Выберите категорию обращения:
Общие вопросы
Отчеты
Рейтинги
Мониторинговый отчёт
Диссертационные советы
Конкурсы
Ввод данных
Структура организаций
Аспирантура
Научное оборудование
Импорт педагогической нагрузки
Журналы и импакт-факторы
Тема обращения:
Описание проблемы:
Введите почтовый адрес:
ИСТИНА
Войти в систему
Регистрация
ИПМех РАН
Главная
Поиск
Статистика
О проекте
Помощь
отправить сообщение
Кирилин Евгений Михайлович
пользователь
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
,
Отдел биокинетики
,
Лаборатория ферментативных модификаций физиологически активных соединений
, младший научный сотрудник, с 1 декабря 2014
Прежние места работы
(Нажмите для отображения)
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Факультет биоинженерии и биоинформатики
, аспирант, 1 октября 2012 - 1 октября 2016
Соавторы:
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Kudryavtsev P.A.
,
TAKHAVEYEV V.
,
Дробот В.В.
,
Панин Н.В.
,
Подшивалов Д.Д.
,
Щербакова Т.А.
,
Adriana P.
,
Alejandro G.
,
Alessandro B.
,
Alessandro L.
,
Alexander J.
показать полностью...
,
Andrea C.
,
Andrew W.
,
Angelos M.
,
Bernd E.
,
Bolhuis P.G.
,
Carla M.
,
Carlo C.
,
Cristina P.
,
David Q.
,
Davide B.
,
Davide D.
,
Davide P.
,
Elena P.
,
Fabio P.
,
Fabrizio M.
,
Federico G.
,
Ferguson A.L.
,
Francesco C.
,
Francesco L.G.
,
Fraser J.S.
,
Gabriele C.S.
,
Giovanni B.
,
GiovanniMaria P.
,
Haochuan C.
,
Haohao F.
,
Heller G.T.
,
Hocky G.M.
,
Jakub R.
,
Jelfs K.E.
,
Jim P.
,
Jiří Š.
,
Konnov S.I.
,
Kresten L.
,
Layla M.
,
Marcella I.
,
Marco D.
,
Marco N.
,
Marta F.
,
Massimiliano B.
,
Matteo M.
,
Matteo S.
,
Mattia B.
,
Michele C.
,
Michele I.
,
Michele P.
,
Michele V.
,
Omar V.
,
Pablo P.
,
Paolo C.
,
Paolo R.
,
Pavel B.
,
Piero G.
,
Pratyush T.
,
Ralf M.
,
Riccardo C.
,
Sandip D.
,
Sandro B.
,
Silvio P.
,
Stefano R.
,
Swenson D.W.
,
Tetsuya M.
,
Thomas L.
,
Toni G.
,
Tribello G.A.
,
Vittorio L.
,
Vojtěch S.
,
Voth G.A.
,
Wei C.
,
Арбатский М.С.
,
Аржаник В.К.
,
Балдин С.М.
,
Коннов С.И.
,
Шалаева Д.Н.
,
Шарапова Я.А.
13 статей
,
13 докладов на конференциях
,
2 тезисов докладов
,
8 НИР
,
5 дипломных работ
,
1 курсовая работа
Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 167, Scopus: 174
IstinaResearcherID (IRID): 2400267
Деятельность
Статьи в журналах
2020
Analysis of Glycosyl-Enzyme Intermediate Formation in the Catalytic Mechanism of Influenza Virus Neuraminidase Using Molecular Modeling
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 85, № 4, с. 490-498
DOI
2020
Structural Organization and Dynamic Characteristics of the Binding Site for Conformational Rearrangement Inhibitors in Hemagglutinins from H3N2 and H7N9 Influenza Viruses
Podshivalov D.D.
,
Kirilin E.M.
,
Konnov S.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 85, № 4, с. 499-506
DOI
2020
Анализ траектории образования промежуточного гликозилфермента в механизме действия нейраминидазы вируса гриппа А методами молекулярного моделирования
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 85, № 4, с. 567-577
DOI
2020
Структурная организация и динамические характеристики участка связывания ингибиторов конформационной перестройки гемагглютинина вируса гриппа H3N2 и H7N9
Подшивалов Д.Д.
,
Кирилин Е.М.
,
Коннов С.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 85, № 4, с. 578-586
DOI
2019
Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations
Massimiliano Bonomi
,
Giovanni Bussi
,
Carlo Camilloni
,
Tribello Gareth A.
,
Pavel Banáš
,
Alessandro Barducci
,
Mattia Bernetti
,
Bolhuis Peter G.
