ИСТИНА

Кулакова Анна Михайловна пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет, Кафедра физической химии, старший преподаватель, с 1 марта 2022

кандидат физико-математических наук с 2019 года

Прежние места работы (Нажмите для отображения)

Соавторы: Хренова М.Г., Немухин А.В., Мулашкина Т.И., Григоренко Б.Л., Коц Е.Д., Поляков И.В., Захарова Т.М., Лущекина С.В., Ермилов А.Ю., Курышкина М.С., Миронов В.А., Мулашкин Ф.Д., Варфоломеев С.Д. показать полностью..., Домрачева Т.М., Капуста Д.П., Московский А.А., Терехова Е.О., Фирсов Д.А., Masson P., Shaporev A.S., Vanetsev A.S., Алания Е.Л., Бабчук И.В., Блинова А.Р., Брехов А.Т., Делакур Э., Локридж О., Лычко Л.А., Махаева Г.Ф., Новичкова Д.А., Попинако А.В., Соколов М.Н., Третьяков Ю.Д.

37 статей, 50 докладов на конференциях, 39 тезисов докладов, 15 НИР, 1 стажировка, 1 диссертация, 3 дипломные работы, 1 курсовая работа, 1 учебный курс

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 40, Scopus: 34
РИНЦ:

IstinaResearcherID (IRID): 7367526

ResearcherID: AAD-9308-2020

Scopus Author ID: 56928039700

ORCID: 0000-0002-9732-0996

Деятельность

---

• Статьи в журналах

  • 
    • 2023 Computational Modeling of the Interaction of Molecular Oxygen with the miniSOG Protein—A Light Induced Source of Singlet Oxygen
    • Polyakov I.V., Kulakova A.M., Nemukhin A.V.
    • в журнале Biophysica, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 3, № 2, с. 252-262 DOI
  • 
    • 2023 Database of Intermediates of Enzyme-Catalyzed Chemical Reactions ENIAD
    • Moskovsky A.A., Firsov D.A., Khrenova M.G., Mironov V.A., Mulashkina T.I., Kulakova A.M., Nemukhin A.V.
    • в журнале Russian Journal of Physical Chemistry A, издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 97, № 9, с. 2001-2005 DOI
  • • 2023 База данных интермедиатов химических реакций ферментативного катализа ENIAD
    • Московский А.А., Фирсов Д.А., Хренова М.Г., Миронов В.А., Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Немухин А.В.
    • в журнале Журнал физической химии, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 97, № 9, с. 1324-1328 DOI
  • 
    • 2022 Computational Modeling of the Interaction of Molecular Oxygen with the Flavin-dependent Enzyme RutA
    • Polyakov I.V., Domratcheva T.M., Kulakova A.M., Nemukhin A.V., Grigorenko B.L.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 9, № 2, с. 46-55 DOI
  • 
    • 2022 Influence of the leaving group on the mechanism of hydrolysis of organophosphorus compounds by phosphotriesterase from bacterium Pseudomonas diminuta
    • Kulakova A.M., Mulashkina T.I., Nemukhin A.V., Khrenova M.G.
    • в журнале Russian Chemical Bulletin, издательство Springer Nature (Switzerland), том 71, № 5, с. 921-926 DOI
  • • 2022 Quantum-based Modeling of Protein-ligand Interaction: The Complex of RutA with Uracil and Molecular Oxygen
    • Polyakov Igor V., Nemukhin Alexander V., Domratcheva Tatiana M., Kulakova Anna M., Grigorenko Bella L.
    • в журнале Molecular informatics, издательство Wiley-VCH Verlag (Weinheim, Germany, Germany), том 41, с. 2200175 DOI
  • • 2022 Влияние уходящей группы на механизм гидролиза фосфорорганических соединений фосфотриэстеразой из бактерии Pseudomonas diminuta
    • Кулакова А.М., Мулашкина Т.И., Немухин А.В., Хренова М.Г.
    • в журнале Известия Академии наук. Серия химическая, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), № 5, с. 921-926
  • • 2022 Неэквивалентность мономеров в димерной структуре бактериальной фоторегулируемой аденилатциклазы
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в журнале Биофизика, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 67, № 6, с. 1101-1108 DOI
  • 
    • 2021 Light-Induced Change of Arginine Conformation Modulates the Rate of Adenosine Triphosphate to Cyclic Adenosine Monophosphate Conversion in the Optogenetic System Containing Photoactivated Adenylyl Cyclase
    • Khrenova Maria G., Kulakova Anna M., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Journal of Chemical Information and Modeling, издательство American Chemical Society (United States) DOI
  • 
    • 2021 Molecular mechanism of the cesium and rubidium selective binding to the calix[4]arene revealed by Born–Oppenheimer molecular dynamics simulation and electron density analysis
    • Kulakova A.M., Khrenova M.G.
    • в журнале Mendeleev Communications, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 31, № 2, с. 185-187 DOI
  • 
    • 2021 Relationship Between Matrix Metalloproteinase-2 Inhibition Constants With APP-IP Oligopeptide and Its Mutant Forms and Electronic Binding Descriptors
    • Kulakova A.M., Khrenova M.G.
    • в журнале Russian Journal of Physical Chemistry B, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 15, № 3, с. 394-398 DOI
  • • 2021 Взаимосвязь констант ингибирования матриксной металлопротеиназы-2 олигопептидом APP-IP и его мутантными формами и электронных дескрипторов связывания
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в журнале Химическая физика, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 40, № 6, с. 33-37 DOI
  • 
    • 2021 Молекулярный механизм реакции гидролиза хромогенного субстрата пара-нитрофенилацетата в активном центре карбоксилэстеразы-1 человека
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в журнале Биомедицинская химия, том 67, № 3, с. 300-305 DOI
  • 
    • 2020 Estimation of Dissociation Constant of ARS-1620 Complex with KRASG12C Protein by Molecular Modeling
    • Kulakova A.M., Zakharova T.M., Mulashkin F.D., Terekhova E.O., Khrenova M.G.
    • в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 75, № 2, с. 72-76 DOI
  • 
    • 2020 Intermediates of the Autocatalytic Reaction of the Formation of a Chromophore in a Green Fluorescent Protein
    • Grigorenko B.L., Khrenova M.G., Kulakova A.M., Nemukhin A.V.
    • в журнале Russian Journal of Physical Chemistry B, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 14, № 3, с. 457-461 DOI
  • 
    • 2020 Large-Scale Prediction of the ARS Family Inhibitors of the Oncogenic KRASG12C Mutant
