Выберите категорию обращения:
Общие вопросы
Отчеты
Рейтинги
Мониторинговый отчёт
Диссертационные советы
Конкурсы
Ввод данных
Структура организаций
Аспирантура
Научное оборудование
Импорт педагогической нагрузки
Журналы и импакт-факторы
Тема обращения:
Описание проблемы:
Введите почтовый адрес:
ИСТИНА
Войти в систему
Регистрация
ИПМех РАН
Главная
Поиск
Статистика
О проекте
Помощь
В связи с техническими работами в центре обработки данных, часть прикреплённых файлов в настоящее время недоступна.
скрыть
отправить сообщение
Григоренко Белла Людвиговна
пользователь
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Химический факультет
,
Кафедра физической химии
,
НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
, главный научный сотрудник, с 2 сентября 2019
доктор физико-математических наук с 2005 года
Прежние места работы
(Нажмите для отображения)
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Химический факультет
,
Кафедра физической химии
,
НИЛ химической кибернетики
, старший научный сотрудник, 1 сентября 1997 - 1 июля 2013
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Химический факультет
,
Кафедра физической химии
,
НИЛ химической кибернетики
, ведущий научный сотрудник, 1 июля 2013 - 2 сентября 2019
Институт биохимической физики РАН
Соавторы:
Немухин А.В.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
,
Topol I.
,
Burt S.
,
Лущекина С.В.
,
Krylov A.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Домрачева Т.М.
,
Миронов В.А.
,
Московский А.А.
,
Савицкий А.П.
,
Khriachtchev L.
показать полностью...
,
Rasanen M.
,
Кулакова А.М.
,
Bravaya K.B.
,
Морозов Д.И.
,
Новичкова Д.А.
,
Epifanovsky E.M.
,
Боченкова А.В.
,
Князева М.А.
,
Фирсов Д.А.
,
Cachau R.E.
,
Shadrina M.
,
Бучаченко А.А.
,
Книга А.Е.
,
Коц Е.Д.
,
Сергеев Г.Б.
,
Collins J.
,
Kaliman I.A.
,
Masson P.
,
Ермилов А.Ю.
,
Князева М.В.
,
Степанов Н.Ф.
,
Andrijchenko N.
,
Granovsky A.A.
,
Jones D.D.
,
Lockridge O.
,
Marushkevich K.I.
,
Rogov A.V.
,
Schlichting I.
,
Ефременко Е.Н.
,
Исаева Е.В.
,
Курочкин И.Н.
,
Поломских В.
,
Цыбенова С.Б.
,
Acharya A.
,
Aksakal O.E.
,
Alabugin I.V.
,
Alexander P S.
,
Alexander V N.
,
Ashim Y.
,
BOGANOV A.
,
Bogen J.J.
,
Chander P.
,
Cunningham F.X.
,
Domanskaya A.
,
Eklöf‐Österberg J.
,
Gentleman S.
,
Giudetti G.
,
Goryashenko A.S.
,
Gwyther J.
,
Isoniemi E.
,
J-P Z.
,
Klotzbucher W.E.
,
Kolomeisky A.B.
,
Krupko S.A.
,
Ma R.
,
Ma Y.
,
Makhlis T.A.
,
Martinez M.
,
Matteo S.
,
Moralev S.N.
,
Moth‐Poulsen K.
,
Nachon F.
,
Pehkonen S.
,
Pentkovski V.M.
,
Petrukhina M.A.
,
Pettersson M.
,
Poliakov E.
,
ROGOV V.
,
Rizkallah P.J.
,
Rozengart E.V.
,
SZASZ A.
,
Schopper A.
,
Skasirskaya E.Y.
,
Stepantsov S.V.
,
Tanskanen H.
,
Ter-Akopian G.
,
Tirthendu S.
,
Vassos E.
,
Wang S.
,
Xu X.
,
Zhang J.
,
Zhu Y.
,
Андрианова М.С.
,
Андрийченко Н.Н.
,
Асланлы А.Г.
,
Атякшева Л.Ф.
,
Бугрова А.Е.
,
Быков В.И.
,
Владимиров Николаева Г.Н.
,
Гариев И.А.
,
Гореленков В.К.
,
Горячев Н.С.
,
Гудков Д.А.
,
Денисов Е.Т.
,
Долин С.П.
,
Еременко А.В.
,
Еремин С.А.
,
Завьялов В.В.
,
Завьялова Н.В.
,
Зуев И.В.
,
Индейкина М.И.
,
Каламкаров Г.Р.
,
Капуста Д.П.
,
Кокшаров М.И.
,
Кондаков С.Э.
,
Костюкевич Ю.И.
,
Котельников А.И.
,
Кочетов Г.А.
,
Кукаев Е.Н.
,
Курова В.С.
,
Луковенков А.В.
,
Лягин И.В.
,
Маслова О.В.
,
Махаева Г.Ф.
,
Мельников М.Я.
,
Нечаева Н.Л.
,
Нилов Д.К.
,
Одинцов К.В.
,
Пеков С.И.
,
Петрик М.М.
,
Рогов А.В.
,
Саррис Т.
,
Семенов Н.А.
,
Сенько О.В.
,
Стародубцева Н.Л.
,
Степанов Н.А.
,
Татиколов А.С.
,
Угарова Н.Н.
,
Уманский С.Я.
,
Федорченко К.Ю.
,
Фельдман Т.Б.
,
Чухрай Е.С.
,
Швядас В.К.
,
Ширмин Г.И.
171 статья
,
3 книги
,
22 доклада на конференциях
,
19 тезисов докладов
,
18 НИР
,
1 членство в диссертационном совете
,
6 диссертаций
,
2 дипломные работы
,
4 выступление в СМИ
Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 2675, Scopus: 2641
РИНЦ:
IstinaResearcherID (IRID): 468217
ResearcherID:
F-4659-2019
Scopus Author ID:
7003347025
ORCID:
0000-0003-1372-4692
Деятельность
Статьи в журналах
2023
Modeling Light-Induced Chromophore Hydration in the Reversibly Photoswitchable Fluorescent Protein Dreiklang
Grigorenko Bella L.
,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Molecules
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 28, № 2, с. 505
DOI
2023
QM/MM Modeling of the Flavin Functionalization in the RutA Monooxygenase
Grigorenko Bella
,
Domratcheva Tatiana
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Molecules
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 28, № 5, с. 2405
DOI
2023
Энергетические профили каталитического цикла ферментативных реакций и факторы, определяющие эффективность ферментативного катализа
Варфоломеев С.Д.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Григоренко Б.Л.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
Наука
(М.)
, том 72, № 3, с. 617-623
2022
Computational Modeling of the Interaction of Molecular Oxygen with the Flavin-dependent Enzyme RutA
Polyakov I.V.
,
Domratcheva T.M.
,
Kulakova A.M.
,
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 9, № 2, с. 46-55
DOI
2022
How Reproducible Are QM/MM Simulations?: Lessons from Computational Studies of the Covalent Inhibition of the SARS-CoV-2 Main Protease by Carmofur
Giudetti Goran
,
Polyakov Igor
,
Grigorenko Bella L.
,
Faraji Shirin
,
Nemukhin Alexander V.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 18, № 8, с. 5056-5067
DOI
2022
Mechanism of chemical reactions in the active site of aspartate N-acetyltransferase NAT8L revealed by molecular modeling
Polyakov I.V.
,
Khrenova M.G.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 32, с. 739-741
DOI
2022
Quantum-based Modeling of Protein-ligand Interaction: The Complex of RutA with Uracil and Molecular Oxygen
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Domratcheva Tatiana M.
,
Kulakova Anna M.
,
Grigorenko Bella L.
в журнале
Molecular informatics
, издательство
Wiley-VCH Verlag
(Weinheim, Germany, Germany)
, том 41, с. 2200175
DOI
2022
Моделирование механизмов спонтанной реактивации мутантов бутирилхолинэстеразы, ингибированной эхотиофатом
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
,
Поляков И.В.
,
Массон П.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Григоренко Б.Л.
в журнале
Химическая физика
, издательство
Наука
(М.)
, том 41, № 2, с. 34-40
DOI
2021
Interplay between Locally Excited and Charge Transfer States Governs the Photoswitching Mechanism in the Fluorescent Protein Dreiklang
Tirthendu Sen
,
Ma Yingying
,
Polyakov Igor V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 125, № 3, с. 757-770
DOI
2021
Modeling photophysical properties of the bacteriophytochrome-based fluorescent protein IFP1.4
Grigorenko Bella L.
,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 154, № 6, с. 065101-065101
DOI
2021
Molecular Modeling Reveals the Mechanism of Ran-RanGAP-Catalyzed Guanosine Triphosphate Hydrolysis without an Arginine Finger
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
ACS catalysis
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 11, № 15, с. 8985-8998
DOI
2021
Protonation States of Molecular Groups in the Chromophore-Binding Site Modulate Properties of the Reversibly Switchable Fluorescent Protein rsEGFP2
Grigorenko Bella L.
,
Domratcheva Tatiana
,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry Letters
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 12, с. 8263-8271
DOI
2021
Stalling chromophore synthesis of the fluorescent protein Venus reveals the molecular basis of the final oxidation step
Auhim Husam Sabah
,
Grigorenko Bella L.
,
Harris Tessa K.
,
Aksakal Ozan E.
,
Polyakov Igor V.
,
Berry Colin
,
Gomes Gabriel dos Passos
,
Alabugin Igor V.
,
Rizkallah Pierre J.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Jones D.Dafydd
в журнале
Chemical science
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
DOI
2021
Tuning Electrostatic Gating of Semiconducting Carbon Nanotubes by Controlling Protein Orientation in Biosensing Devices
Xu Xinzhao
,
Bowen Benjamin J.
,
Gwyther Rebecca E.A.
,
Freeley Mark
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander V.
,
Eklöf‐Österberg Johnas
,
Moth‐Poulsen Kasper
,
Jones D.Dafydd
,
Palma Matteo
в журнале
Angewandte Chemie - International Edition
, издательство
John Wiley & Sons Ltd.
(United Kingdom)
, том 60, с. 20184-20189
DOI
2021
Модель комплекса РНК-полимеразы вируса SARS-CoV-2 с фавипиравиром
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в журнале
Химическая физика
, издательство
Наука
(М.)
, том 40, № 2, с. 44-48
DOI
2021
Суперкомпьютерное моделирование ковалентного ингибированияосновной протеазы вируса SARS-CoV-2
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
Наука
(М.)
