Молекулярные механизмы модификации белков окисью азота и участие нитрозилированных белков в развитии патологических процессовНИР

Molecular mechanisms of protein modifications by NO and participation of the modified proteins in the development of pathological processes

Источник финансирования НИР

грант РНФ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 20 апреля 2021 г.-31 декабря 2021 г. Молекулярные механизмы модификации белков окисью азота и участие нитрозилированных белков в развитии патологических процессов
Результаты этапа: Модификации гликолитического фермента глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы окисью азота за последние четверть века было посвящено много работ. После того, как данные об NO-индуцированном АДФ-рибозилировании фермента не подтвердились, было принято считать, что окись азота нитрозилирует каталитический остаток цистеина. Такая модификация приводит к инактивации фермента, а также индуцирует его взаимодействие с E3-убиквитин-лигазой Siah1. Комплекс ГАФД с Siah1 транслоцируется в клеточное ядро и вызывает апоптоз. Предполагается, что описанный механизм является важным элементом каскада процессов, вызывающих апоптоз, и играет важную роль в развитии некоторых нейродегенеративных заболеваний. Однако, несмотря на длительную историю интенсивного изучения S-нитрозилирования ГАФД, прямых доказательств присутствия в этом белке S-NO групп не было. Более того, некоторые косвенные данные указывали на возможность появления в результате воздействия окиси азота окисленных до сульфеновой кислоты цистеиновых остатков активного центра. При этом перекись водорода также модифицирует каталитические остатки цистеина до сульфеновой кислоты и вызывает индукцию апоптоза. В связи с этой неопределенностью остается открытым вопрос о необходимости именно нитрозилирования, а не любой другой модификации каталитического остатка ГАФД для транслокации фермента в ядро, индукции апоптоза и других последствий пост-трансляционных изменений белка. Для проверки гипотезы, согласно которой при воздействии доноров NO на глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназу (ГАФД) образующаяся ГАФД-S-NO является лишь промежуточным продуктом S-нитрозилирования 150 остатка цистеина активного центра, были идентифицированы продукты ее модификации. Сульфгидрильная группа остатка Cys150 (положение в ферменте из мышц кролика) катализирует дегидрогеназную реакцию. При окислении Cys150 с образованием цистеин-сульфеновой кислоты (Cys-SOH) у фермента появляется ацилфосфатазная активность, что позволяет следить за накоплением этого производного. Было доказано, что в присутствии доноров NO одновременно с исчезновением дегидрогеназной активности наблюдается рост ацилфосфатазной активности, что говорит об образовании Cys-SOH в активном центре ГАФД. Добавление димедона, являющегося специфическим реагентом на цистеин-сульфеновую кислоту, приводит к полному исчезновению ацилфосфатазной активности. Методами масс-спектрометического анализа (ESI-MS и MALDI- MS) было доказано, что инкубация ГАФД в присутствии донора окиси азота DEANO приводит к образованию двух основных продуктов: S-нитрозилированной ГАФД и S-сульфенированной ГАФД. Цистеин-сульфеновая кислота была идентифицирована по образованию ее аддукта с димедоном. Для идентификации цистеинового остатка, подвергающегося S-сульфенированию и включению димедона, был проведен трипсиновый гидролиз препарата ГАФД с последующим анализом полученного спектра пептидов. Фрагментация пептида с включением димедона указывает, что модификации подвергается каталитический остаток Cys150. Количественная оценка продуктов S-нитрозилирования ГАФД разными методами показала, что в среднем при модификации 3 из 4 цистеиновых остатков в тетрамерной молекуле ГАФД 2 остатка нитрозилируются (Cys-SNO), а один окисляется до сульфеновой кислоты. Предположительно, цистеин-сульфеновая кислота образуется вследствие гидролиза