    • Kulakova Anna M., Popinako Anna V., Khrenova Maria G.
    • в журнале Lecture Notes in Computer Science, том 11958, с. 348-355 DOI
  • 
    • 2020 Modeling the Tautomeric Equilibrium and Absorption Spectrum of 4,5-Dimethyl-2-(2'-hydroxyphenyl)imidazole
    • Kapusta D.P., Kulakova A.M., Khrenova M.G.
    • в журнале Russian Journal of Physical Chemistry A, издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 94, № 5, с. 945-950 DOI
  • • 2020 Proof of concept for poor inhibitor binding and efficient formation of covalent adducts of KRASG12C and ARS compounds
    • Khrenova M.G., Kulakova A.M., Nemukhin A.V.
    • в журнале Organic and Biomolecular Chemistry, издательство Royal Society of Chemistry (United Kingdom) DOI
  • • 2020 Интермедиаты автокаталитической реакции формирования хромофора зеленого флуоресцентного белка
    • Григоренко Б.Л., Хренова М.Г., Кулакова А.М., Немухин А.В.
    • в журнале Химическая физика, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 39, № 6, с. 13-17 DOI
  • • 2020 Моделирование таутомерного равновесия и спектра поглощения 4,5-диметил-2-(2'-гидроксифенил)имидазола
    • Капуста Д.П., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в журнале Журнал физической химии, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 94, № 5, с. 719-725 DOI
  • 
    • 2020 Определение константы диссоциации комплекса ARS-1620 с белком KRASG12C методами молекулярного моделирования
    • Кулакова А.М., Захарова Татьяна Максимовна, Мулашкин Фёдор Дмитриевич, Терехова Екатерина Олеговна, Хренова Мария Григорьевна
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 61, № 2, с. 90-94
  • 
    • 2019 Reconstructing the electron density of intermediates of the hydrolysis of N-acetylaspartate by aspartoacylase
    • Khrenova M.G., Kots E.D., Kulakova A.M., Nemukhin A.V.
    • в журнале Russian Journal of Physical Chemistry A, издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 93, № 10, с. 1470-1477 DOI
  • 
    • 2019 Structure and dynamics of photoactivatable adenylyl cyclase
    • Kulakova A.M., Khrenova M.G., Nemukhin A.V.
    • в журнале Russian Chemical Bulletin, издательство Springer Nature (Switzerland), том 68, № 11, с. 1991-1996 DOI
  • • 2019 Реконструкция электронной плотности интермедиатов реакции гидролиза N-ацетиласпартата аспартоацилазой
    • Хренова М.Г., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Немухин А.В.
    • в журнале Журнал физической химии, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 93, № 10, с. 1470-1476 DOI
  • • 2019 Структура и динамика фоторегулируемой аденилатциклазы
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в журнале Известия Академии наук. Серия химическая, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), № 11, с. 1991-1996
  • 
    • 2018 Competition between two cysteines in covalent binding of biliverdin to phytochrome domains
    • Khrenova Maria, Kulakova Anna, Nemukhin Alexander
    • в журнале Organic and Biomolecular Chemistry, издательство Royal Society of Chemistry (United Kingdom), том 16, с. 7518-7529 DOI
  • 
    • 2018 Mechanism of Metallo-β-Lactamase Inhibition by Oxacephalosporin Antibiotic
    • Khrenova M.G., Kulakova A.M., Grigorenko B.L., Nemukhin A.V.
    • в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 73, № 4, с. 155-157 DOI
  • 
    • 2018 Simulation of Spectra of Red Fluorescent Protein Mutants
    • Kulakova A.M., Khrenova M.G., Nemukhin A.V.
    • в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 73, № 5, с. 212-215 DOI
  • • 2018 Механизм ингибирования металло-β-лактамазы оксацефалоспориновым антибиотиком
    • Хренова М.Г., Кулакова А.М., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 59, № 4, с. 261-265 DOI
  • 
    • 2018 Моделирование спектров мутантных форм красных флуоресцентных белков
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 59, № 5, с. 332-336 DOI
  • • 2016 Моделирование реакции гидролиза гуанозинтрифосфата белковом комплексе RAS GAP
    • Хренова М.Г., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Поляков И.В.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 57, № 1, с. 7-10 DOI
  • 
    • 2016 Молекулярный полиморфизм ферментов человека — основа индивидуальной чувствительности к лекарствам. Суперкомпьютерное моделирование как метод анализа структурных изменений белка и его каталитической активности
    • Варфоломеев С.Д., Лущекина С.В., Немухин А.В., Кулакова А.М., Коц Е.Д., Махаева Г.Ф., Делакур Э., Локридж О., Массон П.
    • в журнале Известия Академии наук. Серия химическая, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), № 6, с. 1592-1607 DOI
  • 
    • 2015 Modeling reactivation of the phosphorylated human butyrylcholinesterase by QM(DFTB)/MM calculations
    • Kulakova A.M., Lushchekina S.V., Grigorenko B.L., Nemukhin A.V.
    • в журнале Journal of Theoretical and Computational Chemistry, издательство World Scientific Publishing Co (Singapore), том 14, с. 1550051-15500513 DOI
  • • 2015 Моделирование химических превращений в активных центрах холинэстераз методами квантовой теории
    • Немухин А.В., Кулакова А.М., Лущекина С.В., Ермилов А.Ю., Варфоломеев С.Д.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 56, № 6, с. 343-347 DOI
  • • 2014 Моделирование компонентов ячейки Гретцеля методами квантовой химии
    • Кулакова А.М., Ермилов А.Ю., Поляков И.В., Немухин А.В.
    • в журнале Наноструктуры. Математическая физика и моделирование, том 11, № 1, с. 37-44
  • 
    • 2011 Solvothermal Synthesis of Colloidal Solutions of Gd2O3:Eu Luminescent Nanoplates
    • Shaporev A.S., Sokolov M.N., Vanetsev A.S., Kulakova A.M., Tret’yakov Yu D.
    • в журнале Doklady Chemistry, издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 441, № 1, с. 321-324 DOI

• Статьи в сборниках

  • • 2017 Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма белков
    • Хренова М.Г., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Немухин А.В.
    • в сборнике Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности, серия 7, место издания Издательство Московского университета Москва Москва, с. 45-54

