ИСТИНА

Новичкова Дана Александровна пользователь

Прежние места работы (Нажмите для отображения)

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля Российской академии наук

Соавторы: Лущекина С.В., Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Варфоломеев С.Д., Masson P., Поломских В., Ефременко Е.Н., Зуев И.В., Курочкин И.Н., Махаева Г.Ф., Хренова М.Г., Цыбенова С.Б., Israel L.L. показать полностью..., Lockridge O., Makhlis T.A., Moralev S.N., Rozengart E.V., Schopper A., Sussmann R., Андрианова М.С., Асланлы А.Г., Атякшева Л.Ф., Бугрова А.Е., Быков В.И., Владимиров Николаева Г.Н., Гариев И.А., Гореленков В.К., Горячев Н.С., Гудков Д.А., Денисов Е.Т., Еременко А.В., Еремин С.А., Завьялов В.В., Завьялова Н.В., Индейкина М.И., Исаева Е.В., Каламкаров Г.Р., Князева М.А., Ковалева Н.В., Кокшаров М.И., Кондаков С.Э., Костюкевич Ю.И., Котельников А.И., Коц Е.Д., Кукаев Е.Н., Кулакова А.М., Курова В.С., Луковенков А.В., Лягин И.В., Маслова О.В., Мельников М.Я., Нечаева Н.Л., Пеков С.И., Петрик М.М., Петров К.А., Ричардсон Р., Семенов Н.А., Сенько О.В., Стародубцева Н.Л., Степанов Н.А., Татиколов А.С., Угарова Н.Н., Федорченко К.Ю., Фельдман Т.Б., Чухрай Е.С., дом 7.

8 статей, 2 книги, 17 докладов на конференциях, 1 тезисы доклада, 5 НИР, 1 диссертация

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 26, Scopus: 42

IstinaResearcherID (IRID): 39134981

ResearcherID: T-8937-2017

Scopus Author ID: 56114363100

ORCID: 0000-0001-5164-6985

Деятельность

---

• Статьи в журналах

  • 
    • 2019 Computer-designed active human butyrylcholinesterase double mutant with a new catalytic triad
    • Grigorenko Bella L., Novichkova Dana A., Lushchekina Sofya V., Zueva Irina V., Schopfer Lawrence M., Nemukhin Alexander V., Varfolomeev Sergey D., Lockridge Oksana, Masson Patrick
    • в журнале Chemico-Biological Interactions, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 306, с. 138-146 DOI
  • 
    • 2019 The four-helix bundle in cholinesterase dimers: Structural and energetic determinants of stability
    • Novichkova Dana A., Lushchekina Sofya V., Dym Orly, Masson Patrick, Silman Israel, Sussman Joel L.
    • в журнале Chemico-Biological Interactions, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 309, с. 108699 DOI
  • 
    • 2018 Supercomputer Modeling of Dual-Site Acetylcholinesterase (AChE) Inhibition
    • Lushchekina Sofya V., Makhaeva Galina F., Novichkova Dana A., Zueva Irina V., Kovaleva Nadezhda V., Richardson Rudy R.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 5, № 4, с. 89-97 DOI
  • 
    • 2017 Role of Acetylcholinesterase in β-Amyloid Aggregation Studied by Accelerated Molecular Dynamics
    • Lushchekina S.V., Kots E.D., Novichkova D.A., Petrov K.A., Masson P.
    • в журнале BioNanoScience, том 7, № 2, с. 396-402 DOI
  • • 2014 Компьютерное моделирование химических реакций в сложных биологических системах: ферментативный гидролиз циклического дигуанозинмонофосфата
    • Григоренко Б.Л., Князева М.А., Исаева Е.В., Новичкова Д.А., Немухин А.В.
    • в журнале Наноструктуры. Математическая физика и моделирование, том 10, № 2, с. 95-105
  • • 2014 Структура фермент-субстратного комплекса каталитического домена фосфодиэстераз с циклическим дигуанозинмонофосфатом
    • Григоренко Б.Л., Немухин А.В., Хренова М.Г., Новичкова Д.А.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 55, № 1, с. 3-6
  • 
    • 2013 QM/MM of ChE-catalyzed reactions with special attention to OP inhibition
    • Lushchekina S., Polomskih V., Novichkova D., Nemukhin A., Masson P., Varfolomeev S.
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 280, № SI Suppl.1, с. 164-164