, № 11, с. 2084-2089
2020
Computational Modeling of the SARS-CoV-2 Main Protease Inhibition by the Covalent Binding of Prospective Drug Molecules
Nemukhin Alexander
,
Grigorenko Bella
,
Polyakov Igor
,
Lushchekina Sofya
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 7, № 3, с. 25-32
DOI
2020
Intermediates of the Autocatalytic Reaction of the Formation of a Chromophore in a Green Fluorescent Protein
Grigorenko B.L.
, Khrenova M.G.,
Kulakova A.M.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry B
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 14, № 3, с. 457-461
DOI
2020
Mechanisms of ATP to cAMP Conversion Catalyzed by the Mammalian Adenylyl Cyclase: A Role of Magnesium Coordination Shells and Proton Wires
Grigorenko Bella
,
Polyakov Igor
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 124, № 3, с. 451-460
DOI
2020
Structure of the Brain N-Acetylaspartate Biosynthetic Enzyme NAT8L Revealed by Computer Modeling
Polyakov Igor V.
,
Kniga Artem E.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
ACS Chemical Neuroscience
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 11, № 15, с. 2296-2302
DOI
2020
Theoretical characterization of the photochemical reaction CO2+O(3P)->CO+O2 related to experiments in solid krypton
Grigorenko Bella L.
, Duarte Luís,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 746, с. 137303-1-137303-5
DOI
2020
Интермедиаты автокаталитической реакции формирования хромофора зеленого флуоресцентного белка
Григоренко Б.Л.
,
Хренова М.Г.
,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
в журнале
Химическая физика
, издательство
Наука
(М.)
, том 39, № 6, с. 13-17
DOI
2020
Компьютерное моделирование N-ацетилглутаматсинтазы: от первичной структуры белка до элементарных стадий катализа
Поляков И.В.
,
Книга А.Е.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в журнале
Доклады Российской академии наук. Науки о жизни
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, № 495, с. 95-99
DOI
2020
Теоретические колебательные спектры реакционных интермедиатов в активном центре гуанозинтрифосфат-связывающих белков
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в журнале
Журнал физической химии
, издательство
Наука
(М.)
, том 94, № 5, с. 686-691
DOI
2019
Computational Challenges in Modeling of Representative Bioimaging Proteins: GFP-Like Proteins, Flavoproteins, and Phytochromes
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Khrenova Maria G.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 123, № 29, с. 6133-6149
DOI
2019
Computational Modeling Reveals the Mechanism of Fluorescent State Recovery in the Reversibly Photoswitchable Protein Dreiklang
Grigorenko B.L.
,
Polyakov I.V.
,
Krylov A.I.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 123, № 42, с. 8901-8909
DOI
2019
Computer-designed active human butyrylcholinesterase double mutant with a new catalytic triad
Grigorenko Bella L.
,
Novichkova Dana A.
,
Lushchekina Sofya V.
,
Zueva Irina V.
,
Schopfer Lawrence M.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Varfolomeev Sergey D.
,
Lockridge Oksana
,
Masson Patrick
в журнале
Chemico-Biological Interactions
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 306, с. 138-146
DOI
2019
Diversity of mechanisms in Ras–GAP catalysis of guanosine triphosphate hydrolysis revealed by molecular modeling
Grigorenko Bella L.
,
Kots Ekaterina D.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Organic and Biomolecular Chemistry
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 17, № 19, с. 4879-4891
DOI
2019
Effect of solvation water shells on enzyme active sites in zinc-dependent hydrolases
Kapusta Dmitry P.
,
Firsov Denis A.
,
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Structural Chemistry
, издательство
Springer-Verlag
(Heidelberg, Germany)
, том 30, № 2, с. 481-488
DOI
2019
Modeling of the glycine tripeptide cyclization in the Ser65Gly/Tyr66Gly mutant of green fluorescent protein
Grigorenko B.L.
,
Kots E.D.
,
Krylov A.I.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 29, № 2, с. 187-189
DOI
2018
Amide-imide tautomerization in the glutamine side chain in enzymatic and photochemical reactions in proteins
Grigorenko Bella L.
,
Khrenova Maria
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Physical Chemistry Chemical Physics
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 20, № 37, с. 23827-23836
DOI
2018
Benchmarking Quantum Chemistry Methods in Calculations of Electronic Excitations
Grigorenko Bella L.
,
Mironov Vladimir A.
,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 5, № 4, с. 62-66
DOI
2018
Modeling structure and excitation of biliverdin-binding domains in infrared fluorescent proteins
Polyakov Igor V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Mironov Vladimir A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 710, с. 59-63
DOI
2018
Optimization of Cholinesterase-Based Catalytic Bioscavengers Against Organophosphorus Agents
Lushchekina Sofya V.
, Schopfer Lawrence M.,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Varfolomeev Sergei D.
,
Lockridge Oksana
, Masson Patrick
в журнале
Frontiers in pharmacology
, издательство
Frontiers Media]
([Lausanne, Switzerland)
, том 9, № 211, с. 1-13
DOI
2018
The ACCULINNA-2 project: The physics case and technical challenges
Fomichev A.S.,
Grigorenko L.G.
,
Krupko S.A.
,
Stepantsov S.V.
,
Ter-Akopian G.M.
в журнале
European Physical Journal A
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 54, с. 97-97
2018
Механизм ингибирования металло-β-лактамазы оксацефалоспориновым антибиотиком
Хренова М.Г.
,
Кулакова А.М.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 59, № 4, с. 261-265
DOI
2017
Improving the Design of the Triple-Decker Motif in Red Fluorescent Proteins
Khrenova M.G.
,
Polyakov I.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Krylov A.I.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 121, № 47, с. 10602-10609
DOI
2017
Molecular Modeling Clarifies the Mechanism of Chromophore Maturation in the Green Fluorescent Protein
Grigorenko Bella L.
,
Krylov Anna I.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of the American Chemical Society
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 139, № 30, с. 10239-10249
DOI
2017
Photoinduced Chemistry in Fluorescent Proteins: Curse or Blessing?
Acharya Atanu
,
Bogdanov Alexey M.
,
Grigorenko Bella L.
,
Bravaya Ksenia B.
,
Nemukhin Alexander V.
, Lukyanov Konstantin A.,
Krylov Anna I.
в журнале
Chemical Reviews
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 117, № 2, с. 758-795
DOI
2016
Analysis of proton wires in the enzyme active site suggests a mechanism of c-di-GMP hydrolysis by the EAL domain phosphodiesterases
Grigorenko Bella L.
,
Knyazeva Marina A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 84, № 11, с. 1670-1680
DOI
2016
Computational characterization of the all-atom structure and the calcium binding sites of the LH1-RC core complex from Thermochromatium tepidum
Khrenova M.G.
,
Grigorenko B.L.
,
Zhang J.P.
,
Wang P.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Theoretical and Computational Chemistry
, издательство
World Scientific Publishing Co
(Singapore)
, том 15, № 3, с. 1650020-1-1650020-12
DOI
2016
Modeling the complete catalytic cycle of aspartoacylase
Kots E.D.
,
Khrenova M.G.
,
Lushchekina S.V.
,
Varfolomeev S.D.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 120, № 18, с. 4221-4231
DOI
2016
Theoretical vibrational spectroscopy of intermediates and the reaction mechanism of the guanosine triphosphate hydrolysis by the protein complex Ras-GAP
Khrenova M.G.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Spectrochimica Acta - Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 166, с. 68-72
DOI
2016
Моделирование гидролиза циклического димерного гуанозинмонофосфата фосфодиэстеразами
Григоренко Б.Л.
,
Князева М.А.
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 57, № 1, с. 3-6
2015
A Light-Induced Reaction with Oxygen Leads to Chromophore Decomposition and Irreversible Photobleaching in GFP-type Proteins
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Polyakov Igor V.
,
Khrenova Maria G.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 119, № 17, с. 5444-5452
DOI
2015
Hydrolysis of Guanosine Triphosphate (GTP) by the Ras•GAP Protein Complex: Reaction Mechanism and Kinetic Scheme
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Kolomeisky Anatoly B.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 119, № 40, с. 12838-12845
DOI
2015
Modeling reactivation of the phosphorylated human butyrylcholinesterase by QM(DFTB)/MM calculations
Kulakova A.M.
,
Lushchekina S.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Theoretical and Computational Chemistry
, издательство
World Scientific Publishing Co
(Singapore)
, том 14, с. 1550051-15500513
DOI
2015
Why does mutation of Gln61 in Ras by the nitro analog NGln maintain activity of Ras-GAP in hydrolysis of guanosine triphosphate?
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Mironov Vladimir A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 83, № 11, с. 2091-2099
DOI
2014
All-atom structures and calcium binding sites of the bacterial photosynthetic LH1-RC core complex from Thermochromatium tepidum
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko Bella L.
, Wang Peng, Zhang Jian-Ping
в журнале
Journal of Molecular Modeling
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 20, № 6, с. 2287:1-2287:6
DOI
2014
Catalytic Cycle of Penicillin Acylase from Escherichia coli: QM/MM Modeling of Chemical Transformations in the Enzyme Active Site upon Penicillin G Hydrolysis Bella
Grigorenko Bella L.
,
Khrenova Maria G.
,
Nilov Dmitry K.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Švedas Vytas K.
в журнале
ACS catalysis
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 4, с. 2521-2529
DOI
2014
Modeling the role of G12V and G13V Ras mutations in the RasGAP-catalyzed hydrolysis reaction of guanosine triphosphate
Khrenova Maria G.
,
Mironov Vladimir A.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Biochemistry
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 53, № 45, с. 7093-7099
DOI
2014
Компьютерное моделирование компонентов фоторецепторных систем
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Московский А.А.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
Наука
(М.)
, № 8, с. 1703-1709
2014
Компьютерное моделирование химических реакций в сложных биологических системах: ферментативный гидролиз циклического дигуанозинмонофосфата
Григоренко Б.Л.
,
Князева М.А.
,
Исаева Е.В.
,
Новичкова Д.А.
,
Немухин А.В.
в журнале
Наноструктуры. Математическая физика и моделирование
, том 10, № 2, с. 95-105
2014
Оптические переходы в светособирающих комплексах бактериальных фотосинтетических центров
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Московский А.А.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 69, № 4, с. 199-202
2014
Структура фермент-субстратного комплекса каталитического домена фосфодиэстераз с циклическим дигуанозинмонофосфатом
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Новичкова Д.А.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 55, № 1, с. 3-6
2013
First-Principles Characterization of the Energy Landscape and Optical Spectra of Green Fluorescent Protein along the AIB Proton Transfer Route
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Polyakov Igor V.