• Доклады на конференциях

  • • 2023 Molecular modeling of glutamate acylation mechanism in the active site of N-acetylglutamate synthase (Устный)
    • Авторы: Blinova A.R., Kulakova A.M., Grigorenko B.L., Nemukhin A.V.
    • XXIX International Symposium on Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery, Moscow, September 18-20, Москва, Россия, 18-20 сентября 2023
  • • 2023 Механизмы ферментативных реакций разрыва P-O связи в нуклеозидфосфатах (Устный)
    • Авторы: Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • 13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г., Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
  • • 2023 Сравнение ферментов фотоактивируемых аденилатциклаз из Beggiatoa и Oscillatoria acuminata методами молекулярного моделирования (Устный)
    • Авторы: Курышкина Мария Сергеевна, Кулакова Анна Михайловна, Немухин Александр Владимирович
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых Ломоносов-2023. Секция "Химия". Подсекция "Физическая химия I : молекулярное моделирование, спектроскопия и лазерная химия", Москва, Россия, 10-21 апреля 2023, Москва, Россия, Россия, 11 апреля - 21 июня 2023
  • • 2023 Моделирование механизма ацилирования глутамата в активном центре фермента N-ацетилглутаматсинтазы (Устный)
    • Авторы: Блинова А.Р., Кулакова А.М., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых Ломоносов-2023. Секция "Химия". Подсекция "Физическая химия I : молекулярное моделирование, спектроскопия и лазерная химия", Москва, Россия, 10-21 апреля 2023
  • • 2023 МОЛЕКУЛЯРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ РЕАКЦИЙ ГИДРОЛИЗА ОРГАНОФОСФАТОВ В АКТИВНОМ ЦЕНТРЕ ФОСФОТРИЭСТЕРАЗ (Устный)
    • Авторы: Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • XVII Всероссийская молодежная научно-инновационная школа «Математика и математическое моделирование», Саров, Россия, 5-7 апреля 2023
  • • 2023 МОЛЕКУЛЯРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ФОСФОТРИЭСТЕРАЗ: ВЛИЯНИЕ УХОДЯЩЕЙ ГРУППЫ НА МЕХАНИЗМ ГИДРОЛИЗА ОРГАНОФОСФАТОВ (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Мулашкина Т.И., Хренова М.Г.
    • XVII Всероссийская молодежная научно-инновационная школа «Математика и математическое моделирование», Саров, Россия, 5-7 апреля 2023
  • • 2023 Применение метода динамического сетевого анализа в исследовании механизма фоторегуляции фотоактивируемых аденилатциклаз (Устный)
    • Авторы: Курышкина М.С., Кулакова А.М., Немухин А.В.
    • 65-я Всероссийская научная конференция МФТИ, МФТИ, Россия, 3-7 апреля 2023
  • • 2023 Определение типа механизма ферментативного разрыва P-O связи в нуклеозидфосфатах с использованием электронно-плотностных критериев (Стендовый)
    • Авторы: Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • XXXV ЗИМНЯЯ МОЛОДЁЖНАЯ НАУЧНАЯ ШКОЛА "ПЕРСПЕКТИВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ, г. москва, Россия, 7-10 февраля 2023
  • • 2023 Влияние заместителей уходящей группы на гидролиз фосфорорганических соединений в активном центре фосфотриэстеразы из Pseudomonas diminuta (Устный)
    • Авторы: Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, МГУ имени М.В,Ломоносова, Россия, 23-27 января 2023
  • • 2023 Диссоциативный и ассоциативный механизм разрыва Р-О связи нуклеозидфосфатов ферментами: определение типа реакции методами молекулярного моделирования (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Мулашкина Т.М., Хренова М.Г.
    • ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, МГУ имени М.В,Ломоносова, Россия, 23-27 января 2023
  • • 2023 Сравнение фотоактивируемых аденилатциклаз Beggiatoa (bPAC) и Oscillatoria acuminata (OaPAC) (Стендовый)
    • Авторы: Курышкина М.С., Кулакова Анна Михайловна, Немухин А.В.
    • ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, МГУ имени М.В,Ломоносова, Россия, 23-27 января 2023
  • • 2022 Использование лапласиана электронной плотности в качестве критерия определения типа механизма ферментативного разрыва Р-О связи в нуклеозидфосфатах (Устный)
    • Авторы: Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • XXII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", Москва, Россия, 14-16 ноября 2022
  • • 2022 Влияние уходящей группы на гидролиз органофосфатов ферментом из бактерии Pseudomonas diminuta (Устный)
    • Авторы: Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • IX Всероссийская научная молодежная школа-конференция "Химия, физика, биология: пути интеграции", ФИЦ ХФ РАН, Россия, 20-22 апреля 2022
  • • 2022 Гидролиз фосфорорганических соединений в активном центре фосфотриэстеразы из Pseudomonas diminuta (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Мулашкина Т.И., Хренова М.Г.
    • XXIX Международная конференция «Математика. Компьютер. Образование», Дубна, Россия, 24-29 января 2022
  • • 2022 Исследование реакции гидролиза органофосфатов в активном центре фосфотриэстеразы с различными металлами (Стендовый)
    • Авторы: Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • XXIX Международная конференция «Математика. Компьютер. Образование», Дубна, Россия, 24-29 января 2022
  • • 2021 Изучение механизма гидролиза фосфорорганических соединений в активном центре фосфотриэстераз (Стендовый)
    • Авторы: Кулакова А.М., Мулашкина Т.И., Хренова М.Г.
    • Международная научная конференция "СОВРЕМЕННАЯ ХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА - НА СТЫКЕ ФИЗИКИ, ХИМИИ И БИОЛОГИИ", Черноголовка, Россия, 29 ноября - 3 декабря 2021
  • • 2021 Исследование реакционной способности фосфотриэстеразы методами молекулярной динамики с КМ/ММ потенциалами (Стендовый)
    • Авторы: Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • Международная научная конференция "СОВРЕМЕННАЯ ХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА - НА СТЫКЕ ФИЗИКИ, ХИМИИ И БИОЛОГИИ", Черноголовка, Россия, 29 ноября - 3 декабря 2021
  • • 2021 Особенности строения фосфотриэстераз, гидролизующих органофосфаты с инактивированной уходящей группой (Устный)
    • Авторы: Мулашкина Татьяна Игоревна, Кулакова А.М., Хренова Мария Григорьевна
    • Биотехнология: состояние и перспективы развития 2021, Москва, Россия, 26-29 октября 2021
  • • 2021 Молекулярное моделирование кинетики ингибирования фермента KRAS с онкогенной мутацией G12C соединением ARS-853 (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств", Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
  • • 2021 Изучение механизма фотоиндуцированного ускорения каталитической реакции в бактериальной фотоактивируемой аденилатциклазе bPAC методами молекулярного моделирования (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • Математика. Компьютер. Образование. МКО-2021, он-лайн, Россия, 25-29 января 2021
  • • 2020 Современные вычислительные методы моделирования механизмов ферментативных реакций и их ингибирования (Устный)
    • Авторы: Хренова М.Г., Григоренко Б.Л., Кулакова А.М., Немухин А.В.
    • Ломоносовские чтения 2020. Секция "Химия", Москва, Россия, 26-30 октября 2020
  • • 2020 Молекулярное моделирование динамики фоторегулируемой аденилатциклазы (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • XXVII Международная конференция «Математика. Компьютер. Образование»., г. Дубна, Россия, 28 января - 1 февраля 2020
  • • 2019 Молекулярное моделирование химических реакций с участием цистеина в белковых молекулах (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • XIX Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы “БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА”, Россия, 28-30 октября 2019
  • • 2019 Определение констант связывания соединений семейства ARS с белком KRAS G12C методом молекулярного докинга (Стендовый)