нитрозилированной ГАФД. Таким образом, впервые прямыми методами было доказано S-нитрозилирование и S- сульфенирование каталитических цистеиновых остатков ГАФД при воздействии на фермент окиси азота. Была исследована роль некаталитического остатка цистеина при S-нитрозилировании глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы. Присутствие второго цистеинового остатка в активном центре глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы характерно для ферментов практически из всех источников. У млекопитающих последовательность CTTNC в активном центре ГАФД строго консервативна, при этом только один цистеиновый остаток (Cys150 в ферменте из мышц кролика или Cys152 в ГАФД человека) принимает участие в катализе. Функция второго остатка цистеина до сих пор остается неясной, поскольку мутация Cys156Ser не влияет на катализ дегидрогеназной реакции. Нами было проверено предположение об участии Cys156 в регуляции S-нитрозилирования ГАФД, а также в последующих трансформациях модифицированного белка. Были выделены две формы рекомбинантной ГАФД человека: фермент дикого типа (hGAPD) и мутантная форма ГАФД с заменой некаталитического остатка цистеина на серин (hGAPDHC156S). Было доказано, что hGAPDH и его мутантная форма (hGAPDHC156S) подвергаются инактивации в присутствии донора NO сходным образа из-за модификации каталитического остатка Cys152. В белках hGAPDH и hGAPDH C156S при практически полной модификации каталитических цистеинов определяется приблизительно 3 остатка SNO на моль тетрамера ГАФД. Однако ацилфосфатазная активность нитрозилированной hGAPDH дикого типа в 5 раз выше по сравнению нитрозилированной hGAPDH C156S. Эти результаты позволили предположить, что присутствие Cys156 в активном центре hGAPDH способствует образованию или стабилизации цистеин-сульфеновой кислоты. Возможно, без дополнительного цистеинового остатка образовавшийся GAPDH-SNO более стабилен и GAPDH-SOH не образуется. На основании полученных данных можно предположить, что гидролиз S-нитрозилированной ГАФД (GAPDH-SNO) с образованием цистеин-сульфеновой кислоты является важным элементом механизма, обеспечивающего ответ клетки на воздействие NO. Именно в этом процессе играет важную роль второй остаток цистеина активного центра ГАФД. Кроме того, как было показано нами раньше, окисление ГАФД перекисью водорода с образованием цистеин-сульфеновой кислоты в активном центре ГАФД стимулирует процесс S-глутатионилирования фермента присутствии восстановленного глутатиона (GSH). Принимая во внимание высокое содержание GSH в клетках, гидролиз GAPDH-SNO с образованием GAPDH-SOH может способствовать S-глутатионилированию каталитического цистеина ГАФД, которое является важным элементом обратимой регуляции активности ГАФД в условиях окислительного стресса. Было проведено изучение влияния S-нитрозилирования на некоторые структурные характеристики ГАФД, а также начато изучение влияния такой модификации на взаимодействие фермента с другими белками. Было начато изучение влияние нитрозилирования на патологическую трансформацию амилоидных белков. Было обнаружено S-нитрозилирование одного из цистеиновых остатков рекомбинантного овечьего прионного белка и установлено, что такая модификация препятствует его амилоидной трансформации. Были опубликованы 2 журнальные статьи (Schmalhausen E.V., Medvedeva M.V., Serebryakova M.V., Chagovets V.V., Muronetz V.I. Products of S-nitrosylation of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase: Relation between S-nitrosylation and oxidation. Biochim Biophys Acta Gen Subj. 2022 Jan;1866(1):130032. doi: 10.1016/j.bbagen.2021.130032. Q1; Muronetz VI, Medvedeva MV, Sevostyanova IA, Schmalhausen EV. Modification of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase with Nitric Oxide: Role in Signal Transduction and Development of Apoptosis. Biomolecules. 2021 Nov 8;11(11):1656. doi: 10.3390/biom11111656. PMID: 34827652. Q2), а также тезисы доклада.