,
Morozov Dmitry I.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of the American Chemical Society
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 135, № 31, с. 11541-9
2013
On quantum mechanical - molecular mechanical (QM/MM) approaches to model hydrolysis of acetylcholine by acetylcholinesterase
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Morozov Dmitry I.
,
Kochetov Mikhail S.
,
Lushchekina Sofya V.
,
Varfolomeev Sergei D.
в журнале
Chemico-Biological Interactions
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 203, № 1, с. 51-56
DOI
2013
Thermal Isomerization of the Chromoprotein asFP595 and Its Kindling Mutant A143G: QM/MM Molecular Dynamics Simulations
Mironov Vladimir A.
,
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Savitsky Alexander P.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 117, № 43, с. 13507-13514
DOI
2013
Towards quantum-based modeling of enzymatic reaction pathways: Application to the acetylholinesterase catalysis
Polyakov Igor V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Moskovsky Alexander A.
,
Pentkovski Vladimir M.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 556, с. 251-255
DOI
2013
Triple-Decker Motif for Red-Shifted Fluorescent Protein Mutants
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Polyakov Igor V.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry Letters
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 4, № 10, с. 1743-1747
2013
Unusual Emitting States of the Kindling Fluorescent Protein: Appearance of the Cationic Chromophore in the GFP Family
Grigorenko Bella L.
,
Polyakov Igor V.
,
Savitsky Alexander P.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 117, № 24, с. 7228-7234
2013
Молекулярная модель светособирающего комплекса LH1 фотосинтетического центра бактерий Thermochromatium Tepidum
Хренова М.Г.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 54, № 2, с. 78-80
2012
Minimum energy reaction profiles for the hydrolysis reaction of the cyclic guanosine monophosphate in water: Comparison of the results of two QM/MM approaches
Morozov Dmitry
,
Khrenova Maria
,
Andrijchenko Natalya
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Computational and theoretical chemistry
, издательство
Elsevier
(United States)
, том 983, с. 88-94
DOI
2012
Quantum Chemistry Behind Bioimaging: Insights from Ab Initio Studies of Fluorescent Proteins and Their Chromophores
Bravaya Ksenia B.
,
Bella L Grigorenko
,
Alexander V Nemukhin
,
Krylov Anna I.
в журнале
Accounts of Chemical Research
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 45, № 2, с. 265-275
DOI
2012
Quantum chemical modelling in the research of molecular mechanisms of enzymatic catalysis
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko B.L.
,
Lushchekina S.V.
,
Varfolomeev Sergei D.
в журнале
Russian Chemical Reviews
, издательство
Turpion - Moscow Ltd.
(United Kingdom)
, том 81, № 11, с. 1011-1025
DOI
2012
Toward Molecular-Level Characterization of Photoinduced Decarboxylation of the Green Fluorescent Protein: Accessibility of the Charge-Transfer States
Bella L Grigorenko
,
Alexander V Nemukhin
,
Morozov Dmitry I.
,
Polyakov Igor V.
,
Bravaya Ksenia B.
, Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
DOI
2011
Computational Characterization of Reaction Intermediates in the Photocycle of the Sensory Domain of the AppA Blue Light Photoreceptor
Khrenova Maria G.
, Domratcheva Tatiana, Schlichting Ilme,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Photochemistry and Photobiology
, издательство
American Society for Photobiology
(United States)
, том 87, № 3, с. 564-573
DOI
2011
Computational Characterization of Reaction Intermediates in the Photocycle of the Sensory Domain of the AppA Blue Light Photoreceptor
Khrenova Maria G.,
Tatiana Domratcheva
,
Ilme Schlichting
,
Grigorenko Bella L.
, Nemukhin Alexander V.
в журнале
Photochemistry and Photobiology
, издательство
American Society for Photobiology
(United States)
, том 87, с. 564-573
DOI
2011
Conformational Partitioning in pH-Induced Fluorescence of the Kindling Fluorescent Protein (KFP)
Rusanov Alexander L.,
Mironov Vladimir A.
,
Goryashenko Alexander S.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Savitsky Alexander P.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 115, № 29, с. 9195-9201
DOI
2011
Coupling between the BLUF and EAL domains in the blue light-regulated phosphodiesterase BlrP1
Khrenova Maria
,
Domratcheva Tatiana
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Molecular Modeling
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 17, № 7, с. 1579-1586
DOI
2011
Effect of Protein Environment on Electronically Excited and Ionized States of the Green Fluorescent Protein Chromophore
Bravaya Ksenia B.
,
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 115, № 25, с. 8296-8303
DOI
2011
Minimum energy reaction profiles for ATP hydrolysis in myosin
Grigorenko Bella L.
,
Kaliman Ilya A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Molecular Graphics and Modelling
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 31, с. 1-4
DOI
2011
Quantum mechanical/molecular mechanical analysis of mechanisms of enzyme action. Human acetylcholinesterase
Lushchekina S.V.
,
Kaliman I.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Varfolomeev S.D.
в журнале
Russian Chemical Bulletin
, издательство
Springer Nature
(Switzerland)
, том 60, № 11, с. 2196-2204
DOI
2011
Моделирование механизма реакций гидролиза циклических гуанозинмонофосфатов в воде
Андрийченко Н.Н.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 52, с. 277-280
2010
Algorithms of the flexible effective fragment method used for modeling of transformations in enzyme active sites
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Polyakov I.
,
Morozov D.
,
Khrenova M.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 65, № 6, с. 355-357
2010
Modeling of the mechanism of hydrolysis of succinylcholine in the active site of native and modified (Asp70Gly) human butyrylcholinesterase
Lushchekina S.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Morozov D.I.
,
Polyakov I.V.
,
Nemukhin A.V.
,
Varfolomeev S.D.
в журнале
Russian Chemical Bulletin
, издательство
Springer Nature
(Switzerland)
, том 59, № 1, с. 55-60
DOI
2010
Potential Energy Landscape of the Electronic States of the GFP Chromophore in Different Protonation Forms: Electronic Transition Energies and Conical Intersections
Polyakov I.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Epifanovsky E.M.
,
Krylov A.I.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 6, № 8, с. 2377-2387
DOI
2010
Quantum Chemistry Calculations Provide Support to the Mechanism of the Light-Induced Structural Changes in the Flavin-Binding Photoreceptor Proteins
Khrenova M.G.
,
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Krylov A.I.
,
Domratcheva T.M.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 6, № 8, с. 2293-2302
DOI
2010
Structural forms of green fluorescent protein by quantum mechanics/molecular mechanics calculations
Grigorenko B.L.
,
Polyakov I.V.
,
Savitskii A.P.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Chemical Bulletin
, издательство
Springer Nature
(Switzerland)
, том 59, № 1, с. 61-65
DOI
2010
The effect of oxidation on the electronic structure of the green fluorescent protein chromophore
Epifanovsky E.
,
Polyakov I.
,
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Krylov A.I.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 132, № 11
DOI
2009
Biochemical evidence for the tyrosine involvement in cationic intermediate stabilization in mouse beta-carotene 15, 15 '-monooxygenase
Poliakov Eugenia
,
Gentleman Susan
,
Chander Preethi
,
Cunningham Francis X.
, Jr,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
, Michael Redmond T.
в журнале
BMC Biochemistry
, издательство
BioMed Central
(London)
, том 10
DOI
2009
Computer modeling of the structure and spectra of fluorescent proteins
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Savitsky A.P.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 1, № 2, с. 33-43
2009
Conformation-Dependent Chemical Reaction of Formic Acid with an Oxygen Atom
Khriachtchev Leonid
,
Domanskaya Alexandra
,
Marushkevich Kseniya
,
Rasanen Markku
,
Grigorenko Bella
,
Ermilov Alexander
,
Andrijchenko Natalya
,
Nemukhin Alexander
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 113, № 29, с. 8143-8146
DOI
2009
On photoabsorption of the neutral form of the green fluorescent protein chromophore
Topol Igor
,
Collins Jack
,
Polyakov Igor
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Biophysical Chemistry
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 145, № 1, с. 1-6
DOI
2009
Opening the Arg-Glu salt bridge in myosin: computational study
Kaliman Ilya
,
Grigorenko Bella
,
Shadrina Maria
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Physical Chemistry Chemical Physics
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 11, № 24, с. 4804-4807
DOI
2009
Quantum Chemical Benchmark Studies of the Electronic Properties of the Green Fluorescent Protein Chromophore. 1. Electronically Excited and Ionized States of the Anionic Chromophore in the Gas Phase
Epifanovsky Evgeny
,
Polyakov Igor
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 5, № 7, с. 1895-1906
DOI
2009
Quantum Chemical Benchmark Studies of the Electronic Properties of the Green Fluorescent Protein Chromophore: 2. Cis-Trans Isomerization in Water
Polyakov Igor
,
Epifanovsky Evgeny
,
Grigorenko Bella
,
Krylov Anna I.
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 5, № 7, с. 1907-1914
DOI
2009
Simulated O-18 Kinetic Isotope Effects in Enzymatic Hydrolysis of Guanosine Triphosphate
Nemukhin A.V.
, Shadrina M.S.,
Grigorenko B.L.
, Du X.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 74, № 9, с. 1044-1048
DOI
2008
Conformation dependence of pK(a)'s of the chromophores from the purple asFP595 and yellow zFP538 fluorescent proteins
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Savitsky A.P.
,
Collins J.R.
в журнале
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 863, № 1-3, с. 39-43
DOI
2008
Mechanism of the chemical step for the guanosine triphosphate (GTP) hydrolysis catalyzed by elongation factor Tu
Grigorenko B.L.
,
Shadrina M.S.
,
Topol I.A.
,
Collins J.R.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1784, № 12, с. 1908-1917
DOI
2008
Mechanisms of enzymatic hydrolysis of nucleoside triphosphates by quantum and molecular mechanics
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Shadrina M.S.
в журнале
Russian Journal of General Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 78, № 4, с. 696-703
DOI
2008
Molecular Models Predict Light-Induced Glutamine Tautomerization in BLUF Photoreceptors
Domratcheva Tatiana
,
Grigorenko Bella L.
,
Schlichting Ilme
, Nemukhin Alexander V.