    • Авторы: Захарова Т.М., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • XIX Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы “БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА”, Россия, 28-30 октября 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование ковалентного связывания биливердина в белке miRFP670 (Стендовый)
    • Авторы: Миронов В.А., Хренова М.Г., Кулакова А.М., Григоренко Б.Л.
    • I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента", Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование механизма передачи сигнала от фоторецепторного домена к каталитическому в белковом комплексе bPAC (Устный)
    • Авторы: Лущекина С.В., Кулакова А.М., Немухин А.В., Новичкова Д.А., Хренова М.Г.
    • «Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем» (ChemSci-2019), Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук (ИОХ РАН), Россия, 13-17 мая 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование взаимодействия фермента KRASG12C с соединением ARS-853 (Устный)
    • Автор: Кулакова А.М.
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2019», Москва, Россия, 11 апреля 2019
  • • 2019 Оценка константы диссоциации комплексов серии лигандов с белком KRASG12C методом жесткого докинга (Стендовый)
    • Авторы: Кулакова А.М., Захарова Татьяна Максимовна
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2019», Москва, Россия, 11 апреля 2019
  • • 2019 Оценка свободной энергии связывания 3-меркаптопирувата в белке 3-меркаптопируватсульфотрансфераза методами молекулярного моделирования (Стендовый)
    • Авторы: Кулакова А.М., Мулашкин Ф.Д.
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2019», Москва, Россия, 11 апреля 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование кинетики ковалентного связывания ARS-853 с ферментом KRASG12C (Устный)
    • Авторы: Немухин А.В., Хренова М.Г., Кулакова А.М.
    • XXXVI Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике, пос. Поведники, Московская обл. Мытищинский район, Россия, 18-21 марта 2019
  • • 2019 Application of Markov State Model to Discovery of Potential Allosteric Sites on the Surface of RAS Protein (Устный)
    • Авторы: Brekhov A.T., Kots E.D., Kulakova A.M.
    • XXVI международная конференция «Математика. Компьютер. Образование» (Пущино, 28 января — 2 февраля 2019 г.)., Пущино, Россия, 28 января - 2 февраля 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование конформационных переходов в комплексе RAS*GAP (Стендовый)
    • Авторы: Кулакова А.М., Алания Е.Л., Бабчук И.В., Коц Е.Д.
    • XXVI международная конференция «Математика. Компьютер. Образование» (Пущино, 28 января — 2 февраля 2019 г.)., Пущино, Россия, 28 января - 2 февраля 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование мехвнизма взаимодействия белка KRASG12C с соединениями ARS-853 и ARS-1620 (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • XXVI международная конференция «Математика. Компьютер. Образование» (Пущино, 28 января — 2 февраля 2019 г.)., Пущино, Россия, 28 января - 2 февраля 2019
  • • 2018 Моделирование конформационных переходов в белке H-RAS (Стендовый)
    • Авторы: Бабчук И.В., Кулакова А.М., Алания Екатерина Левановна, Коц Е.Д.
    • XVIII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика", Москва, Россия, 13-15 ноября 2018
  • • 2018 Молекулярное моделирование механизма ковалентного ингибирования белка KRASG12C соединениями ARS-853 и ARS-1620 в кармане связывания S-IIP (Устный)
    • Авторы: Немухин А.В., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • XVIII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика", Москва, Россия, 13-15 ноября 2018
  • • 2018 Определение сайтов аллостерической регуляции белка RAS методами молекулярного моделирования (Стендовый)
    • Авторы: Брехов А.Т., Савилова Наталия Павловна, Кулакова А.М., Коц Е.Д.
    • XVIII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика", Москва, Россия, 13-15 ноября 2018
  • • 2018 Подбор ингибиторов белков вируса клещевого энцефалита с помощью докинга (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Марьясина С.С., Пищенко И.М., Романов Р.С.
    • Второй Хакатон по биоинформатике "LifeCode 2018", Новосибирск, Россия, 30 апреля - 2 мая 2018
  • • 2018 Использование метода DFTB для исследования структуры красных флуоресцентных белков mKeima и eqFP670 (Стендовый)
    • Авторы: Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • Вторая школа молодых ученых "Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул", Новосибирский Государственный Университет, Россия, 28-30 апреля 2018
  • • 2018 Ковалентные ингибиторы RAS (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • Вторая школа молодых ученых "Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул", Новосибирский Государственный Университет, Россия, 28-30 апреля 2018
  • • 2018 Молекулярное моделирование механизма ковалентного ингибирования белка K-Ras-G12C соединением ARS-853 (Устный)
    • Автор: Кулакова А.М.
    • XXV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов-2018». Секция «Иностранные языки и регионоведение», Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова, Россия, 9-13 апреля 2018
  • • 2018 Молекулярное моделирование механизма ингибирования белка K-RAS-G12C прототипным соединением ARS-853 (Стендовый)
    • Авторы: Кулакова А.М., Немухин А.В., Хренова М.Г.
    • МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ 2018, Дубна, Россия, 29 января - 3 февраля 2018
  • • 2018 Molecular modeling of hydrolysis in the active site of human carboxylesterase-1 (Устный)
    • Автор: Кулакова Анна Михайловна
    • 2018 Student Conference Life Sciences in the 21st Century: Looking into the Future (SCLS 2018), Москва, МГУ им. М. В. Ломоносова, Россия, 20-24 января 2018
  • • 2017 Молекулярное моделирование механизма реакции гидролиза в активном центре карбоксилэстеразы-1 человека (Устный)
    • Автор: Кулакова Анна Михайловна
    • XVII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика", Москва, Россия, 13-15 ноября 2017
  • • 2017 Моделирование реакции каталитического гидролиза в активном центре карбоксилэстеразы-1 человека методами квантовой химии (Устный)
    • Автор: Кулакова А.М.
    • XXIV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов – 2017", МГУ имени М.В.Ломоносова, Россия, 20 апреля 2017
  • • 2016 Применение молекулярного моделирования для изучения кинетики ферментативной реакции карбоксилэстеразы-1 человека (Устный)
    • Авторы: Кулакова А.М., Коц Е.Д.
    • XXXIV Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике, Московская область, Россия, 14-17 ноября 2016
  • • 2016 Изоморфизм карбоксилэстеразы-1 человека (Устный)
    • Авторы: Коц Е.Д., Кулакова А.М.
    • XVI Ежегодная международная молодежная конференция Биохимическая физика ИБХФ РАН-ВУЗы, г. Москва, ИБХФ им. Н.М. Эмануэля РАН, ул. Косыгина д.4, Россия, 24-26 октября 2016
  • • 2015 Моделирование реакции гидролиза в активном центре бутирилхолинэстеразы методами квантовой химии (Стендовый)
    • Автор: Кулакова А.М.
    • XV Ежегодная международная молодежная конференция ИБХФ РАН-ВУЗы "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", Россия, 23-25 ноября 2015
  • • 2015 Моделирование реакции гидролиза гуанозинтрифосфата в белковом комплексе Arl3-RP2 (Устный)
    • Авторы: Хренова М.Г., Кулакова А.М., Миронов В.А.
    • XXVII Симпозиум "Современная химическая физика", Туапсе, Россия, 20 сентября - 1 октября 2015
  • • 2015 Моделирование реакции гидролиза органических фосфатов методами квантовой химии (Стендовый)
    • Автор: Кулакова А.М.
    • XXII Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов-2015", Москва, Россия, 13-17 апреля 2015
  • • 2014 MODELING SOLVATOCHROMIC TRANSITITION ENERGY SHIFT OF 2-CYANO-5-(4- DIMETHYLAMINOPHENYL)PENT A-2,4-DIENOIC ACID IN FROZEN AQUEOUS SOLUTIONS (Стендовый)
    • Авторы: Kulakova A.M., Ermilov A.Yu, Polyakov I.V., Nemukhin A.V.
    • Chemistry and Physics at Low Temperatures, Суздаль, Россия, 24-29 августа 2014