,
Sandro Bottaro
,
Davide Branduardi
,
Riccardo Capelli
,
Paolo Carloni
,
Michele Ceriotti
,
Andrea Cesari
,
Haochuan Chen
,
Wei Chen
,
Francesco Colizzi
,
Sandip De
,
Marco De La Pierre
,
Davide Donadio
,
Viktor Drobot
,
Bernd Ensing
,
Ferguson Andrew L.
,
Marta Filizola
,
Fraser James S.
,
Haohao Fu
,
Piero Gasparotto
,
Francesco Luigi Gervasio
,
Federico Giberti
,
Alejandro Gil-Ley
,
Toni Giorgino
,
Heller Gabriella T.
,
Hocky Glen M.
,
Marcella Iannuzzi
,
Michele Invernizzi
,
Jelfs Kim E.
,
Alexander Jussupow
,
Evgeny Kirilin
,
Alessandro Laio
,
Vittorio Limongelli
,
Kresten Lindorff-Larsen
,
Thomas Löhr
,
Fabrizio Marinelli
,
Layla Martin-Samos
,
Matteo Masetti
,
Ralf Meyer
,
Angelos Michaelides
,
Carla Molteni
,
Tetsuya Morishita
,
Marco Nava
,
Cristina Paissoni
,
Elena Papaleo
,
Michele Parrinello
,
Jim Pfaendtner
,
Pablo Piaggi
,
GiovanniMaria Piccini
,
Adriana Pietropaolo
,
Fabio Pietrucci
,
Silvio Pipolo
,
Davide Provasi
,
David Quigley
,
Paolo Raiteri
,
Stefano Raniolo
,
Jakub Rydzewski
,
Matteo Salvalaglio
,
Gabriele Cesare Sosso
,
Vojtěch Spiwok
,
Jiří Šponer
,
Swenson David W.H
,
Pratyush Tiwary
,
Omar Valsson
,
Michele Vendruscolo
,
Voth Gregory A.
,
Andrew White
в журнале
Nature Methods
, издательство
Nature Publishing Group
(United Kingdom)
, том 16, № 8, с. 670-673
DOI
2018
Study of the Conformational Variety of the Oligosaccharide Substrates of Neuraminidases from Pathogens using Molecular Modeling
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 73, № 1, с. 39-45
DOI
2018
Исследование спектра конформационных состояний олигосахаридных субстратов нейраминидаз патогенов методами молекулярного моделирования
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, № 2, с. 117-124
2014
Bioinformatic analysis of protein families for identification of variable amino acid residues responsible for functional diversity
Suplatov D.
,
Shalaeva D.
,
Kirilin E.
,
Arzhanik V.
,
Švedas V.
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, издательство
Adenine Press
(United States)
, том 32, № 1, с. 75-87
DOI
2014
Computational Design of a pH Stable Enzyme: Understanding Molecular Mechanism of Penicillin Acylase's Adaptation to Alkaline Conditions
Suplatov D.
,
Panin N.
,
Kirilin E.
,
Shcherbakova T.
,
Kudryavtsev P.
,
Švedas V.
в журнале
PLoS ONE
, издательство
Public Library of Science
(United States)
, том 9, № 6, с. e100643
DOI
2014
Zebra: a web server for bioinformatic analysis of diverse protein families
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Takhaveev V.
,
Svedas V.
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, издательство
Adenine Press
(United States)
, том 32, № 11, с. 1752-1758
DOI
2014
pocketZebra: a web-server for automated selection and classification of subfamily-specific binding sites by bioinformatic analysis of diverse protein families
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Arbatsky M.
,
Takhaveev V.
,
Švedas V.
в журнале
Nucleic Acids Research
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
, том 42, № 1, с. 344-349
DOI
2013
Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium
Panin N.
,
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Shcherbakova T.
,
Kudravtsev P.
,
Švedas V.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 280, № 1, с. 614
DOI
Статьи в сборниках
2016
Bioinformatic analysis of protein families to select function-related variable positions
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Švedas V.
в сборнике
Understanding Enzymes: Function, Design, Engineering and Analysis (ed. Allan Svendsen)
, место издания
Pan Stanford Publishing
, с. 351-385
DOI
Доклады на конференциях
2020
Использование MPI- и GPU-ускоренного комбинированного метода квантовой механики, молекулярной механики и метадинамики для моделирования стадии окисления субстрата в каталитическом цикле 2-гидроксибифенил-3-монооксигеназы из Pseudomonas azelaica
(Стендовый)
Авторы:
Копылов К.Е.
,
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
Суперкомпьютерные дни в России
, Москва, Россия, 21-22 сентября 2020
2019
Knowledge-based modulation of enzyme functional properties
(Пленарный)
Авторы:
Suplatov D.A.