в журнале
Biophysical Journal
, издательство
Biophysical Society
(United States)
, том 94, № 10, с. 3872-3879
DOI
2008
Molecular models predict light-induced glutamine tautomerization in BLUF photoreceptors
Domratcheva Tatiana,
Grigorenko Bella L.
, Schlichting Ilme,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Biophysical Journal
, издательство
Biophysical Society
(United States)
, том 94, № 10, с. 3872-3879
DOI
2008
Theoretical characterization of the 1,3-diazaazulene molecule and its derivatives
Bravaya K.B.,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Zhu Yun-Ji
, Zhang Jian-Ping
в журнале
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 855, № 1-3, с. 40-44
DOI
2007
Investigation of matrix-isolated species: spectroscopy and molecular modelling
Nemukhin A.V.
,
Khriachtchev L.Yu
,
Grigorenko B.L.
,
Bochenkova A.V.
,
Räsänen M.
в журнале
Russian Chemical Reviews
, издательство
Turpion - Moscow Ltd.
(United Kingdom)
, том 76, № 12, с. 1085-1092
DOI
2007
Mechanism of the myosin catalyzed hydrolysis of ATP as rationalized by molecular modeling
Grigorenko Bella L.
,
Rogov Alexander V.
,
Topol Igor A.
,
Burt Stanley K.
,
Martinez Hugo M.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
, издательство
National Academy of Sciences
(United States)
, том 104, № 17, с. 7057-7061
DOI
2007
Mechanisms of guanosine triphosphate hydrolysis by Ras and Ras-GAP proteins as rationalized by ab initio QM/MM simulations
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Shadrina Maria S.
,
Topol Igor A.
,
Burt Stanley K.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 66, № 2, с. 456-466
DOI
2007
Photochemical synthesis of H2O2 from the H2O center dot center dot center dot O(P-3) van der Waals complex: Experimental observations in solid krypton and theoretical modeling
Pehkonen Susanna
,
Marushkevich Kseniya
,
Khriachtchev Leonid
,
Rasanen Markku
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 111, № 45, с. 11444-11449
DOI
2006
Ground-state structures and vertical excitations for the kindling fluorescent protein asFP595
Grigorenko Bella
,
Savitsky Alexander
,
Topol Igor
,
Burt Stanley
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 110, № 37, с. 18635-18640
DOI
2006
Mechanism of triphosphate hydrolysis in aqueous solution: QM/MM simulations in water clusters
Grigorenko B.L.
,
Rogov A.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 110, № 9, с. 4407-4412
DOI
2006
Modeling dioxygen binding to the non-heme iron-containing enzymes
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
International Journal of Quantum Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 106, № 10, с. 2184-2190
2006
Molecular modeling the reaction mechanism of serine-carboxyl peptidases
Bravaya Ksenia
,
Bochenkova Anastasia
,
Grigorenko Bella
,
Topol Igor
,
Burt Stanley
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 2, № 4, с. 1168-1175
DOI
2006
trans and cis Chrornophore structures in the kindling fluorescent protein asFP595
Grigorenko Bella
,
Savitsky Alexander
,
Topol Igor
,
Burt Stanley
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 424, № 1-3, с. 184-188
DOI
2005
Computational study of a transition state analog of phosphoryl transfer in the Ras-RasGAP complex: AlFx versus MgF3-
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Cachau R.E.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Molecular Modeling
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 11, № 6, с. 503-508
DOI
2005
Modeling dioxygen activation by nonheme iron containing enzymes
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 230, с. U2938-U2938
2005
Modeling the Mechanism of GTP Hydrolysis by the RAS-GAP Protein Complex
Grigorenko B.L.
,
Rogov A.V.
,
Knyazeva M.A.
,
Isaeva E.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 46, № 1, с. 19-23
2005
QM/MM modeling the Ras-GAP catalyzed hydrolysis of guanosine triphosphate
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Cachau R.E.
,
Burt S.K.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 60, № 3, с. 495-503
DOI
2005
QM/MM potential energy surfaces for modeling mechanisms of enzymatic reactions
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 230, с. U2949-U2949
2004
A simulation of the reaction between glutathion and the hydroxymethyl radical in water by combined quantum and molecular mechanics methods
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Knyazeva M.A.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 78, № 6, с. 888-895
2004
Applications of the flexible effective fragment QM/MM technique for modeling biomolecular processes
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 228, с. U240-U241
2004
Mechanism of the guanosine triphosphate hydrolysis by RAS-GAP proteins as studied by the flexible effective fragment QM/MM technique
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Topol I.A.
,
Cachau R.E.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 228, с. U295-U295
2004
Modeling of serine protease prototype reactions with the flexible effective fragment potential quantum mechanical/molecular mechanical method
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Rogov A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Theoretical Chemistry Accounts
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 111, № 1, с. 36-48
DOI
2004
QM/MM modeling of the glutathione-hydroxymethyl radical reaction in watery
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Physical Chemistry Chemical Physics
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 6, № 5, с. 1031-1038
DOI
2004
Quantum chemical modeling of the GTP hydrolysis by the RAS-GAP protein complex
Topol I.A.
,
Cachau R.E.
,
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Burt S.K.
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1700, № 1, с. 125-136
DOI
2004
Structures of the peptide-water complexes studied by the hybrid quantum mechanical-molecular mechanical (QM/MM) technique
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Bochenkova A.V.
, Kovba V.M.,
Epifanovsky E.M.
в журнале
Structural Chemistry
, издательство
Springer-Verlag
(Heidelberg, Germany)
, том 15, № 1, с. 3-9
DOI
2003
Flexible effective fragment QM/MM method: Validation through the challenging tests
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Topol I.A.
,
Burt
в журнале
Journal of Computational Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 24, № 12, с. 1410-1420
DOI
2003
Modeling chemical reactions in proteins by the QM/MM method based on the flexible effective fragment potential technique
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 226, с. U271-U272
2003
Practical implementation of the flexible effective fragment QM/MM method for modeling chemical reactions in condensed phases
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 226, с. U306-U306
2003
Quantum chemical simulations of the proton transfer in water wires attached to molecular walls
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 107, № 13, с. 2958-2965
DOI
2002
A QM/MM approach with effective fragment potentials applied to the dipeptide-water structures
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Bochenkova A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 581, с. 167-175
DOI
2002
Intermolecular complexes of HXeOH with water: Stabilization and destabilization effects
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Khriachtchev L.
,
Tanskanen H.
,
Pettersson M.
,
Rasanen M.
в журнале
Journal of the American Chemical Society
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 124, № 36, с. 10706-10711
DOI
2002
Modeling of biomolecular systems with the quantum mechanical and molecular mechanical method based on the effective fragment potential technique: Proposal of flexible fragments
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 106, № 44, с. 10663-10672
DOI
2002
On the origin of potential barrier for the reaction OH-+CO2 -> HCO3- in water: Studies by using continuum and cluster solvation methods
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 106, № 7, с. 1734-1740
DOI
2001
Calculations of the vibrational spectrum and dynamics of the ArHF complex with a semiempirical potential energy surface
Buchachenko A.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Stepanov N.F.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 75, № 3, с. 336-342
2001
Emission of SH radicals in solid krypton: mixed quantum-classical molecular dynamics simulations
Firsov D.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Khriachtchev L.Y.
,
Rasanen M.O.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 338, № 4-6, с. 317-322
DOI
2001
Formation of mixed d- and f-block metal clusters in inert matrices: comparison of the observed and theoretical optical spectra of AgHo
Klotzbucher W.E.
,
Petrukhina M.A.
,
Nemukhin A.V.
,
Ermilov A.Y.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
Spectrochimica Acta - Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 57, № 5, с. 1093-1101
DOI
2000
A new hybrid approach for modeling reactions in molecular clusters: Application for the hydrogen bonded systems
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Skasyrskaya E.Y.,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 112, № 2, с. 513-521
DOI
2000
An analysis of stationary points on the (HF)(n) potential surfaces (n <= 6) predicted by the diatomics-in-ionic-systems model
Grigorenko B.L.
,
Moskovsky A.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 498, с. 47-60
DOI
2000
Hydrogen bonding at the diatomics-in-molecules level: Water clusters
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 113, № 7, с. 2638-2647
DOI
2000
New approach for the calculation of energy potential surface of molecular clusters
Grigorenko B.L.
,
Skasirskaya E.Y.
,
Knuazeva M.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
IZVESTIYA AKADEMII NAUK SSSR SERIYA FIZICHESKAYA
, том 64, № 8, с. 1502-1505
2000
Structures of the medium-size hydrogen fluoride clusters
Moskovsky A.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Granovsky A.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 74, с. S228-S236
1999
Ab initio potential curves of the fragments and diatomics-in-molecules potential energy surfaces for the SH center dot center dot center dot Kr complex
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Granovsky A.A.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 301, № 3-4, с. 287-296
DOI
1999
ArHF vibrational predissociation dynamics using the diatomics-in-molecule potential energy surface
Buchachenko A.A.
,
Stepanov N.F.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 111, № 6, с. 2470-2477
1999
Diatomics-in-ionic-systems and ab initio predictions for the stationary points on potential energy surfaces of the (HF)(n) clusters (n=3-6)
Grigorenko B.L.
,
Moskovsky A.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 111, № 10, с. 4442-4452
DOI
1999
Excited-state site effects in luminescence spectroscopy of SH radicals in krypton matrices: Experiment and simulations
Grigorenko B.
,
Khriachtchev L.
,
Nemukhin A.
, Petterson M.,
Isoniemi E.
,
Rasanen M.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 110, № 12, с. 5836-5843
DOI
1998
Charge localization and fragmentation dynamics of ionized helium clusters
Ovchinnikov M.,
Grigorenko B.L.
, Janda K.C., Apkarian V.A.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 108, № 22, с. 9351-9361
DOI
1998
Hydrogen bonding described through diatomics-in-ionic-systems: The HF dimer
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Apkarian V.A.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 108, № 11, с. 4413-4425
DOI
1998
MD-DIM simulations of the (3)Pi(g)(ion-pair)->(3)Pi(u)(valence) red-shifted transitions of Cl-2 in neon matrices
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Ozhegova N.V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 296, № 1-2, с. 84-92
DOI
1998
Molecular dynamics of clusters with potential energy surfaces by the method of two-atomic fragments
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Ozhegova N.V.,
Knyazeva M.A.
в журнале
IZVESTIYA AKADEMII NAUK SSSR SERIYA FIZICHESKAYA
, том 62, № 6, с. 1164-1168
1998
Towards quantitative diatomics-in-molecules model for the water molecule
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Apkarian V.A.