• Тезисы докладов

  • • 2023 Mechanisms of enzymatic reactions of P-O bonds cleavage in nucleoside phosphates
    • Mulashkina T.I., Kulakova A.M., Khrenova M.G.
    • в сборнике Proceedings book of the XXIX Symposium “Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery”, место издания Institute of Biomedical Chemistry Moscow, Russia, тезисы, с. 129-129 DOI
  • • 2023 Molecular modeling of glutamate acylation mechanism in the active site of N-acetylglutamate synthase
    • Blinova A.R., Kulakova A.M., Grigorenko B.L., Nemukhin A.V.
    • в сборнике Proceedings book of the XXIX Symposium “Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery”, место издания Institute of Biomedical Chemistry, Moscow, Russia, тезисы, с. 48-48 DOI
  • 
    • 2023 Влияние заместителей уходящей группы на гидролиз фосфорорганических соединений в активном центре фосфотриэстеразы из Pseudomonas diminuta
    • Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в сборнике ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, издательство Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований (Ижевск), том 30, тезисы, с. 111-111
  • 
    • 2023 Диссоциативный и ассоциативный механизм разрыва Р-О связи нуклеозидфосфатов ферментами: определение типа реакции методами молекулярного моделирования
    • Кулакова А.М., Мулашкина Татьяна Игоревна, Хренова Мария Григорьевна
    • в сборнике ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, издательство Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований (Ижевск), том 30, тезисы, с. 107-107
  • • 2023 Механизмы ферментативных реакций разрыва P-O связи в нуклеозидфосфатах
    • Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ 13-ой Международной научной конференции «БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ» (БИОКАТАЛИЗ - 2023), г. Суздаль, Россия | Июнь, 25-29 2023, место издания ООО «АДМИРАЛ ПРИНТ» Москва, тезисы
  • • 2023 Молекулярное моделирование реакций гидролиза органофосфатов в активном центре фосфотриэстераз
    • Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в сборнике Сборник материалов XVII Всероссийской молодежной научно-инновационной школы "Математика и математическое моделирование", место издания Интерконтакт Саров, тезисы, с. 136-137
  • • 2023 Молекулярное моделирование фосфотриэстераз: влияние уходящей группы на механизм гидролиза органофосфатов
    • Кулакова А.М., Мулашкина Т.И., Хренова М.Г.
    • в сборнике Сборник материалов XVII Всероссийской молодежной научно-инновационной школы "Математика и математическое моделирование", место издания Интерконтакт Саров, тезисы, с. 127-128
  • • 2023 ОПРЕДЕЛЕНИЕ ТИПА МЕХАНИЗМА ФЕРМЕНТАТИВНОГО РАЗРЫВА P-О СВЯЗИ В НУКЛЕОЗИДФОСФАТАХ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ЭЛЕКТРОННО-ПЛОТНОСТНЫХ КРИТЕРИЕВ
    • Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике XXXV ЗИМНЯЯ МОЛОДЁЖНАЯ НАУЧНАЯ ШКОЛА "ПЕРСПЕКТИВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ФИЗИКО- ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ Сборник тезисов, место издания Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук Москва, тезисы
  • • 2023 Применение метода динамического сетевого анализа в исследовании механизма фоторегуляции фотоактивируемых аденилатциклаз
    • Курышкина М.С., Кулакова А.М., Немухин А.В.
    • в сборнике Материалы 65-й Всероссийской научной конференции МФТИ в честь 115-летия Л.Д. Ландау: (03 апреля - 08 апреля 2023г.), серия Фундаментальная и прикладная физика, место издания МФТИ, тезисы
  • • 2023 Сравнение ферментов фотоактивируемых аденилатциклаз из Beggiatoa и Oscillatoria acuminata методами молекулярного моделирования
    • Курышкина Мария Сергеевна, Кулакова Анна Михайловна, Немухин Александр Владимирович
    • в сборнике Материалы Международного молодежного научного форума «Ломоносов-2023», издательство ООО "МАКС Пресс" (Москва), тезисы, с. 896-896
    • редакторы Алешковский Иван Андреевич, Андриянов Андрей Владимирович, Антипов Евгений Александрович, Зимакова Екатерина Игоревна
  • 
    • 2023 Сравнение фотоактивируемых аденилатциклаз из Beggiatoa и Oscillatoria acuminata
    • Курышкина М.С., Кулакова А.М., Немухин А.В.
    • в сборнике ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, издательство Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований (Ижевск), том 30, тезисы, с. 108-108
  • • 2022 ВЛИЯНИЕ УХОДЯЩЕЙ ГРУППЫ НА ГИДРОЛИЗ ОРГАНОФОСФАТОВ ФЕРМЕНТОМ ИЗ БАКТЕРИИ PSEUDOMONAS DIMINUTA
    • Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в сборнике ХИМИЯ, ФИЗИКА, БИОЛОГИЯ: ПУТИ ИНТЕГРАЦИИ Сборник тезисов докладов IX Всероссийской научной молодежной школы-конференции, место издания Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский Университет) Москва, тезисы, с. 116-117
  • • 2022 Гидролиз фосфорорганических соединений в активном центре фосфотриэстеразы из Pseudomonas diminuta
    • Кулакова А.М., Мулашкина Т.И., Хренова М.Г.
    • в сборнике ДВАДЦАТЬ ДЕВЯТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, издательство Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика" (Ижевск), тезисы, с. 97-97
  • • 2022 Исследование реакции гидролиза органофосфатов в активном центре фосфотриэстеразы с различными металлами
    • Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в сборнике ДВАДЦАТЬ ДЕВЯТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, издательство Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика" (Ижевск), тезисы, с. 100-100
  • • 2022 Сравнение механизма гидролиза органофосфатов с хорошей и плохой уходящей группой фосфотриэстеразой
    • Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в сборнике Биохимическая физика : труды XXI ежегодной молодежной конференции с международным участием ИБХФ РАН-вузы, место издания ИБХФ РАН Москва, тезисы, с. 98-99
  • • 2021 Изучение механизма гидролиза фосфорорганических соединений в активном центре фосфотриэстераз
    • Кулакова Анна Михайловна, Мулашкина Татьяна Игоревна, Хренова Мария Григорьевна
    • в сборнике Сборник тезисов Международной научной конференции "Современная химическая физика на стыке физики, химии и биологии", место издания ИПХФ РАН Черноголовка, тезисы, с. 361-362
  • • 2021 Изучение механизма фотоиндуцированного ускорения каталитической реакции в бактериальной фотоактивируемой аденилатциклазе bPAC методами молекулярного моделирования
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике Двадцать восьмая международная конференция «Математика. Компьютер. Образование». Пущино, МО. 25-30 января 2021, серия Выпуск 28. Под редакцией Ризниченко Г.Ю. и Рубина А.Б, место издания Москва Ижевск Москва, тезисы, с. 106-106
  • • 2021 Исследование реакционной способности фосфотриэстеразы методами молекулярной динамики с КМ/ММ потенциалами
    • Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в сборнике Сборник тезисов Всероссийской школы молодых ученых "Научные школы большой химической физики", место издания ИПХФ РАН Черноголовка, тезисы, с. 210-211
  • 
    • 2021 Молекулярное моделирование кинетики ингибирования фермента KRAS с онкогенной мутацией G12C соединением ARS-853
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике XXVII СИМПОЗИУМ «БИОИНФОРМАТИКА И КОМПЬЮТЕРНОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ ЛЕКАРСТВ». Сборник научных трудов, место издания Москва: Институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, тезисы, с. 32-32 DOI