,
Sharapova Y.A.
,
Drobot V.V.
,
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Modeling of substrate binding with L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis by advanced metadynamics
(Стендовый)
Авторы:
Baldin S.M.
,
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Molecular modeling of penicillin acylase mutant with increased specificity to bromoacetamide as acyl donor
(Стендовый)
Авторы:
Дробот В.В.
,
Швядас В.К.
,
Панин Н.В.
,
Кирилин Е.М.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2018
Computer-aided study of umifenovir binding by the Influenza hemagglutinin
(Стендовый)
Авторы:
Podshivalov D.D.
,
Švedas V.K.
,
Kirilin E.M.
Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny
, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
2018
Conformational analysis of sialic acid in its p-nitrophenyl and lactose derivatives bound to influenza membrane neuraminidase active site
(Стендовый)
Авторы:
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
,
Podshivalov D.D.
Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny
, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
2015
Characterization of functionally important binding sites of enzymes by bioinformatic analysis of diverse protein families
(Стендовый)
Авторы:
Kirillin E.
,
Suplatov D.
,
Švedas V.
Enzyme Engineering XXIII
, St. Petersburg, Florida, США, 6-11 сентября 2015
2013
Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium
(Стендовый)
Авторы:
Švedas V.
,
Kudravtsev P.
,
Shcherbakova T.
,
Kirilin E.
,
Panin N.
,
Suplatov D.
International Conference BIOCATALYSIS-2013: Fundamentals & Applications, July 2-5, Moscow
, 2013
2013
Rational design of penicillin acylase based on bioinformatic analysis and molecular modeling to improve enzyme catalytic performance in alkaline medium
Авторы:
Suplatov D.
,
Panin N.
,
Švedas V.
,
Shcherbakova T.
,
Kudravtsev P.
,
Kirilin E.
Enzyme Engineering XXII, 2013, September 22-26, Japan (Toyama)
, Japan (Toyama), Япония, 2013
2013
Zebra: web-server for bioinformatic analysis of large protein superfamilies to identify variable amino acid residues responsible for functional diversity
Авторы:
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Takhaveev V.
,
Švedas V.K.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
, Москва, МГУ, биологический факультет, Россия, 25-28 июля 2013
2014
Bioinformatic analysis of glutaryl acylases to study molecular mechanisms of substrate recognition
(Стендовый)
Авторы:
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Švedas V.
,
Eldarov M.
,
Takhaveev V.
9th International Conference "Biocatalysis -2013: Fundamentals & Applications", July 2-5, 2013
, Moscow, Россия, 2-5 июля 2013
2011
Bioinformatic analysis of function-related variable amino acid residues responsible for functional divergence of enzyme families
Авторы:
Суплатов Д.А.
,
Шалаева Д.Н.
,
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
,
Аржаник В.К.
Biotrans-2011
, Italy, Италия, 2011
2011
Multiple structural alignment of α/β hydrolase-fold enzymes and bioinformatic analysis of catalytically important residues
(Стендовый)
Авторы:
Аржаник В.К.
,
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Кирилин Е.М.
International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB-2011
, Russia, Moscow, Россия, 2011
Тезисы докладов
2019
Knowledge-based modulation of enzyme functional properties
Suplatov D.A.
,
Sharapova Y.A.
,
Drobot V.V.
,
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
в сборнике
Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow
, тезисы, с. 25
2019
Modeling of substrate binding with L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis by advanced metadynamics
Baldin S.M.
,
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
в сборнике
Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow
, тезисы, с. 108
НИРы
12 марта 2020 - 26 декабря 2022
Модуляция функциональных свойств пенциллинацилазы
Факультет биоинженерии и биоинформатики
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственные исполнители:
Кирилин Е.М.
,
Никулин М.В.
Участники НИР:
Бочкова А.А.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Дробот В.В.
,
Морозова И.А.
,
Шаповалова И.В.
1 января 2019 - 31 декабря 2022
Поиск регуляторов биологических процессов, воздействующих на белки, ферменты, полиферментные комплексы и рецепторные системы
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственный исполнитель:
Муронец В.И.
Участники НИР:
Астахова А.А.
,
Балдин С.М.
,
Баринова К.В.
,
Буник В.И.
,
Вирясов М.Б.
,
Вирясова Г.М.
,
Голенкина Е.А.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Дарбинян Т.Г.
,
Дробот В.В.
,
Калмыков П.В.
,
Кирилин Е.М.
,
Кочетов Г.А.
,
Курочкина Л.П.
,
Магретова Н.Н.
,
Мельникова А.К.