в журнале
Chemical Physics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 232, № 3, с. 321-328
DOI
1997
Ab initio potential functions for the ionic states of OH
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 276, № 3-4, с. 171-176
DOI
1997
Calculations of the structure of ArnHF clusters in terms of a DM potential of ArHF
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Sultanov V.B.
в журнале
Chemical Physics Reports
, том 16, № 12, с. 2101-2109
1997
Diatomics-in-molecules description of the Rg-Hal(2) rare gas halogen van der Waals complexes with applications to He-Cl-2
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Buchachenko A.A.
,
Stepanov N.F.
,
Umanskii S.Y.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 106, № 11, с. 4575-4588
1997
Inclusion of ion-pair states in the diatomics-in-molecules description of potential energy surfaces: van der Waals complexes of He-Cl-2 and Ar-Cl-2
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Apkarian V.A.
в журнале
Chemical Physics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 219, № 2-3, с. 161-172
DOI
1997
Modeling properties of the HF dimer in argon clusters
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
International Journal of Quantum Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 62, № 1, с. 55-65
DOI
1997
Modeling the spectra of matrix-isolated molecules
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Ozhegova N.V.
в журнале
Journal of Structural Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 38, № 2, с. 207-211
DOI
1997
Modelling trapping sites of (HF)(2) in argon clusters
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 270, № 1-2, с. 103-107
DOI
1997
Molecular dynamics of small magnesium clusters in argon matrices
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Ozhegova N.V.
в журнале
Chemical Physics Reports
, том 16, № 1, с. 77-83
1997
Simulation of lithium fragment vibrations in graphite intercalates
Nemukhin A.V.
, Ozhegova N.V.,
Ermilov A.Y.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
Zhurnal Fizicheskoi Khimii
, том 71, № 9, с. 1656-1659
1997
Simulation of the properties of lithium clusters in argon matrices
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Ozhegova N.V.
в журнале
Zhurnal Fizicheskoi Khimii
, том 71, № 2, с. 306-309
1996
Many-body potentials and dynamics based on diatomics-in-molecules: Vibrational frequency shifts in ArnHF (n=1-12,62) clusters
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Apkarian V.A.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 104, № 14, с. 5510-5516
DOI
1996
Theoretical vibrational spectrum of (HF)(2) in argon matrices
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Savin A.V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 250, № 2, с. 226-231
DOI
1995
INERT MATRIX EFFECTS ON PROPERTIES OF MATRIX-ISOLATED MOLECULES
NEMUKHIN AV
,
GRIGORENKO BL
,
SERGEEV GB
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 36, № 4, с. 379-382
1995
PROPERTIES OF THE NBR MOLECULE IN ARGON CLUSTERS
NEMUKHIN AV
,
GRIGORENKO BL
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 233, № 5-6, с. 627-631
DOI
1995
Влияние инертных матриц на свойства матрично-изолированных молекул
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Сергеев Г.Б.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 36, № 4, с. 379-381
1994
COMPUTER MODELING OF SMALL CLUSTERS IN NICKEL-PHOSPHORUS SYSTEMS
STEPANYUK VS,
GRIGORENKO BL
, SZASZ A., KATSNELSON AA, WATSON LM
в журнале
Journal of Non-Crystalline Solids
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 176, № 2-3, с. 133-139
DOI
1994
EFFECT OF ARGON ATOMS ON CHARGE-DISTRIBUTIONS IN SMALL LITHIUM CLUSTERS
GRIGORENKO BL
,
NEMUKHIN AV
,
SERGEEV GB
, STEPANYUK VS,
SZASZ A.
в журнале
Physical Review B
, издательство
American Physical Society
(United States)
, том 50, № 24, с. 18666-18669
DOI
1994
SIMULATIONS OF KRYPTON MATRIX EFFECTS ON THE ELECTRONIC-SPECTRUM OF NA-2
NEMUKHIN AV
,
GRIGORENKO BL
,
SERGEEV GB
в журнале
Canadian Journal of Physics
, издательство
NRC Research Press
(Canada)
, том 72, № 11-12, с. 909-912
1992
STRUCTURE OF METAL-METALLOID CLUSTERS
STEPANYUK VS,
GRIGORENKO BL
, KATSNELSON AA
в журнале
Fizika Tverdogo Tela
, том 34, № 3, с. 765-768
1990
ELECTRONIC BAND-STRUCTURE CALCULATIONS OF MGO CONTAINING F+-CENTERS AND F-CENTERS
STEPANYUK VS,
GRIGORENKO BL
, KATZNELSON AA, FARBEROVICH OV, MIKHAILIN VV
в журнале
Fizika Tverdogo Tela
, том 32, № 2, с. 588-592
1990
ELECTRONIC-STRUCTURE SIMULATION OF AMORPHOUS NI-P SYSTEM
STEPANYUK VS,
GRIGORENKO BL
, KATSNELSON AA, SZASZ A., FARBEROVICH OV
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 3: Физика, астрономия
, издательство
Изд-во Моск. ун-та
(М.)
, том 31, № 4, с. 95-97
1990
ON THE ELECTRONIC-STRUCTURE OF SMALL NI-P CLUSTERS
STEPANYUK VS, SZASZ A., KATSNELSON AA,
GRIGORENKO BL
, FARBEROVICH OV
в журнале
Physica Status Solidi (B): Basic Research
, издательство
John Wiley & Sons Ltd.
(United Kingdom)
, том 160, № 1, с. 219-224
DOI
1989
ELECTRONIC-STRUCTURE AND OPTICAL-PROPERTIES OF MGO - BAND-STRUCTURE CALCULATION AND CLUSTER MODEL
STEPANYUK VS, SZASZ A.,
GRIGORENKO BL
, FARBEROVICH OV, KATSNELSON AA
в журнале
Physica Status Solidi (B): Basic Research
, издательство
John Wiley & Sons Ltd.
(United Kingdom)
, том 155, № 1, с. 179-184
DOI
Статьи в сборниках
2020
QM/MM Approaches Shed Light on GFP Puzzles
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko Bella L.
в сборнике
Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics
, место издания
Springer International Publishing Cham
, с. 271-292
DOI
2017
Зеленый флуоресцентный белок: от рождения до смерти
Григоренко Б.Л.
,
Поляков И.В.
,
Миронов В.А.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности / Под редакцией: академика В.А. Садовничего, академика Г.И. Савина, чл.-корр. РАН Вл.В. Воеводина
, серия
Суперкомпьютерное образование
, место издания
Издательство Московского университета Москва
, том 7, с. 33-44
2014
Квантово-химическое моделирование в исследовании молекулярных механизмов действия ферментов
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Поломских В.С.
,
Новичкова Д.А.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
Физическая химия биопроцессов
, место издания
Издательская группа URSS Москва
, с. 141-188
2011
Modeling Structure of the Light Harvesting Complex LH1 from the Bacterial Photosynthetic Center of Thermochromatium tepidum
Grigorenko B.L.
,
Khrenova M.G.
,
Nemukhin A.V.
,
J-P Zhang
в сборнике
Molecular Dynamics of Nanobiostructures
2011
Холинэстеразы человека. Суперкомпьютерные вычисления в исследовании механизма действия и роли молекулярного полиморфизма белковой молекулы
Лущекина С.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
«Постгеномные исследования и технологии» под ред. члена-корреспондента РАН С.Д.Варфоломеева
, место издания
Изд. МГУ Москва
, с. 15-102
2010
Применение суперкомпьютеров для установления механизмов биохимических реакций
Лущекина С.В.
,
Массон П.
,
Нашон Ф.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности
, серия
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности
, место издания
Изд-во Московского Университета, Москва
, с. 69-76
редактор
Садовничий Виктор Антонович
2009
Суперкомпьютеры и квантовая биохимия
Хренова М.Г.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности / Под редакцией: академика В.А. Садовничего, академика Г.И. Савина, чл.-корр. РАН Вл.В. Воеводина
, место издания
Изд-во Московского университета Москва
, том 1, с. 22-1-22-5
2008
Computational approaches in modeling spectra of biological chromophores
Alexander V Nemukhin
,
Bella L Grigorenko
,
Bochenkova Anastasia V.
,
Bravaya Ksenia B.
,
Alexander P Savitsky
в сборнике
SMALL ANIMAL WHOLE-BODY OPTICAL IMAGING BASED ON GENETICALLY ENGINEERED PROBES
, серия
PROCEEDINGS OF THE SOCIETY OF PHOTO-OPTICAL INSTRUMENTATION ENGINEERS (SPIE)
, том 6868, с. 86804-86804
DOI
Книги
2022
Конспект лекций по квантовой механике для химиков
Немухин А.В.
,
Бучаченко А.А.
,
Григоренко Б.Л.
место издания
Издательство Московского университета Москва
, ISBN 978-5-19-011697-7, 54 с.
2020
Фосфорорганические нейротоксины
Андриянова Мария Сергеевна
,
Асланлы А.Г.
, Басова Наталия Евгеньевна, Быков Виктор Иванович,
Варфоломеев Сергей Дмитриевич
, Горбунов Константин Сергеевич,
Гореленков Валентин Константинович
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Гудков Денис Андреевич
,
Завьялов Василий Владимирович
,
Завьялова Наталья Васильевна
, Злобин Александр Владимирович,
Еременко Аркадий Вениаминович
,
Еремин Сергей Александрович
, Ермакова Инна Тихоновна,
Ефременко Елена Николаевна
, Иноземцев Валерий Александрович, Комиссаренко Сергей Анатольевич,
Курочкин Илья Николаевич
, Леонтьевский Алексей Аркадьевич,
Лущекина Софья Владимировна
,
Лягин Илья Владимирович
,
Маслова Ольга Васильевна
, Ивон Морис Массон Патрик,
Махаева Галина Файвелевна
,
Махлис Татьяна Абрамовна
, Медвецкий Игорь Викторович,
Моралев Сергей Николаевич
, Нельга Игорь Аликович,
Нечаева Наталья Леонидовна
,
Новичкова Дана Александровна
,
Немухин Александр Владимирович
,
Розенгарт Евгений Викторович
, Свиридов Алексей Владимирович,
Сенько Ольга Витальевна
,
Степанов Николай Алексеевич
, Третьяков Сергей Вадимович, Фролов Георгий Александрович,
Цыбенова Светлана Батожаргаловна
, Шерстюк Артем Валерьевич, Шушкова Татьяна Валентиновна, Эпиктетов Дмитрий Олегович
место издания
РИОР Москва
, ISBN 978-5-369-02026-5, 380 с.