  • • 2021 Особенности строения фосфотриэстераз, гидролизующих органофосфаты с инактивированной уходящей группой
    • Мулашкина Татьяна Игоревна, Кулакова А.М., Хренова Мария Григорьевна
    • в сборнике Материалы международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития» (26-29 октября 2021 года, Москва, Россия), серия 19, место издания ООО “ЭКСПО-БИОХИМ-ТЕХНОЛОГИИ” Москва, Россия, тезисы, с. 122-123 DOI
  • • 2020 Молекулярное моделирование динамики фоторегулируемой аденилатциклазы
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. XXVII международная конференция / R&G Dynamics Москва. Ижевск Москва Ижевск / Тезисы / 2020г. / том 27 / тезисы, издательство Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований (Ижевск), том 27, тезисы, с. 54-54
  • • 2020 Расчет эффективных кинетических параметров на основании молекулярного моделирования механизмов химических реакций
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в сборнике Математика и математическое моделирование. Сборник материалов XIV Всероссийской молодежной научно-инновационной школы, место издания Интерконтакт Саров, тезисы, с. 44-45
  • • 2019 Application of Markov State Model to Discovery of Potential Allosteric Sites on the Surface of RAS Protein
    • Kots E.D., Kulakova A.M., Brekhov A.T.
    • в сборнике 26 Международная Конференция "Математика. Компьютер. Образование.", серия 26, место издания АНО "Ижевский институт компьютерных исследований" Ижевск, тезисы, с. 72-72
  • • 2019 Молекулярное моделирование взаимодействия фермента KRASG12C с соединением ARS-853
    • Кулакова А.М.
    • в сборнике Материалы Международного молодежного научного форума «Ломоносов-2019», издательство ООО "МАКС Пресс" (Москва), тезисы, с. 806-806
    • редакторы Алешковский Иван Андреевич, Алешковский Иван Андреевич, Андриянов Андрей Владимирович, Андриянов Андрей Владимирович, Антипов Евгений Александрович, Антипов Евгений Александрович
  • • 2019 Молекулярное моделирование кинетики ковалентного связывания ARS-853 с ферментом KRASG12C
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике XXXVI Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике. Сборник трудов. Под редакцией Мельникова М.Я., Верной О.И, серия ISBN 978-5-91556-506-6, место издания Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Химический факультет, Москва, тезисы
  • • 2019 Молекулярное моделирование ковалентного связывания биливердина в белке miRFP670
    • Кулакова А.М., Григоренко Б.Л., Миронов В.А., Хренова М.Г.
    • в сборнике Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"", место издания ISBN 978-5-4465-2339-9, тезисы, с. 24-25
  • • 2019 Молекулярное моделирование конформационных переходов в комплексе RAS*GAP
    • Кулакова А.М., Алания Е.Л., Бабчук И.В., Коц Е.Д.
    • в сборнике 26 Международная Конференция "Математика. Компьютер. Образование.", серия 26, место издания АНО "Ижевский институт компьютерных исследований" Ижевск, тезисы, с. 47-47
  • • 2019 Молекулярное моделирование механизма взаимодействия белка KRASG12C с соединениями ARS-853 и ARS-1620
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике 26 Международная Конференция "Математика. Компьютер. Образование.", серия 26, место издания АНО "Ижевский институт компьютерных исследований" Ижевск, тезисы, с. 46-46
  • • 2019 Молекулярное моделирование механизма передачи сигнала от фоторецепторного домена к каталитическому в белковом комплексе bPAC
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Лущекина С.В., Новичкова Д.А., Немухин А.В.
    • в сборнике Сборник тезисов Всероссийская конференция "Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем", серия ISBN 978-5-6041187-6-4, тезисы, с. 74-74
  • • 2019 Молекулярное моделирование химических реакций с участием цистеина в белковых молекулах
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в сборнике Труды XIX Ежегодной молодежной конференции с международным участием ИБХФ РАН-ВУЗЫ "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", III симпозиума "СОВРЕМЕННОЕ МАТЕРИАЛОВЕДЕНИЕ",, серия ISBN 978-5-4465-2608-6, место издания ООО АЛЬТИГРАФИКА, тезисы, с. 131-132
  • • 2019 Определение констант связывания соединений семейства ARS с белком KRASG12C методом молекулярного докинга
    • Захарова Т.М., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в сборнике Труды XIX Ежегодной молодежной конференции с международным участием ИБХФ РАН-ВУЗЫ "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", III симпозиума "СОВРЕМЕННОЕ МАТЕРИАЛОВЕДЕНИЕ",, серия ISBN 978-5-4465-2608-6, место издания ООО АЛЬТИГРАФИКА, тезисы, с. 79-80
  • • 2019 Оценка константы диссоциации комплексов серии лигандов с белком KRASG12C методом жесткого докинга
    • Захарова Т.М., Кулакова А.М.
    • в сборнике Материалы Международного молодежного научного форума «Ломоносов-2019», издательство ООО "МАКС Пресс" (Москва), тезисы, с. 795-795
    • редакторы Алешковский Иван Андреевич, Алешковский Иван Андреевич, Андриянов Андрей Владимирович, Андриянов Андрей Владимирович, Антипов Евгений Александрович, Антипов Евгений Александрович
  • • 2019 Оценка свободной энергии связывания 3-меркаптопирувата в белке 3-меркаптопируватсульфотрансфераза методами молекулярного моделирования
    • Мулашкин Ф.Д., Кулакова А.М.
    • в сборнике Материалы Международного молодежного научного форума «Ломоносов-2019», издательство ООО "МАКС Пресс" (Москва), тезисы, с. 817-817
    • редакторы Алешковский Иван Андреевич, Алешковский Иван Андреевич, Андриянов Андрей Владимирович, Андриянов Андрей Владимирович, Антипов Евгений Александрович, Антипов Евгений Александрович
  • • 2018 Использование метода DFTB для исследования структуры красных флуоресцентных белков mKeima и eqFP670
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул. Тезисы выступлений участников Второй Школы молодых ученых MolMod-2018 (Новосибирск, 28–30 апреля 2018 г.), место издания ИПЦ НГУ Новосибирск, тезисы, с. 28-29
  • • 2018 Ковалентные ингибиторы белка RAS
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул. Тезисы выступлений участников Второй Школы молодых ученых MolMod-2018 (Новосибирск, 28–30 апреля 2018 г.), место издания ИПЦ НГУ Новосибирск, тезисы, с. 26-27
  • • 2018 Молекулярное моделирование механизма ингибирования белка K-Ras-G12C прототипным соединением ARS-853
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. тезисы XXV международной конференции, серия 25, место издания R&G Dynamics Москва Москва, Ижевск, тезисы, с. 71
  • • 2017 Изоморфизм карбоксилэстеразы-1 человека
    • Кулакова А.М., Коц Е.Д.
    • в сборнике ТРУДЫ XVI ЕЖЕГОДНОЙ МЕЖДУНАРОДНОЙ МОЛОДЕЖНОЙ КОНФЕРЕНЦИИ ИБХФ РАН-ВУЗЫ, место издания Москва : РУДН Москва, тезисы, с. 60-61
  • • 2016 Применение молекулярного моделирования для изучения кинетики ферментативной реакции карбоксилэстеразы-1 человека
    • Кулакова А.М., Коц Е.Д.
    • в сборнике // Сборник тезисов XXXIV Всероссийского симпозиума молодых ученых по химической кинетике, 14-17 ноября 2016 г. Московская обл., пансионат "Берёзки", место издания Издательство МГУ г. Москва, тезисы
  • 
    • 2014 Modeling solvatochromic transitition energy shift of 2-cyano-5-(4- dimethylaminophenyl)penta-2,4-dienoic acid in frozen aqueous solutions
    • Kulakova A.M., Ermilov A.Yu, Polyakov I.V., Nemukhin A.V.
    • в сборнике Book of Abstracts of Conference Chemistry and Physics at Low Temperatures (CPLT 2014), место издания Department of Chemistry, Lomonosov Moscow State University Moscow, тезисы, с. 54-54

