ИСТИНА

Кирилин Евгений Михайлович пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского, Отдел биокинетики, Лаборатория ферментативных модификаций физиологически активных соединений, младший научный сотрудник, с 1 декабря 2014

Прежние места работы (Нажмите для отображения)

Соавторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Kudryavtsev P.A., TAKHAVEYEV V., Дробот В.В., Панин Н.В., Подшивалов Д.Д., Щербакова Т.А., Adriana P., Alejandro G., Alessandro B., Alessandro L., Alexander J. показать полностью..., Andrea C., Andrew W., Angelos M., Bernd E., Bolhuis P.G., Carla M., Carlo C., Cristina P., David Q., Davide B., Davide D., Davide P., Elena P., Fabio P., Fabrizio M., Federico G., Ferguson A.L., Francesco C., Francesco L.G., Fraser J.S., Gabriele C.S., Giovanni B., GiovanniMaria P., Haochuan C., Haohao F., Heller G.T., Hocky G.M., Jakub R., Jelfs K.E., Jim P., Jiří Š., Konnov S.I., Kresten L., Layla M., Marcella I., Marco D., Marco N., Marta F., Massimiliano B., Matteo M., Matteo S., Mattia B., Michele C., Michele I., Michele P., Michele V., Omar V., Pablo P., Paolo C., Paolo R., Pavel B., Piero G., Pratyush T., Ralf M., Riccardo C., Sandip D., Sandro B., Silvio P., Stefano R., Swenson D.W., Tetsuya M., Thomas L., Toni G., Tribello G.A., Vittorio L., Vojtěch S., Voth G.A., Wei C., Арбатский М.С., Аржаник В.К., Балдин С.М., Коннов С.И., Шалаева Д.Н., Шарапова Я.А.

13 статей, 13 докладов на конференциях, 2 тезисов докладов, 8 НИР, 5 дипломных работ, 1 курсовая работа

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 167, Scopus: 174

IstinaResearcherID (IRID): 2400267

Деятельность

---

• Статьи в журналах

  • 
    • 2020 Analysis of Glycosyl-Enzyme Intermediate Formation in the Catalytic Mechanism of Influenza Virus Neuraminidase Using Molecular Modeling
    • Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 85, № 4, с. 490-498 DOI
  • 
    • 2020 Structural Organization and Dynamic Characteristics of the Binding Site for Conformational Rearrangement Inhibitors in Hemagglutinins from H3N2 and H7N9 Influenza Viruses
    • Podshivalov D.D., Kirilin E.M., Konnov S.I., Švedas V.K.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 85, № 4, с. 499-506 DOI
  • • 2020 Анализ траектории образования промежуточного гликозилфермента в механизме действия нейраминидазы вируса гриппа А методами молекулярного моделирования
    • Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • в журнале Биохимия, издательство ИКЦ «Академкнига» (Москва), том 85, № 4, с. 567-577 DOI
  • • 2020 Структурная организация и динамические характеристики участка связывания ингибиторов конформационной перестройки гемагглютинина вируса гриппа H3N2 и H7N9
    • Подшивалов Д.Д., Кирилин Е.М., Коннов С.И., Швядас В.К.
    • в журнале Биохимия, издательство ИКЦ «Академкнига» (Москва), том 85, № 4, с. 578-586 DOI
  • 
    • 2019 Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations
    • Massimiliano Bonomi, Giovanni Bussi, Carlo Camilloni, Tribello Gareth A., Pavel Banáš, Alessandro Barducci, Mattia Bernetti, Bolhuis Peter G., Sandro Bottaro, Davide Branduardi, Riccardo Capelli, Paolo Carloni, Michele Ceriotti, Andrea Cesari, Haochuan Chen, Wei Chen, Francesco Colizzi, Sandip De, Marco De La Pierre, Davide Donadio, Viktor Drobot, Bernd Ensing, Ferguson Andrew L., Marta Filizola, Fraser James S., Haohao Fu, Piero Gasparotto, Francesco Luigi Gervasio, Federico Giberti, Alejandro Gil-Ley, Toni Giorgino, Heller Gabriella T., Hocky Glen M., Marcella Iannuzzi, Michele Invernizzi, Jelfs Kim E., Alexander Jussupow, Evgeny Kirilin, Alessandro Laio, Vittorio Limongelli, Kresten Lindorff-Larsen, Thomas Löhr, Fabrizio Marinelli, Layla Martin-Samos, Matteo Masetti, Ralf Meyer, Angelos Michaelides, Carla Molteni, Tetsuya Morishita, Marco Nava, Cristina Paissoni, Elena Papaleo, Michele Parrinello, Jim Pfaendtner, Pablo Piaggi, GiovanniMaria Piccini, Adriana Pietropaolo, Fabio Pietrucci, Silvio Pipolo, Davide Provasi, David Quigley, Paolo Raiteri, Stefano Raniolo, Jakub Rydzewski, Matteo Salvalaglio, Gabriele Cesare Sosso, Vojtěch Spiwok, Jiří Šponer, Swenson David W.H, Pratyush Tiwary, Omar Valsson, Michele Vendruscolo, Voth Gregory A., Andrew White
    • в журнале Nature Methods, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 16, № 8, с. 670-673 DOI
  • 
    • 2018 Study of the Conformational Variety of the Oligosaccharide Substrates of Neuraminidases from Pathogens using Molecular Modeling
    • Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 73, № 1, с. 39-45 DOI
  • • 2018 Исследование спектра конформационных состояний олигосахаридных субстратов нейраминидаз патогенов методами молекулярного моделирования
    • Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), № 2, с. 117-124
  • 
    • 2014 Bioinformatic analysis of protein families for identification of variable amino acid residues responsible for functional diversity
    • Suplatov D., Shalaeva D., Kirilin E., Arzhanik V., Švedas V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 32, № 1, с. 75-87 DOI
  • 
    • 2014 Computational Design of a pH Stable Enzyme: Understanding Molecular Mechanism of Penicillin Acylase's Adaptation to Alkaline Conditions
    • Suplatov D., Panin N., Kirilin E., Shcherbakova T., Kudryavtsev P., Švedas V.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 9, № 6, с. e100643 DOI
  • 
    • 2014 Zebra: a web server for bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D., Kirilin E., Takhaveev V., Svedas V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 32, № 11, с. 1752-1758 DOI
  • 
    • 2014 pocketZebra: a web-server for automated selection and classification of subfamily-specific binding sites by bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D., Kirilin E., Arbatsky M., Takhaveev V., Švedas V.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 42, № 1, с. 344-349 DOI
  • 
    • 2013 Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium
    • Panin N., Suplatov D., Kirilin E., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Švedas V.
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 280, № 1, с. 614 DOI

