного белка 63 кДа протеолитических фрагментов, соответствующих N63K, NTD и HELD. С помощью набора физико-химических методов для делеционных мутантов белка 63 кДа, соответствующих NTD, ID и N63K, определена вторичная структура доменов: NTD является полностью неупорядоченным доменом, а для ID характерно высокое (до 40%) содержание β-структуры и наличие 10-15% α-спиралей при отсутствии четко выраженной третичной структуры. Для N-концевой половины, включающей NTD и ID, как и для белка 63 кДа, характерна высокая структурная неупорядоченность.NTD и ID взаимодействуют с и оцРНК, и дцРНК, причем NTD связывается некооперативно, а ID – кооперативно. В составе N63K проявляется только некооперативное связывание с РНК по NTD-типу. NTD образует низкомолекулярные олигомеры, визуализируемые методами атомно-силовой микроскопии, как глобулы различного размера, тогда как ID, N63K и белок 63 кДа способны образовывать мультимеры, представляющие собой протяженные нитевидные структуры. Предполагается, что ID обладает способностью к самополимеризации (самосборке), которое инициируется в присутствии РНК. Показано, что в присутствии РНК ID меняет свою конформацию, становясь β-структурным белком. Предложена структурно-функциональная модель участия доменов N-концевой половины белка ТБГ1 в формировании транспортной формы гордеивируса (вирусного РНП-комплекса). Предполагается, что сходный характер доменной организации характерен и для других белков ТБГ1 с ТБГ гордеивирусного типа.