DOI
2014
Физическая химия биопроцессов
Варфоломеев С.Д.
,
Луковенков А.В.
,
Семенова Н.А.
,
Быков В.И.
,
Цыбенова С.Б.
,
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Поломских В.С.
,
Новичкова Д.А.
, Денисова Т.Г.,
Денисов Е.Т.
,
Угарова Н.Н.
,
Кокшаров М.И.
,
Котельников А.И.
, Медведев Э.С.,
Горячев Н.С.
,
Чухрай Е.С.
,
Атякшева Л.Ф.
,
Татиколов А.С.
,
Гариев И.А.
, Упоров И.В., Островский М.А.,
Фельдман Т.Б.
,
Кондаков С.Э.
,
Мельников М.Я.
,
Курова В.С.
,
Курочкин И.Н.
,
Каламкаров Г.Р.
,
Бугрова А.Е.
,
Федорченко К.Ю.
, Попов И.А., Кононихин А.С.,
Кукаев Е.Н.
,
Стародубцева Н.Л.
,
Индейкина М.И.
,
Костюкевич Ю.И.
,
Владимиров Николаева Г.Н.М.И
,
Пеков С.И.
, Николаев Е.Н.,
Ефременко Е.Н.
, Крылова Л.П.
место издания
КРАСАНД Москва
, ISBN 978-5-396-00585-3, 800 с.
Доклады на конференциях
2023
Квантовохимическое моделирование фотореакции гидратации хромофора флуоресцентного белка Dreiklang
(Устный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. МКО-2023
, Россия, 23-27 января 2023
2023
Моделирование реакций присоединения кислорода во флавин-зависимых монооксигеназах методами квантовой химии
(Стендовый)
Авторы:
Одинцов Константин Викторович
,
Домрачева Т.М.
,
Григоренко Б.Л.
МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. МКО-2023
, Россия, 23-27 января 2023
2022
Квантово-химическое моделирование реакций переноса электрона с участием флавина
(Стендовый)
Авторы:
Одинцов К.В.
,
Домрачева Т.М.
,
Григоренко Б.Л.
Open Science 2022
, г. Гатчина, Ленинградская область, Россия, 16-18 ноября 2022
2022
Достижения и проблемы моделирования биомолекулярных систем методами квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ)
(Пленарный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Поляков И.В.
XXIX Международная конференция «Математика. Компьютер. Образование»
, Дубна, Россия, 24-29 января 2022
2021
Компьютерное моделирование молекулярных процессов с участием компонентов вируса SARS-CoV-2
(Пленарный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств"
, Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
2020
Современные вычислительные методы моделирования механизмов ферментативных реакций и их ингибирования
(Устный)
Авторы:
Хренова М.Г.
,
Григоренко Б.Л.
,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
Ломоносовские чтения 2020. Секция "Химия"
, Москва, Россия, 26-30 октября 2020
2019
Моделирование структуры активного сайта фермента N-ацетилглутаматсинтазы
(Устный)
Авторы:
Поляков Игорь Вадимович
,
Книга А.Е.
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Немухин Александр Владимирович
XIX Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы «Биохимическая физика»
, Москва, Россия, 28-30 октября 2019
2019
Моделирование структур и спектров флуоресцентных белков на основе бактериальных фитохромов
(Устный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"
, Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
2019
Молекулярное моделирование ковалентного связывания биливердина в белке miRFP670
(Стендовый)
Авторы:
Миронов В.А.
,
Хренова М.Г.
,
Кулакова А.М.
,
Григоренко Б.Л.
I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"
, Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
2019
Молекулярное моделирование флуоресцентных белков: От квантовой химии хромофоров до динамики макромолекул
(Приглашенный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"
, Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
2019
От молекулярного моделирования механизмов ферментативных реакций до стационарной кинетики Михаэлиса-Ментен
(Устный)
Авторы:
Хренова М.Г.
,
Миронов В.А.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
«Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем» (ChemSci-2019)
, Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук (ИОХ РАН), Россия, 13-17 мая 2019
2018
Solving the mystery of the deceptively simple reaction of enzymatic hydrolysis of guanosine triphosphate
(Пленарный)
Авторы:
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Moskovsky A.
16-th V.A. Fock Meeting on Quantum, Theoretical and Computational Chemistry
, город Сочи, Россия, 1-5 октября 2018
2018
Суперкомпьютерное моделирование структуры и спектров фитохромов
(Стендовый)
Авторы:
Поляков Игорь Вадимович
,
Миронов Владимир Александрович
,
Московский Александр Александрович
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Немухин Александр Владимирович
Суперкомпьютерные дни в России
, Москва, Россия, 24-25 сентября 2018
2017
Фотопревращения флуоресцентного белка DREIKLANG по результатам квантово-химического моделирования
(Устный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
Всероссийская конференция по квантовой и вычислительной химии (Уфа, 13-17 ноября 2017 г.)
, Уфа, Россия, 13-17 ноября 2017
2017
Computational modeling of molecular processes in proteins
(Приглашенный)
Авторы:
Nemukhin A.V.
,
Kots E.D.
,
Grigorenko B.L.
,
Khrenova M.G.
11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists, 27 Aug – 1 Sep 2017 in Munich, Germany
, Мюнхен, Германия, 27 августа - 1 сентября 2017
2016
Механизм реакции гидролиза гуанозинтрифосфата в белковом комплексе Arl3-RP2 по результатам молекулярного моделирования
(Устный)
Авторы:
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Григоренко Б.Л.
,
Миронов В.А.
МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. МКО-2016
, Дубна, Россия, 25-30 января 2016
2015
Chemical Transformations in the Active Sites of Cholinesterases Modeled by Quantum-Based Simulations
(Устный)
Авторы:
Nemukhin A.
,
Lushchekina S.
,
Grigorenko B.
,
Kulakova A.
,
Ermilov A.
,
Varfolomeev S.
International Conference "Biocatalysis-2015: Fundamentals and Applications", Moscow region, Avantel Club Istra
, Moscow region, Avantel Club Istra, Россия, 21-26 июня 2015
2015
Modeling C-di-GMP Hydrolysis by Phosphodiesterases with the EAL Domain
(Устный)
Авторы:
Григоренко Б.Л.
,
Князева М.А.
,
Немухин А.В.
International Conference "Biocatalysis-2015: Fundamentals and Applications", Moscow region, Avantel Club Istra
, Moscow region, Avantel Club Istra, Россия, 21-26 июня 2015
2014
Simulations of Proton Transfer Routes in Proteins of the Green Fluorescent Protein Family
(Не указан)
Авторы:
Alexander Nemukhin
,
Bella Grigorenko
,
Vladimir Mironov
248th American Chemical Society National Meeting & Exposition
, San Francisco, CA, USA, США, 2014
2014
Квантовохимическое моделирование стадии ацилирования в реакции гидролиза ацетилхолина в активном сайте ацетилхолинэстеразы
(Устный)
Авторы:
Григоренко Б.Л.
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
XIV ежегодная международная молодежная конференция ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика"
, ИБХФ РАН, Россия, 2014
2014
Моделирование компонентов солнечных элементов, сенсибилизированных красителем, с помощью современных методов квантовой химии
(Устный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
XXVI Cимпозиум Современная химическая физика
, Туапсе, 20 сентября - 1 октября 2014
2011
Механизмы реакций гидролиза молекул нуклеозидфосфатов
Авторы:
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Исаева Е.В.
,
Князева М.А.
XXIII Симпозиум "Современная химическая физика"
, РФ г. Туапсе, Россия, 23 сентября - 4 октября 2011
Тезисы докладов
2023
Квантово-химическое моделирование реакций переноса электрона с участием флавина
Одинцов К.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Домрачева Т.М.
в сборнике
Сборник тезисов IX Всероссийского молодёжного научного форума с международным участием "Open Science 2022"
, место издания
НИЦ «Курчатовский институт» – ПИЯФ
, тезисы, с. 98-98
2021
Компьютерное моделирование молекулярных процессов с участием компонентов вируса SARS-CoV-2
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
в сборнике
XXVII СИМПОЗИУМ «БИОИНФОРМАТИКА И КОМПЬЮТЕРНОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ ЛЕКАРСТВ». Сборник научных трудов
, место издания
Москва: Институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича
, тезисы, с. 16-16
DOI
2019
Diversity of mechanisms in enzyme-catalyzed phosphorus-oxygen bond cleavage reactions
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Lushchekina S.
,
Polyakov I.
,
Moskovsky A.
в сборнике
Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow
, тезисы, с. 28
2019
Моделирование структур и спектров флуоресцентных белков на основе бактериальных фитохромов
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента""
, место издания
ISBN 978-5-4465-2339-9
, тезисы, с. 18-19
2019
Моделирование структуры активного сайта фермента N-ацетилглутаматсинтазы
Поляков Игорь Вадимович
,
Книга А.Е.
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Немухин А.В.
в сборнике
Труды XIX Ежегодной молодежной конференции с международным участием ИБХФ РАН-ВУЗЫ "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", III симпозиума "СОВРЕМЕННОЕ МАТЕРИАЛОВЕДЕНИЕ",
, место издания
ООО АЛЬТИГРАФИКА Москва
, том 13, тезисы, с. 177-179
2019
Молекулярное моделирование ковалентного связывания биливердина в белке miRFP670
Кулакова А.М.
,
Григоренко Б.Л.
,
Миронов В.А.
,
Хренова М.Г.
в сборнике
Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента""
, место издания
ISBN 978-5-4465-2339-9
, тезисы, с. 24-25
2019
Молекулярное моделирование ферментативных систем мозга человека
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Поляков И.В.
,
Книга А.Е.
,
Григоренко Б.Л.
в сборнике
Тезисы докладов XXXI Симпозиума Современная химическая физика
, место издания
Москва
, тезисы, с. 28
2019
Молекулярное моделирование флуоресцентных белков: от квантовой химии хромофоров до динамики макромолекул
Григоренко Б.Л.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента""
, место издания
ISBN 978-5-4465-2339-9
, тезисы, с. 14-15
2019
От молекулярного моделирования механизмов ферментативных реакций до стационарной кинетики Михаэлиса-Ментен
Хренова М.Г.