• Статьи в сборниках

  • • 2016 Bioinformatic analysis of protein families to select function-related variable positions
    • Suplatov D., Kirilin E., Švedas V.
    • в сборнике Understanding Enzymes: Function, Design, Engineering and Analysis (ed. Allan Svendsen), место издания Pan Stanford Publishing, с. 351-385 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2020 Использование MPI- и GPU-ускоренного комбинированного метода квантовой механики, молекулярной механики и метадинамики для моделирования стадии окисления субстрата в каталитическом цикле 2-гидроксибифенил-3-монооксигеназы из Pseudomonas azelaica (Стендовый)
    • Авторы: Копылов К.Е., Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Суперкомпьютерные дни в России, Москва, Россия, 21-22 сентября 2020
  • • 2019 Knowledge-based modulation of enzyme functional properties (Пленарный)
    • Авторы: Suplatov D.A., Sharapova Y.A., Drobot V.V., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2019 Modeling of substrate binding with L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis by advanced metadynamics (Стендовый)
    • Авторы: Baldin S.M., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2019 Molecular modeling of penicillin acylase mutant with increased specificity to bromoacetamide as acyl donor (Стендовый)
    • Авторы: Дробот В.В., Швядас В.К., Панин Н.В., Кирилин Е.М.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2018 Computer-aided study of umifenovir binding by the Influenza hemagglutinin (Стендовый)
    • Авторы: Podshivalov D.D., Švedas V.K., Kirilin E.M.
    • Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
  • • 2018 Conformational analysis of sialic acid in its p-nitrophenyl and lactose derivatives bound to influenza membrane neuraminidase active site (Стендовый)
    • Авторы: Kirilin E.M., Švedas V.K., Podshivalov D.D.
    • Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
  • • 2015 Characterization of functionally important binding sites of enzymes by bioinformatic analysis of diverse protein families (Стендовый)
    • Авторы: Kirillin E., Suplatov D., Švedas V.
    • Enzyme Engineering XXIII, St. Petersburg, Florida, США, 6-11 сентября 2015
  • • 2013 Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium (Стендовый)
    • Авторы: Švedas V., Kudravtsev P., Shcherbakova T., Kirilin E., Panin N., Suplatov D.
    • International Conference BIOCATALYSIS-2013: Fundamentals & Applications, July 2-5, Moscow , 2013
  • • 2013 Rational design of penicillin acylase based on bioinformatic analysis and molecular modeling to improve enzyme catalytic performance in alkaline medium
    • Авторы: Suplatov D., Panin N., Švedas V., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Kirilin E.
    • Enzyme Engineering XXII, 2013, September 22-26, Japan (Toyama), Japan (Toyama), Япония, 2013
  • • 2013 Zebra: web-server for bioinformatic analysis of large protein superfamilies to identify variable amino acid residues responsible for functional diversity
    • Авторы: Suplatov D., Kirilin E., Takhaveev V., Švedas V.K.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13), Москва, МГУ, биологический факультет, Россия, 25-28 июля 2013
  • • 2014 Bioinformatic analysis of glutaryl acylases to study molecular mechanisms of substrate recognition (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Kirilin E., Švedas V., Eldarov M., Takhaveev V.
    • 9th International Conference "Biocatalysis -2013: Fundamentals & Applications", July 2-5, 2013, Moscow, Россия, 2-5 июля 2013
  • • 2011 Bioinformatic analysis of function-related variable amino acid residues responsible for functional divergence of enzyme families
    • Авторы: Суплатов Д.А., Шалаева Д.Н., Кирилин Е.М., Швядас В.К., Аржаник В.К.
    • Biotrans-2011, Italy, Италия, 2011
  • • 2011 Multiple structural alignment of α/β hydrolase-fold enzymes and bioinformatic analysis of catalytically important residues (Стендовый)
    • Авторы: Аржаник В.К., Швядас В.К., Суплатов Д.А., Кирилин Е.М.
    • International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB-2011, Russia, Moscow, Россия, 2011