• НИРы

  • • 1 января 2022 - 31 декабря 2024 Многомасштабное моделирование сложных химических реакций в фотоактивных белках
    • НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственные исполнители: Домрачева Т.М., Поляков И.В., Хренова М.Г. Участники НИР: Блинова А.Р., Захарова Т.М., Капуста Д.П., Кулакова А.М., Одинцов К.В.
  • • 26 октября 2021 - 31 декабря 2023 "Анализ микробиомов растений и беспозвоночных животных экстремальных мест обитания с целью разработки штаммов-продуцентов новых метаболитов и ферментов (химический факультет)"
    • Химический факультет
    • Руководитель: Бонч-Осмоловская Е.А. Ответственные исполнители: Зверева М.Э., Каменский П.А., Тишков В.И. Участники НИР: Александров Ю.Д., Атрошенко Д.Л., Беркович А.К., Биккулова Г.Р., Ворожцова Е.И., Головина Д.И., Зейнетдинова Г.Р., Комарова Е.С., Кубарева Е.А., Кулакова А.М., Малявко А.Н., Марина В.И., Монахова М.В., Мулашкина Т.И., Павлова А.В., Панова Т.В., Паршин П.Д., Поляков И.В., Пометун А.А., Пышкина О.А., Родин В.А., Савин С.С., Савицкая В.Ю., Свеженцева Г.А., Сергеев А.В., Сергеев В.Г., Скворцов Д.А., Трефилов В.С., Федорчук В.В., Федорчук Е.А., Хренова М.Г.
  • • 2 апреля 2021 - 15 февраля 2023 Методы молекулярного моделирования и искусственного интеллекта для разработки новых бактериальных фосфотриэстераз для ликвидации загрязнений от огнезащитных средств
    • НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
    • Руководитель: Хренова М.Г. Ответственный исполнитель: Кулакова А.М. Участники НИР: Захарова Т.М., Кривицкая А.В.
  • • 1 января 2021 - 31 декабря 2024 Строение и динамика атомно-молекулярных систем
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Немухин А.В. Ответственные исполнители: Безруков Д.С., Хренова М.Г. Участники НИР: Абраменков А.В., Андронова Т.А., Батаев В.А., Бедняков А.С., Белега Е.Д., Белов А.С., Богдашин В.А., Бохан Д.А., Боченкова А.В., Волынкина И.А., Глебов И.О., Годунов И.А., Головкин А.В., Голосная М.Н., Григоренко Б.Л., Давыдова И.Б., Домрачева Т.М., Духовских Е.А., Емельянова М.А., Еремин В.В., Ермилов А.Ю., Занина А.А., Зареченская А.С., Исаева Е.В., Кабылда А.М., Капуста Д.П., Клещина Н.Н., Князева М.А., Козлов М.И., Козлов С.В., Корнейчук А.Я., Королева Л.А., Кочергина И.Ю., Краснощеков С.В., Кузьменко Н.Е., Кулакова А.М., Курамшина Г.М., Лазарев А.В., Ларин А.В., Максимов С.В., Марина В.И., Маслов Д.В., Метелешко Ю.И., Миронов В.А., Московский А.А., Мулашкина Т.И., Никитина Н.А., Осин С.Б., Пазюк Е.А., Петров С.В., Пичугина Д.А., Поддубный В.В., Поляков И.В., Родин В.А., Руденко А.Ю., Рыбаков А.А., Рыжова О.Н., Сенявин В.М., Степанов Н.Ф., Сызганцева О.А., Татаренко К.А., Терашкевич В.А., Трубников Д.Н., Уркунова Т.А., Устынюк Л.Ю., Финенко А.А., Хохлов Д.В., Хрустов В.Ф., Чистиков Д.Н., Шепелев Н.М., Шляпина В.Л., Щербинин А.В., Яковлев Н.Н.
  • • 1 января 2020 - 31 декабря 2021 Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
    • НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Домрачева Т.М., Захарова Т.М., Капуста Д.П., Кулакова А.М., Метелешко Ю.И., Миронов В.А., Мулашкин Ф.Д., Поляков И.В.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2021 Молекулярное моделирование механизмов ферментативных реакций фосфорилирования-дефосфорилирования
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Поляков И.В. Участники НИР: Капуста Д.П., Книга А.Е., Кулакова А.М.
  • • 23 марта 2018 - 19 марта 2019 Молекулярное моделирование медленных процессов конформационных переходов в системах ферментативных комплексов на примере комплекса RAS-GAP
    • НИЛ химической кибернетики
    • Руководитель: Коц Е.Д. Ответственный исполнитель: Кулакова А.М.
  • • 16 апреля 2017 - 28 декабря 2018 Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма ферментов человека
    • ИБХФ РАН
    • Руководитель: Немухин А.В. Ответственный исполнитель: Московский А.А. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Миронов В.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2017 - 31 декабря 2019 Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Капуста Д.П., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Метелешко Ю.И., Миронов В.А., Поляков И.В.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2020 Строение и динамика атомно-молекулярных систем
    • Кафедра физической химии