,
Миронов В.А.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Сборник тезисов Всероссийская конференция "Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем"
, серия
ISBN 978-5-6041187-6-4
, тезисы, с. 80-80
2018
Computational analysis of reaction mechanisms for optimization of butyrylcholinesterase-based catalytic bioscavengers against organophosphorus agents
Lushchekina S.
,
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Varfolomeev S.
,
Masson P.
в сборнике
Military Medical Science Letters (13th INTERNATIONAL MEETING ON CHOLINESTERASES, 7 th INTERNATIONAL CONFERENCE ON PARAOXONASES, 9. - 14.9.2018, University of Hradec Kralove, Hradec Kralove, Czech Republic)
, том 87, тезисы, с. 13-13
2018
Solving the mystery of the deceptively simple reaction of enzymatic hydrolysis of guanosine triphosphate. Book of Abstracts of the 16th V.A. Fock Meeting on Quantum, Theoretical and Computational Chemistry, p. 8, 2018
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Moskovsky A.
в сборнике
Book of Abstracts of the 16th V.A.Fock Meeting on Quantum, Theoretical and Computational Chemistry
, тезисы, с. 8-8
2017
Computational modeling of molecular processes in proteins
Alexander Nemukhin
,
Bella Grigorenko
,
Maria Khrenova
,
Sofya Lushchekina
,
Ekaterina Kots
в сборнике
WATOC 2017 11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists, Munich, Germany, 27 August – 1 September 2017
, место издания
Munich, Germany
, тезисы, с. I-105
2017
Molecular mechanisms of chromophore maturation and decomposition in the green fluorescent protein
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
в сборнике
11th International Conference "Biocatalysis-2017"
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd Moscow
, тезисы, с. 33-33
2017
Молекулярные механизмы формирования и разрушения хромофоров в цветных белках
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Московский А.А.
,
Лущекина С.В.
в сборнике
Сборник тезисов XXIХ Симпозиума Современная химическая физика
, тезисы, с. 26
2017
ФОТОПРЕВРАЩЕНИЯ ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО БЕЛКА DREIKLANG ПО РЕЗУЛЬТАТАМ КВАНТОВОХИМИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Сборник тезисов докладов всероссийской конференции по квантовой и математической химии 2017
, место издания
Издательство УГНТУ Уфа
, тезисы, с. 51-51
2015
Modeling C-di-GMP Hydrolysis by Phosphodiesterases with the EAL Domain. Book of
Grigorenko B.L.
,
Knyazeva M.A.
,
Nemukhin A.V.
в сборнике
Abstrcts of International conference Biocatalysis-2015
, тезисы
2001
Molecular Dynamics Simulations of the SH(Ã) radicals in krypton matrices
Firsov Denis A.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Khriachtchev Leonid
,
Räsänen Markku
в сборнике
The Chemistry and Physics of Matrix Isolated Species
, место издания
Szklarska Poręba, Poland
, тезисы, с. P3.20-P3.20
2001
Molecular dynamics simulations of the SH(A2Σ+) radicals in krypton matrices. The emission spectra and radiative lifetime prediction
Firsov D.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в сборнике
Всероссийская школа-конференция им. В. А. Фока по квантовой и вычислительной химии
, место издания
Новгород Великий
, тезисы, с. 144-144
1999
Diatomics-in-molecules: the tool to model condense phase phenomena
Nemukhin Aleksandr V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Firsov Denis A.
в сборнике
Kemia 99. Finnish Chemical Congress and Exhibition
, место издания
Helsinki, Finland
, тезисы, с. 27-27
НИРы
1 января 2022 - 31 декабря 2024
Многомасштабное моделирование сложных химических реакций в фотоактивных белках
НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
Руководитель:
Григоренко Б.Л.
Ответственные исполнители:
Домрачева Т.М.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
Участники НИР:
Блинова А.Р.
,
Захарова Т.М.
,
Капуста Д.П.
,
Кулакова А.М.
,
Одинцов К.В.
1 января 2021 - 31 декабря 2024
Строение и динамика атомно-молекулярных систем
Кафедра физической химии
Руководитель:
Немухин А.В.
Ответственные исполнители:
Безруков Д.С.
,
Хренова М.Г.
Участники НИР:
Абраменков А.В.
,
Андронова Т.А.
,
Батаев В.А.
,
Бедняков А.С.
,
Белега Е.Д.
,
Белов А.С.
,
Богдашин В.А.
,
Бохан Д.А.
,
Боченкова А.В.
,
Волынкина И.А.
,
Глебов И.О.
,
Годунов И.А.
,
Головкин А.В.
,
Голосная М.Н.
,
Григоренко Б.Л.
,
Давыдова И.Б.
,
Домрачева Т.М.
,
Духовских Е.А.
,
Емельянова М.А.
,
Еремин В.В.
,
Ермилов А.Ю.
,
Занина А.А.
,
Зареченская А.С.
,
Исаева Е.В.
,
Кабылда А.М.
,
Капуста Д.П.
,
Клещина Н.Н.
,
Князева М.А.
,
Козлов М.И.
,
Козлов С.В.
,
Корнейчук А.Я.
,
Королева Л.А.
,
Кочергина И.Ю.
,
Краснощеков С.В.
,
Кузьменко Н.Е.
,
Кулакова А.М.
,
Курамшина Г.М.
,
Лазарев А.В.
,
Ларин А.В.
,
Максимов С.В.
,
Марина В.И.
,
Маслов Д.В.
,
Метелешко Ю.И.
,
Миронов В.А.
,
Московский А.А.
,
Мулашкина Т.И.
,
Никитина Н.А.
,
Осин С.Б.
,
Пазюк Е.А.
,
Петров С.В.
,
Пичугина Д.А.
,
Поддубный В.В.
,
Поляков И.В.
,
Родин В.А.
,
Руденко А.Ю.
,
Рыбаков А.А.
,
Рыжова О.Н.
,
Сенявин В.М.
,
Степанов Н.Ф.
,
Сызганцева О.А.
,
Татаренко К.А.
,
Терашкевич В.А.
,
Трубников Д.Н.
,
Уркунова Т.А.
,
Устынюк Л.Ю.
,
Финенко А.А.
,
Хохлов Д.В.
,
Хрустов В.Ф.
,
Чистиков Д.Н.
,
Шепелев Н.М.
,
Шляпина В.Л.
,
Щербинин А.В.
,
Яковлев Н.Н.
1 января 2020 - 31 декабря 2021
Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
Руководитель:
Григоренко Б.Л.
Ответственный исполнитель:
Хренова М.Г.
Участники НИР:
Домрачева Т.М.
,
Захарова Т.М.
,
Капуста Д.П.
,
Кулакова А.М.
,
Метелешко Ю.И.
,
Миронов В.А.
,
Мулашкин Ф.Д.
,
Поляков И.В.
1 марта 2019 - 30 декабря 2022
Суперкомпьютерное моделирование биомолекулярных систем на основе квантово-химических и молекулярно-динамических методов: от ферментативного катализа до оптогенетики
ИБХФ РАН
Руководитель:
Немухин А.В.
Ответственные исполнители:
Коц Е.Д.
,
Лущекина С.В.
,
Московский А.А.
Участники НИР:
Григоренко Б.Л.
,
Лычко Л.А.
,
Миронов В.А.
,
Поляков И.В.
1 января 2019 - 31 декабря 2021
Молекулярное моделирование механизмов ферментативных реакций фосфорилирования-дефосфорилирования
Кафедра физической химии
Руководитель:
Григоренко Б.Л.
Ответственный исполнитель:
Поляков И.В.
Участники НИР:
Капуста Д.П.
,
Книга А.Е.
,
Кулакова А.М.
16 апреля 2017 - 28 декабря 2018
Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма ферментов человека
ИБХФ РАН
Руководитель:
Немухин А.В.
Ответственный исполнитель:
Московский А.А.
Участники НИР:
Григоренко Б.Л.
,
Коц Е.Д.
,
Кулакова А.М.
,
Лычко Л.А.
,
Миронов В.А.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
1 января 2017 - 31 декабря 2019
Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
Кафедра физической химии
Руководитель:
Григоренко Б.Л.
Ответственный исполнитель:
Хренова М.Г.
Участники НИР:
Капуста Д.П.
,
Коц Е.Д.
,
Кулакова А.М.
,
Лычко Л.А.
,
Метелешко Ю.И.
,
Миронов В.А.
,
Поляков И.В.
1 января 2016 - 31 декабря 2020
Строение и динамика атомно-молекулярных систем
Кафедра физической химии
Руководители:
Немухин А.В.
,
Степанов Н.Ф.
Ответственный исполнитель:
Безруков Д.С.
Участники НИР:
Абраменков А.В.
,
Абрамович А.И.
,
Агеев Г.Г.
,
Адамсон С.О.
,
Алексеев Е.С.
,
Альтова Е.П.
,
Банару А.М.
,
Батаев В.А.
,
Баум Е.А.
,
Бедняков А.С.
,
Безруков Д.С.
,
Белега Е.Д.
,
Белов А.С.
,
Белова М.В.
,
Богатова Т.В.
,
Богдан Т.В.
,
Бохан Д.А.
,
Боченкова А.В.
,
Бучаченко А.А.
,
Вилкова А.Л.
,
Глебов И.О.
,
Годунов И.А.
,
Головкин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Грикина О.Е.
,
Гринева О.В.
,
Давыдова И.Б.
,
Дмитриенко А.О.
,
Дорофеева О.В.
,
Еремин В.В.
,
Ермилов А.Ю.
,
Засурская Л.А.
,
Захарова Т.М.
,
Иванов А.А.
,
Исаева Е.В.
,
Капуста Д.П.
,
Клещина Н.Н.
,
Князева М.А.
,
Ковтун Д.М.
,
Колесникова И.Н.
,
Королева Л.А.
,
Коц Е.Д.
,
Крамаренко С.С.
,
Краснощеков С.В.
,
Кузьменко Н.Е.
,
Кулакова А.М.
,
Курамшина Г.М.
,
Лазарев А.В.
,
Ланшина Л.В.
,
Ларин А.В.
,
Лысенко К.А.
,
Львова Е.Ю.
,
Майорова А.Ф.
,
Макухин Н.Н.
,
Марочкин И.И.
,
Миронов В.А.
,
Митин А.В.
,
Моисеева Н.Ф.
,
Московский А.А.
,
Немухин А.В.
,
Новаковская Ю.В.
,
Осин С.Б.
,
Пазюк Е.А.
,
Панченко Ю.Н.
,
Петров С.В.
,
Пичугина Д.А.
,
Поддубный В.В.