,
Мичурина В.Н.
,
Никулин М.В.
,
Нилов Д.К.
,
Орлов В.Н.
,
Панин Н.В.
,
Пирожкова Е.Б.
,
Позднякова Н.В.
,
Поздышев Д.В.
,
Севостьянова И.А.
,
Семенюк П.И.
,
Сергеева М.Г.
,
Соловьева О.Н.
,
Стройлова Ю.Ю.
,
Судьина Г.Ф.
,
Суплатов Д.А.
,
Успенская Т.В.
,
Чистяков Д.В.
,
Шмальгаузен Е.В.
,
Щербакова Т.А.
12 апреля 2018 - 31 декабря 2019
Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственные исполнители:
Нилов Д.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Щербакова Т.А.
Участники НИР:
Балдин С.М.
,
Гущина И.В.
,
Дробот В.В.
,
Кирилин Е.М.
,
Шарапова Я.А.
,
Шмальгаузен Е.В.
22 марта 2018 - 22 марта 2020
Изучение субстратной специфичности нейраминидаз вируса гриппа методами молекулярного моделирования и биоинформатики
Отдел биокинетики
Руководитель:
Кирилин Е.М.
22 марта 2018 - 22 марта 2020
Изучение субстратной специфичности нейраминидаз вируса гриппа методами молекулярного моделирования и биоинформатики
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Кирилин Е.М.
26 мая 2015 - 15 декабря 2017
Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Швядас В.К.
Участники НИР:
Балдин С.М.
,
Кирилин Е.М.
,
Мешалкина Л.Е.
,
Нилов Д.К.
,
Семенюк П.И.
,
Суплатов Д.А.
,
Шарапова Я.А.
,
Шмальгаузен Е.В.
,
Щербакова Т.А.
1 января 2014 - 31 декабря 2018
Центр биомедицинских исследований, Компонент по инфекционным заболеваниям
Отдел биокинетики
Руководитель:
Швядас В.К.
Участники НИР:
Балдин С.М.
,
Кирилин Е.М.
,
Мисюра Н.М.
,
Муронец В.И.
,
Никулин М.В.
,
Нилов Д.К.
,
Панин Н.В.
,
Суплатов Д.А.
,
Успенская Т.В.
,
Халиуллин И.Г.
,
Шаповалова И.В.
,
Щербакова Т.А.
1 января 2013 - 31 декабря 2018
Управление биологическими процессами путем воздействия низкомолекулярными регуляторами на ферменты, полиферментные комплексы, рецепторные системы и другие супрамолекулярные структуры
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Швядас В.К.
Участники НИР:
Астахова А.А.
,
Балдин С.М.
,
Буник В.И.
,
Вирясова Г.М.
,
Голенкина Е.А.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Дарбинян Т.Г.
,
Дробот В.В.
,
Загряжская А.Н.
,
Кирилин Е.М.
,
Ливенский А.Д.
,
Никулин М.В.
,
Нилов Д.К.
,
Панин Н.В.
,
Пирожкова Е.Б.
,
Сергеева М.Г.
,
Судьина Г.Ф.
,
Суплатов Д.А.
,
Успенская Т.В.
,
Чистяков Д.В.
,
Щербакова Т.А.
Руководство дипломными работами
2018
Молекулярное моделирование ацильного переноса на ядра бета-лактамных антибиотиков, катализируемого пенициллинацилазой
Научные руководители:
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
Автор: Дробот В. В. (Специалист)
2016
Анализ механизма распознавания нейраминидазой вируса гриппа H1N1 олигосахаридного субстрата методами молекулярного моделирования
Научные руководители:
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
Автор: Сигорских Андрей Иванович (Бакалавр)
2015
Изучение функционального баланса гемагглютинина и нейраминидазы вируса гриппа методами биоинформатики
Научные руководители:
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
Автор: Мнев Владислав Игоревич (Бакалавр)
2014
Изучение особенностей распознавания олигосахаридных субстратов нейраминидазой вируса гриппа А методами молекулярного моделирования
Научные руководители:
Швядас В.К.
,
Кирилин Е.М.
Автор: Сафина Ксения Радиковна (Бакалавр)
2013
Использование методов биоинформатического анализа для идентификации аминокислотных остатков, ответственных за специфичное связывание рецептора нейраминидазой вируса гриппа А
Научные руководители:
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
Автор: Сафина Ксения Радиковна (Бакалавр)
Руководство курсовыми работами
2019
Изучение инактивации пенициллинацилазы из E.coli под действием галогенацильных доноров
Научные руководители:
Дробот В.В.
,
Кирилин Е.М.
Автор: Головина Д. И. (Специалист)