• Статьи в сборниках

  • • 2014 Квантово-химическое моделирование в исследовании молекулярных механизмов действия ферментов
    • Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Лущекина С.В., Поломских В.С., Новичкова Д.А., Варфоломеев С.Д.
    • в сборнике Физическая химия биопроцессов, место издания Издательская группа URSS Москва, с. 141-188

• Книги

  • • 2020 Фосфорорганические нейротоксины
    • Андриянова Мария Сергеевна, Асланлы А.Г., Басова Наталия Евгеньевна, Быков Виктор Иванович, Варфоломеев Сергей Дмитриевич, Горбунов Константин Сергеевич, Гореленков Валентин Константинович, Григоренко Белла Людвиговна, Гудков Денис Андреевич, Завьялов Василий Владимирович, Завьялова Наталья Васильевна, Злобин Александр Владимирович, Еременко Аркадий Вениаминович, Еремин Сергей Александрович, Ермакова Инна Тихоновна, Ефременко Елена Николаевна, Иноземцев Валерий Александрович, Комиссаренко Сергей Анатольевич, Курочкин Илья Николаевич, Леонтьевский Алексей Аркадьевич, Лущекина Софья Владимировна, Лягин Илья Владимирович, Маслова Ольга Васильевна, Ивон Морис Массон Патрик, Махаева Галина Файвелевна, Махлис Татьяна Абрамовна, Медвецкий Игорь Викторович, Моралев Сергей Николаевич, Нельга Игорь Аликович, Нечаева Наталья Леонидовна, Новичкова Дана Александровна, Немухин Александр Владимирович, Розенгарт Евгений Викторович, Свиридов Алексей Владимирович, Сенько Ольга Витальевна, Степанов Николай Алексеевич, Третьяков Сергей Вадимович, Фролов Георгий Александрович, Цыбенова Светлана Батожаргаловна, Шерстюк Артем Валерьевич, Шушкова Татьяна Валентиновна, Эпиктетов Дмитрий Олегович
    • место издания РИОР Москва, ISBN 978-5-369-02026-5, 380 с. DOI
  • • 2014 Физическая химия биопроцессов
    • Варфоломеев С.Д., Луковенков А.В., Семенова Н.А., Быков В.И., Цыбенова С.Б., Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Лущекина С.В., Поломских В.С., Новичкова Д.А., Денисова Т.Г., Денисов Е.Т., Угарова Н.Н., Кокшаров М.И., Котельников А.И., Медведев Э.С., Горячев Н.С., Чухрай Е.С., Атякшева Л.Ф., Татиколов А.С., Гариев И.А., Упоров И.В., Островский М.А., Фельдман Т.Б., Кондаков С.Э., Мельников М.Я., Курова В.С., Курочкин И.Н., Каламкаров Г.Р., Бугрова А.Е., Федорченко К.Ю., Попов И.А., Кононихин А.С., Кукаев Е.Н., Стародубцева Н.Л., Индейкина М.И., Костюкевич Ю.И., Владимиров Николаева Г.Н.М.И, Пеков С.И., Николаев Е.Н., Ефременко Е.Н., Крылова Л.П.
    • место издания КРАСАНД Москва, ISBN 978-5-396-00585-3, 800 с.