    • Руководители: Немухин А.В., Степанов Н.Ф. Ответственный исполнитель: Безруков Д.С. Участники НИР: Абраменков А.В., Абрамович А.И., Агеев Г.Г., Адамсон С.О., Алексеев Е.С., Альтова Е.П., Банару А.М., Батаев В.А., Баум Е.А., Бедняков А.С., Безруков Д.С., Белега Е.Д., Белов А.С., Белова М.В., Богатова Т.В., Богдан Т.В., Бохан Д.А., Боченкова А.В., Бучаченко А.А., Вилкова А.Л., Глебов И.О., Годунов И.А., Головкин А.В., Григоренко Б.Л., Грикина О.Е., Гринева О.В., Давыдова И.Б., Дмитриенко А.О., Дорофеева О.В., Еремин В.В., Ермилов А.Ю., Засурская Л.А., Захарова Т.М., Иванов А.А., Исаева Е.В., Капуста Д.П., Клещина Н.Н., Князева М.А., Ковтун Д.М., Колесникова И.Н., Королева Л.А., Коц Е.Д., Крамаренко С.С., Краснощеков С.В., Кузьменко Н.Е., Кулакова А.М., Курамшина Г.М., Лазарев А.В., Ланшина Л.В., Ларин А.В., Лысенко К.А., Львова Е.Ю., Майорова А.Ф., Макухин Н.Н., Марочкин И.И., Миронов В.А., Митин А.В., Моисеева Н.Ф., Московский А.А., Немухин А.В., Новаковская Ю.В., Осин С.Б., Пазюк Е.А., Панченко Ю.Н., Петров С.В., Пичугина Д.А., Поддубный В.В., Поляков И.В., Прибытков А.В., Пупышев В.И., Рыбаков А.А., Рыжова О.Н., Рыков А.Н., Сенявин В.М., Словохотов Ю.Л., Степанов Н.Ф., Степанова А.В., Татаренко К.А., Терентьев Р.В., Тихонов Д.С., Трубников Д.Н., Тукачев Н.В., Устынюк Л.Ю., Филимонова М.А., Хайкин Л.С., Хренова М.Г., Христенко Л.В., Хрустов В.Ф., Чемлева Т.А., Шергольд И.А., Шишков И.Ф., Щербинин А.В., Яковлев Н.Н.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2018 Молекулярное моделирование механизмов химических реакций в цинк-зависимых ферментах
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Участники НИР: Капуста Д.П., Князева М.А., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Миронов В.А., Хренова М.Г.
  • • 12 мая 2015 - 31 декабря 2016 Квантово-химическое моделирование таутомерных превращений аминокислотных остатков с карбоксамидной функциональной группой - аспарагина и глютамина
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Миронов В.А., Поляков И.В.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2016 Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма ферментов человека
    • ИБХФ РАН
    • Руководитель: Немухин А.В. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Миронов В.А., Московский А.А., Новичкова Д.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2015 Развитие и применение компьютерных методов расчета поверхностей свободной энергии для химических реакций в белках на основе молекулярно-динамических подходов с квантовыми силами
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Миронов В.А. Участники НИР: Губайдуллина А.М., Кулакова А.М., Новичкова Д.А.
  • • 1 января 2013 - 31 декабря 2015 Молекулярные механизмы химических реакций в белках с разрывом фосфорно-кислородной связи
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Участники НИР: Губайдулина А.М., Исаева Е.В., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Новичкова Д.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.

• Стажировки в организациях

  • • 1 апреля 2019 - 31 мая 2019 МГУ им. М.В. Ломоносова, Россия

• Диссертация

  • • 2019 Молекулярное моделирование механизмов реакций нуклеофильного присоединения остатков цистеина белков к органическим молекулам
    • Кандидатская диссертация по специальности 02.00.15 - Кинетика и катализ (физ.-мат. науки)
    • Автор: Кулакова Анна Михайловна, к.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Научный руководитель: Хренова Мария Григорьевна, д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете МГУ.014.4 МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
    • Организация, в которой выполнялась работа: МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Оппоненты: Свитанько Игорь Валентинович, Коваленко Илья Борисович, Полежаев Андрей Александрович

• Руководство дипломными работами

  • • 2023 Разработка полуэмпирического метода моделирования металл-органических координационных полимеров
    • Научные руководители: Чугреев А.Л., Кулакова Анна Михайловна
    • Автор: Раенко Дмитрий Дмитриевич (Специалист)
  • • 2023 Моделирование механизма ацилирования глутамата в активном центре фермента N-ацетилглутаматсинтазы
    • Научный руководитель: Кулакова Анна Михайловна
    • Автор: Блинова Анастасия Романовна (Специалист)
  • • 2022 Изучение структуры и свойств бактериальной фоторегулируемой аденилатциклазы методами молекулярного моделирования
    • Научный руководитель: Кулакова Анна Михайловна
    • Автор: Гаджилы Мурад Шакир оглу (Магистр)

• Руководство курсовыми работами

  • • 2016 Расчет свободной энергии процессов конформационной подвижности полипептидов
    • Научный руководитель: Кулакова Анна Михайловна
    • Автор: Алания Екатерина Левановна (Специалист)

• Авторство учебных курсов

  • • 2023 Избранные главы физической химии: квантово-химическое и молекулярное моделирование
    • Автор: Кулакова А.М.

---