|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Компьютерные методы исследования филогении и специфичности регуляторных белковНИР
- Руководитель НИР: Спирин С.А.
- Участники НИР: Кривозубов М.С., Нагаев Б.Э., Пеков Ю.А.
- Подразделение: Отдел математических методов в биологии
- Срок исполнения: 27 августа 2012 г. - 31 декабря 2013 г.
- Номер договора (контракта, соглашения): 12-04-91334
- Тип: Фундаментальная
- Приоритетное направление научных исследований: другое
-
Рубрики ГРНТИ:
- 34.03.23 Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
- 34.15.15 Пространственная структура и свойства биополимеров
- 34.15.29 Молекулярная эволюция
-
Ключевые слова:
алгоритмы, транскрипционный фактор, молекулярная эволюция
-
Описание:
Совместная с коллегами из Технического университета Мюнхена (Германия) разработка алгоритмов и программ для анализа белковых семейств, и в первую очередь семейств ДНК-узнающих белковых доменов. Исследование ряда существующих алгоритмов филогенетического анализа с точки зрения соответствия из результатов биологически обоснованным фактам.
-
Основные результаты:
В сотрудничестве с немецкими коллегами получены решающие правила для предсказания качества реконструкции филогении и для выбора из двух реконструкций филогении. По результатам написана статья, которая принята в журнал Journal of Bioinformatics and Computational Biology. Создана программа PQ, реализующая новый алгоритм реконструкции филогении по выравниванию биологических последовательностей. Готовится публикация с описанием алгоритма и результатов работы программы. Создана работающая версия программы построения нуклеотидного пангенома по набору геномов близкородственных бактерий. Получены результаты по реаннотации геномов бруцелл с использованием новой программы.
- Добавил в систему: Спирин Сергей Александрович
Соисполнители НИР
| Технический университет Мюнхена | Соисполнитель |
Источник финансирования НИР
| грант РФФИ |
Этапы НИР
| # | Сроки | Название |
| 1 | 27 августа 2012 г.-31 декабря 2012 г. | Компьютерные методы исследования филогении и специфичности регуляторных белков |
| Результаты этапа: Создан веб-сервис CompareAln3D для сравнения двух выравниваний одних и тех же последовательностей белков с известной пространственной структурой. Сервис определяет, какое из двух выравниваний лучше отражает соответствие хода полипептидных цепей белков. Завершена работа по сравнению качества работы ряда программ реконструкции филогении на материале последовательностей белков грибов и животных. Готовится публикация. Начата работа по созданию алгоритмов (решающих правил) для оценки качества реконструкции филогении по характеристикам выравнивания и матрицы расстояний, а также для выбора из двух реконструкций филогении одного и того же белкового семейства. Получены предварительные результаты. Разработана новая версия программы поиска нуклеотидных последовательностей по гомологии Nhunt, включающая автоматическую адаптацию матрицы нуклеотидных замен к нуклеотидному составу. Создана программа для построения нуклеотидного пангенома по набору геномов родственных бактерий. Предварительные результаты применения это программы показывают перспективность подхода. Разработан и реализуется в виде программы итеративный алгоритм построения нуклеотидного пангенома. | ||
| 2 | 13 июня 2013 г.-31 декабря 2013 г. | Компьютерные методы исследования филогении и специфичности регуляторных белков |
| Результаты этапа: В сотрудничестве с немецкими коллегами получены решающие правила для предсказания качества реконструкции филогении и для выбора из двух реконструкций филогении. По результатам написана статья, которая принята в журнал Journal of Bioinformatics and Computational Biology. Создана программа PQ, реализующая новый алгоритм реконструкции филогении по выравниванию биологических последовательностей. Готовится публикация с описанием алгоритма и результатов работы программы. Создана работающая версия программы построения нуклеотидного пангенома по набору геномов близкородственных бактерий. Получены результаты по реаннотации геномов бруцелл с использованием новой программы. | ||
Прикрепленные к НИР результаты
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".