• Доклады на конференциях

  • • 2019 Молекулярное моделирование механизма передачи сигнала от фоторецепторного домена к каталитическому в белковом комплексе bPAC (Устный)
    • Авторы: Лущекина С.В., Кулакова А.М., Немухин А.В., Новичкова Д.А., Хренова М.Г.
    • «Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем» (ChemSci-2019), Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук (ИОХ РАН), Россия, 13-17 мая 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование кинетики связывания ривастигмина ацетилхолинэстеразами рыбы и человека. (Стендовый)
    • Авторы: Лущекина С.В., Новичкова Д.А.
    • XXXVI Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике, пос. Поведники, Московская обл. Мытищинский район, Россия, 18-21 марта 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование кинетики связывания ривастигмина ацетилхолинэстеразами рыбы и человека. (Стендовый)
    • Авторы: Лущекина С.В., Новичкова Д.А.
    • XXXVI Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике, пос. Поведники, Московская обл. Мытищинский район, Россия, 18-21 марта 2019
  • • 2019 Физико-химические факторы, определяющие формирование и стабильность четвертичной структуры холиностераз. (Устный)
    • Авторы: Новичкова Д.А., Лущекина С.В.
    • XI Международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни". Москва, 25-27 февраля 2019 г., Москва, Гостиный Двор, Ильинка, 4, Россия, 25-27 февраля 2019
  • • 2018 Узел из четырёх альфа-спиралей в холинэстеразах различных видов: особенности организации четвертичной структуры. (Устный)
    • Авторы: Новичкова Д.А., Лущекина С.В.
    • XVIII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика", Москва, Россия, 13-15 ноября 2018
  • • 2018 Dimerization interface of cholinesterases: analysis of crystal structures, free energy molecular dynamics calculations, and in silico alanine screening (Стендовый)
    • Авторы: Novichkova D.A., Joel L., Sussman, Lushchekina S.V.
    • The 13th International Meeting on Cholinesterases, Hradec Kralove, Czech Republic, Храдек Кралове, Чехия, 9-14 сентября 2018
  • • 2016 Различие в строении ацетилхолинэстераз различных видов и влияние его на кинетику взаимодействия с ингибиторами. (Устный)
    • Авторы: Новичкова Д.А., Лущекина С.В.
    • XVI Ежегодная международная молодежная конференция Биохимическая физика ИБХФ РАН-ВУЗы, г. Москва, ИБХФ им. Н.М. Эмануэля РАН, ул. Косыгина д.4, Россия, 24-26 октября 2016
  • • 2015 Применение методов компьютерного моделирования для оценки различий в структуре и свойствах холинэстераз различных видов. (Устный)
    • Автор: Новичкова Д.А.
    • XXII Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов-2015", Москва, Россия, 13-17 апреля 2015
  • • 2014 Межбелковые взаимодействия при формировании узла из четырёх α- спиралей на примере холинэстераз и нейролигинов. (Устный)
    • Авторы: Новичкова Д.А., Лущекина С.В., Немухин А.В.
    • XIV ежегодная международная молодежная конференция ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика", ИБХФ РАН, Россия, 2014
  • • 2014 Транспорт ацетилхолина в АХЭ различных видов. (Устный)
    • Автор: Новичкова Дана Александровна
    • XXI Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов-2014» , МГУ имени М.В. Ломоносова, 7-11 апреля 2014
  • • 2014 Транспорт ацетилхолина в АХЭ различных видов. (Устный)
    • Автор: Новичкова Дана Александровна
    • XXI Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов-2014» , МГУ имени М.В. Ломоносова, 7-11 апреля 2014
  • • 2013 QM/MM of ChE-catalyzed reactions with special attention to OP inhibition (Стендовый)
    • Авторы: Lushchekina S., Gubaydullina A., Polomskih V., Novichkova D., Nemukhin A., Masson P., and Varfolomeev S.
    • 38th Congress of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS), Saint Petersburg, Россия, 6-11 июля 2013
  • • 2012 Молекулярно-динамическое моделирование холинэстераз. Возможные конфигурации ключевых аминокислотных остатков и «дыхание» белковой молекулы (Устный)
    • Авторы: Новичкова Д.А., Лущекина С.В., Немухин А.В., Варфоломеев С.Д.
    • XII Международная МОЛОДЕЖНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ИБХФ РАН-ВУЗЫ "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", Россия, Москва, Россия, 12-15 ноября 2012
  • • 2012 Computational study of cholinesterase dynamics (Стендовый)
    • Авторы: Novichkova D.A., Luschekina S.V., Varfolomeev S.D., Nemukhin A.V., Masson P.
    • 11th International Meeting on Cholinesterases, Kazan, 4-9 June, Kazan, Россия, 4-9 июня 2012
  • • 2011 Анализ кристаллографических данных структур ацетилхолинэстераз как один из этапов компьютерного моделирования (Устный)
    • Авторы: Поломских В.С., Новичкова Д.А., Лущекина С.В., Немухин А.В.
    • XI Международная МОЛОДЕЖНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ИБХФ РАН-ВУЗЫ "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", Россия, Москва, Россия, 9-17 ноября 2011
  • • 2009 Ab initio modelling of photophysical properties of cyanohydroxycoumarines (Стендовый)
    • Авторы: Nemukhin A.V., Ermilov A.Yu, Bochenkova A.V., Novichkova D.A.
    • 13th ICQC, Helsinki, Finland, Финляндия, 2009
  • • 2009 Моделирование фотофизических свойств изомеров цианогидрокси-кумаринов (Стендовый)
    • Авторы: Немухин А.В., Ермилов А.Ю., Новичкова Д.А., Боченкова А.В.
    • 6-я Всероссийская конференция «Молекулярное моделирование», Москва, Россия, 2009