• Тезисы докладов

  • • 2019 Knowledge-based modulation of enzyme functional properties
    • Suplatov D.A., Sharapova Y.A., Drobot V.V., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в сборнике Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow, место издания Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow, тезисы, с. 25
  • • 2019 Modeling of substrate binding with L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis by advanced metadynamics
    • Baldin S.M., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в сборнике Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow, место издания Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow, тезисы, с. 108

• НИРы

  • • 12 марта 2020 - 26 декабря 2022 Модуляция функциональных свойств пенциллинацилазы
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Кирилин Е.М., Никулин М.В. Участники НИР: Бочкова А.А., Гуранда Д.Ф., Дробот В.В., Морозова И.А., Шаповалова И.В.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2022 Поиск регуляторов биологических процессов, воздействующих на белки, ферменты, полиферментные комплексы и рецепторные системы
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственный исполнитель: Муронец В.И. Участники НИР: Астахова А.А., Балдин С.М., Баринова К.В., Буник В.И., Вирясов М.Б., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Калмыков П.В., Кирилин Е.М., Кочетов Г.А., Курочкина Л.П., Магретова Н.Н., Мельникова А.К., Мичурина В.Н., Никулин М.В., Нилов Д.К., Орлов В.Н., Панин Н.В., Пирожкова Е.Б., Позднякова Н.В., Поздышев Д.В., Севостьянова И.А., Семенюк П.И., Сергеева М.Г., Соловьева О.Н., Стройлова Ю.Ю., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 12 апреля 2018 - 31 декабря 2019 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Нилов Д.К., Суплатов Д.А., Щербакова Т.А. Участники НИР: Балдин С.М., Гущина И.В., Дробот В.В., Кирилин Е.М., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В.
  • • 22 марта 2018 - 22 марта 2020 Изучение субстратной специфичности нейраминидаз вируса гриппа методами молекулярного моделирования и биоинформатики
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Кирилин Е.М.
  • • 22 марта 2018 - 22 марта 2020 Изучение субстратной специфичности нейраминидаз вируса гриппа методами молекулярного моделирования и биоинформатики
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Кирилин Е.М.
  • • 26 мая 2015 - 15 декабря 2017 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мешалкина Л.Е., Нилов Д.К., Семенюк П.И., Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2018 Центр биомедицинских исследований, Компонент по инфекционным заболеваниям
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мисюра Н.М., Муронец В.И., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Халиуллин И.Г., Шаповалова И.В., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2013 - 31 декабря 2018 Управление биологическими процессами путем воздействия низкомолекулярными регуляторами на ферменты, полиферментные комплексы, рецепторные системы и другие супрамолекулярные структуры
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Астахова А.А., Балдин С.М., Буник В.И., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Загряжская А.Н., Кирилин Е.М., Ливенский А.Д., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Пирожкова Е.Б., Сергеева М.Г., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Щербакова Т.А.

• Руководство дипломными работами

  • • 2018 Молекулярное моделирование ацильного переноса на ядра бета-лактамных антибиотиков, катализируемого пенициллинацилазой
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Дробот В. В. (Специалист)
  • • 2016 Анализ механизма распознавания нейраминидазой вируса гриппа H1N1 олигосахаридного субстрата методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Сигорских Андрей Иванович (Бакалавр)
  • • 2015 Изучение функционального баланса гемагглютинина и нейраминидазы вируса гриппа методами биоинформатики
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Мнев Владислав Игоревич (Бакалавр)
  • • 2014 Изучение особенностей распознавания олигосахаридных субстратов нейраминидазой вируса гриппа А методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Швядас В.К., Кирилин Е.М.
    • Автор: Сафина Ксения Радиковна (Бакалавр)
  • • 2013 Использование методов биоинформатического анализа для идентификации аминокислотных остатков, ответственных за специфичное связывание рецептора нейраминидазой вируса гриппа А
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Сафина Ксения Радиковна (Бакалавр)

• Руководство курсовыми работами

  • • 2019 Изучение инактивации пенициллинацилазы из E.coli под действием галогенацильных доноров
    • Научные руководители: Дробот В.В., Кирилин Е.М.
    • Автор: Головина Д. И. (Специалист)

---