,
Поляков И.В.
,
Прибытков А.В.
,
Пупышев В.И.
,
Рыбаков А.А.
,
Рыжова О.Н.
,
Рыков А.Н.
,
Сенявин В.М.
,
Словохотов Ю.Л.
,
Степанов Н.Ф.
,
Степанова А.В.
,
Татаренко К.А.
,
Терентьев Р.В.
,
Тихонов Д.С.
,
Трубников Д.Н.
,
Тукачев Н.В.
,
Устынюк Л.Ю.
,
Филимонова М.А.
,
Хайкин Л.С.
,
Хренова М.Г.
,
Христенко Л.В.
,
Хрустов В.Ф.
,
Чемлева Т.А.
,
Шергольд И.А.
,
Шишков И.Ф.
,
Щербинин А.В.
,
Яковлев Н.Н.
1 января 2016 - 31 декабря 2018
Молекулярное моделирование механизмов химических реакций в цинк-зависимых ферментах
Кафедра физической химии
Руководитель:
Григоренко Б.Л.
Участники НИР:
Капуста Д.П.
,
Князева М.А.
,
Кулакова А.М.
,
Лычко Л.А.
,
Миронов В.А.
,
Хренова М.Г.
12 мая 2015 - 31 декабря 2016
Квантово-химическое моделирование таутомерных превращений аминокислотных остатков с карбоксамидной функциональной группой - аспарагина и глютамина
Кафедра физической химии
Руководитель:
Хренова М.Г.
Участники НИР:
Григоренко Б.Л.
,
Коц Е.Д.
,
Кулакова А.М.
,
Миронов В.А.
,
Поляков И.В.
1 января 2014 - 31 декабря 2016
Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма ферментов человека
ИБХФ РАН
Руководитель:
Немухин А.В.
Участники НИР:
Григоренко Б.Л.
,
Коц Е.Д.
,
Кулакова А.М.
,
Лычко Л.А.
,
Миронов В.А.
,
Московский А.А.
,
Новичкова Д.А.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
1 января 2014 - 31 декабря 2015
Новые биофизические и структурные аспекты молекулярных процессов в фотосинтетических центрах
Кафедра физической химии
Руководитель:
Немухин А.В.
Участники НИР:
Григоренко Б.Л.
,
Миронов В.А.
,
Новичкова Д.А.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
1 января 2013 - 31 декабря 2015
Моделирование химических реакций в цветных белках методами квантовой теории
ИБХФ РАН
Руководитель:
Немухин А.В.
Участники НИР:
Григоренко Б.Л.
,
Миронов В.А.
,
Московский А.А.
1 января 2013 - 31 декабря 2015
Молекулярные механизмы химических реакций в белках с разрывом фосфорно-кислородной связи
Кафедра физической химии
Руководитель:
Григоренко Б.Л.
Участники НИР:
Губайдулина А.М.
,
Исаева Е.В.
,
Кулакова А.М.
,
Лычко Л.А.
,
Новичкова Д.А.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
1 января 2012 - 31 декабря 2013
Структура и спектроскопия реакционных центров и светособирающих комплексов бактериальных фотосинтетических систем
Кафедра физической химии
Руководитель:
Немухин А.В.
Участники НИР:
Григоренко Б.Л.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
1 января 2011 - 31 декабря 2015
Строение и динамика атомно-молекулярных систем
Кафедра физической химии
Руководитель:
Степанов Н.Ф.
Участники НИР:
Абраменков А.В.
,
Абрамович А.И.
,
Адамсон С.О.
,
Аксенов С.М.
,
Алексеев Е.С.
,
Альтова Е.П.
,
Банару А.М.
,
Батаев В.А.
,
Баум Е.А.
,
Безруков Д.С.
,
Белега Е.Д.
,
Белов А.С.
,
Белова М.В.
,
Богатова Т.В.
,
Богдан Т.В.
,
Бохан Д.А.
,
Боченкова А.В.
,
Бучаченко А.А.
,
Вилкова А.Л.
,
Воронцов А.В.
,
Глебов И.О.
,
Годунов И.А.
,
Головкин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Грикина О.Е.
,
Гринева О.В.
,
Давыдова И.Б.
,
Дорофеева О.В.
,
Еремин В.В.
,
Ермилов А.Ю.
,
Засурская Л.А.
,
Иванов А.А.
,
Исаева Е.В.
,
Карасев Н.М.
,
Князева М.А.
,
Ковтун Д.М.
,
Колесникова И.Н.
,
Королева Л.А.
,
Коц Е.Д.
,
Крамаренко С.С.
,
Краснощеков С.В.
,
Кузьменко Н.Е.
,
Курамшина Г.М.
,
Лазарев А.В.
,
Ланшина Л.В.
,
Ларин А.В.
,
Львова Е.Ю.
,
Майорова А.Ф.
,
Макухин Н.Н.
,
Макухин Н.Н.
,
Марочкин И.И.
,
Миронов В.А.
,
Митин А.В.
,
Моисеева Н.Ф.
,
Московский А.А.
,
Немухин А.В.
,
Новаковская Ю.В.
,
Осин С.Б.
,
Пазюк Е.А.
,
Панченко Ю.Н.
,
Петров С.В.
,
Пичугина Д.А.
,
Прибытков А.В.
,
Пупышев В.И.
,
Рыбаков А.А.
,
Рыжова О.Н.
,
Рыков А.Н.
,
Сенявин В.М.
,
Серебренников Л.В.
,
Словохотов Ю.Л.
,
Степанова А.В.
,
Татаренко К.А.
,
Терентьев Р.В.
,
Трубников Д.Н.
,
Тукачев Н.В.
,
Филимонова М.А.
,
Хайкин Л.С.
,
Хренова М.Г.
,
Христенко Л.В.
,
Хрустов В.Ф.
,
Чемлева Т.А.
,
Шергольд И.А.
,
Шишков И.Ф.
,
Щербинин А.В.
,
Яковлев Н.Н.
1 января 2010 - 31 декабря 2012
Моделирование механизмов реакций гидролиза циклических нуклеозидфосфатов
Кафедра физической химии
Руководитель:
Григоренко Б.Л.
Участники НИР:
Андрийченко Н.Н.
,
Исаева Е.В.
,
Князева М.А.
,
Морозов Д.И.
,
Хренова М.Г.
1 января 2008 - 31 декабря 2010
Моделирование структуры и спектров биологических хромофоров в газовой фазе, растворах и белках
Кафедра физической химии
Руководитель:
Боченкова А.В.
Участники НИР:
Бравая К.Б.
,
Грановский А.А.
,
Григоренко Б.Л.
,
Конюхов С.С.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
Членство в диссертационных советах
14 апреля 2017 - 31 декабря 2018
МГУ.02.02, МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
02.00.17 - Математическая и квантовая химия (физ.-мат. науки)
Руководство диссертациями
2012
Реализация алгоритмов комбинированных методов квантовой и молекулярной механики и приложения к исследованиям механизмов реакций в растворах и биологических системах
Кандидатская диссертация по специальности 02.00.04 - Физическая химия (физ.-мат. науки)
Автор:
Морозов Дмитрий Иванович
Научный руководитель:
Григоренко Б.Л.
, д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
Д 501.001.50 при МГУ имени М.В. Ломоносова
2011
Поверхности потенциальной энергии и спектры хромофора зеленого флуоресцентного белка: от газовой фазы до белковой матрицы
Кандидатская диссертация по специальности 02.00.17 - Математическая и квантовая химия (физ.-мат. науки)
Автор:
Поляков Игорь Вадимович
, к.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Научный руководитель:
Григоренко Б.Л.
, д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
Д 501.001.50
при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
2008
Механизм ферментативных реакций гидролиза гуанозинтрифосфата по результатам молекулярного моделирования
Кандидатская диссертация по специальности 02.00.17 - Математическая и квантовая химия (физ.-мат. науки)
Автор:
Шадрина Мария Сергеевна
Научный руководитель:
Григоренко Б.Л.
, д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
Д 501.001.50
при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
2006
Моделирование механизмов ферментативных реакций гидролиза комбинированными методами квантовой и молекулярной механики
Кандидатская диссертация по специальности 02.00.17 - Математическая и квантовая химия (физ.-мат. науки)
Автор:
Рогов Александр Владимирович
Научный руководитель:
Григоренко Б.Л.
, д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
Д 501.001.50
при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
1998
Моделирование свойств молекул внедрения
Кандидатская диссертация по специальности 02.00.17 - Математическая и квантовая химия (хим. науки)
Автор:
Ожегова Наталия Владимировна
Научный руководитель:
Григоренко Б.Л.
, д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
Д 501.001.50
при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
Диссертация
2004
Развитие методов моделирования молекулярных явлений в конденсированных средах
Докторская диссертация по специальности 02.00.17 - Математическая и квантовая химия (физ.-мат. науки)
Автор:
Григоренко Б.Л.
, д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Научный консультант:
Немухин Александр Владимирович
, д.х.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
Д 501.001.50
при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
Руководство дипломными работами
2017
Моделирование конформационных переходов в реакции ферментативного гидролиза гуанозинтрифосфата
Научные руководители:
Григоренко Б.Л.
,
Лычко Л.А.
Автор: Анучин Н.М., (Специалист)
2010
Механизмы реакций гидролиза циклических нуклеозидмонофосфатов по данным расчетов комбинированным методом квантовой и молекулярной механики
Научные руководители:
Хренова М.Г.
,
Григоренко Б.Л.
Автор: Андрийченко Наталья (Специалист)
Выступление в СМИ
8 июля 2021 г.
ХИМИКИ ВЫЯСНИЛИ, КАК ЗАСТАВИТЬ БЕЛКИ СВЕТИТЬСЯ
(Портал "Научная Россия")
Авторы (участники):
Немухин Александр Владимирович
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Поляков Игорь Вадимович
8 июля 2021 г.
Химики выяснили, как белки получают возможность светиться
(Популярная Механика)
Авторы (участники):
Григоренко Белла Людвиговна
,
Немухин Александр Владимирович
,
Поляков Игорь Вадимович
8 июля 2021 г.
Химики выяснили, как белки получают возможность светиться
(MENDELEEV INFO)
Авторы (участники):
Немухин Александр Владимирович
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Поляков Игорь Вадимович
8 июля 2021 г.
Химики выяснили, как заставить белки светиться
(Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (официальный сайт))
Авторы (участники):
Немухин Александр Владимирович
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Поляков Игорь Вадимович