• Тезисы докладов

  • • 2019 Молекулярное моделирование механизма передачи сигнала от фоторецепторного домена к каталитическому в белковом комплексе bPAC
    • Кулакова А.М., Хренова М.Г., Лущекина С.В., Новичкова Д.А., Немухин А.В.
    • в сборнике Сборник тезисов Всероссийская конференция "Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем", серия ISBN 978-5-6041187-6-4, тезисы, с. 74-74

• НИРы

  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2016 Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма ферментов человека
    • ИБХФ РАН
    • Руководитель: Немухин А.В. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Миронов В.А., Московский А.А., Новичкова Д.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2015 Новые биофизические и структурные аспекты молекулярных процессов в фотосинтетических центрах
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Немухин А.В. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Миронов В.А., Новичкова Д.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2015 Развитие и применение компьютерных методов расчета поверхностей свободной энергии для химических реакций в белках на основе молекулярно-динамических подходов с квантовыми силами
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Миронов В.А. Участники НИР: Губайдуллина А.М., Кулакова А.М., Новичкова Д.А.
  • • 1 января 2013 - 31 декабря 2015 Молекулярные механизмы химических реакций в белках с разрывом фосфорно-кислородной связи
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Участники НИР: Губайдулина А.М., Исаева Е.В., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Новичкова Д.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2011 - 31 декабря 2013 Моделирование механизмов формирования флуоресцентных белков и первичных фотохимических процессов в функционировании биологических хромофоров
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Боченкова А.В. Участники НИР: Андрийченко Н.Н., Грановский А.А., Миронов В.А., Новичкова Д.А., Хренова М.Г.

• Диссертация

  • • 2020 Молекулярное моделирование структурно-динамических и каталитических характеристик холинэстераз различных типов
    • Кандидатская диссертация по специальности 02.00.15 - Кинетика и катализ (физ.-мат. науки)
    • Автор: Новичкова Д.А.
    • Научный руководитель: Лущекина С.В., к.х.н.
    • Защищена в совете МГУ.014.4(02.08) МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
    • Организация, в которой выполнялась работа: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля Российской академии наук
    • Оппоненты: Никулин Алексей Донатович, Мазо Михаил Абрамович, Коваленко Илья Борисович

---