2 1 января 2022 г.-31 декабря 2022 г. Молекулярные механизмы модификации белков окисью азота и участие нитрозилированных белков в развитии патологических процессов
Результаты этапа: С целью выяснения влияния нитрозилирования глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы (ГАФД) окисью азота на свойства фермента и функционирование клеток было продолжено изучение механизмов этой посттрансляционной модификации. Было показано, что как S-нитрозилирование так и S-глутатионилирование ГАФД не только инактивирует фермент, но и снижает его термостабильность, а также повышает его чувствительность к действию протеиназ. При этом глутатионилирование оказывает более выраженную дестабилизацию, чем нитрозилирование. Вероятно, дестабилизация обусловлена уменьшением прочности связывания с ферментом ее кофактора NAD (никотинамидадениндинуклеотида) из-за невозможности образования «комплекса с переносом заряда» между никотинамидным кольцом NAD и SH-группой каталитического Цис152 из-за модификации последнего. Более выраженная дестабилизация ГАФД при S-глутатионилировании может быть обусловлена введением в активный центр более крупного радикала. Реактивация нитрозилированной ГАФД дитиотреитолом, восстановленным глутатионом, глутаредоксином (Grx1) и тиоредоксином 1 (Trx1) происходит в течение нескольких минут, тогда как глутатионилированная ГАФД реактивируется только дитиотреитолом. На основании полученных данных можно сделать вывод о том, что S- нитрозилирование ГАФД является относительно мягкой модификацией, которая сопровождается умеренными изменениями третичной структуры и достаточно легко обратима в физиологических условиях в присутствии восстановленного глутатиона или глутаредоксина 1. S-глутатионилирование ГАФД приводит к более выраженным изменениям в молекуле ГАФД по сравнению с нитрозилированием, причем реактивация глутатионилированной ГАФД происходит гораздо медленнее по сравнению с реактивацией нитрозилированной ГАФД. Было обнаружено, что модификация ГАФД метилглиоксалем приводит к практически необратимому окислению Цис152 активного центра до цистеин-сульфиновой кислоты (S02H) и модификации аргининовых остатков R80 и R234 с образованием гидроимидазолонов. При этом предварительное нитрозилирование ГАФД с целью предотвращения необратимой инактивации фермента метилглиоксалем не оказывает существенного влияния ни на снижение ферментативной активности, ни на эффективность реактивации. Было доказано, что под действием окиси азота возможно не только образование цистеин-сульфеновой кислоты при обработке изолированного фермента, но и дозо-зависимое появление S-сульфенированных белков в культуре клеток НЕК 293Т. При этом окись азота и перекись водорода оказывают сходный эффект на появление сульфенированных белков, среди которых наряду с ГАФД был идентифицирован бета-актин. Сделанные наблюдения подтверждают наше предположение о том, что эффекты, возникающие при воздействии на ГАФД окиси азота, например, индукция апоптоза, могут быть связаны не только и не столько с ее нитрозилированием, а скорее с сульфенированием белка, которое может быть достигнуто окислением перекисью водорода. С помощью метода иммунопреципитации было показано, что в клетках HEK293Т присутствуют комплексы ГАФД с белком Siah1, но только в том случае, если клетки предварительно инкубируют с окисью азота или перекисью водорода. На основании этих данных можно сделать вывод о том, что взаимодействие ГАФД с Siah1 стимулируется не только нитрозилированием фермента, но и его окислением. Кроме того, ГАФД связывается с бета-актином, причем нитрозилирование или окисление фермента усиливает это взаимодействие. Таким образом, был обнаружен новый белок-партнер ГАФД, на связывание с которым влияет посттрансляционная модификация фермента, а также продемонстрировано сходное влияние двух типов его модификации на образования комплексов с Siah1. При этом проведение экспериментов по связыванию ГАФД, модифицированной по цистеиновым остаткам активного центра, с иммобилизованным на сефарозе белком Siah1 не выявило прочного взаимодействия между двумя белками и какого-либо влияния модификаций ГАФД на этот процесс. Возможно, отсутствие такого взаимодействия обусловлено получением Siah1 в бактериальной системе, в которой не происходят характерные для эукариот посттрансляционные модификации. Эксперименты по выяснению роли альфа-синуклеина в индукции апоптоза через связанный с окисью азота и ГАФД сигнальный каскад, показали, что сверх-экспрессия альфа-синуклеина в клетках нейробластомы, а также добавление альфа-синуклеина извне не увеличивает концентрацию окиси азота в клетках и не усиливает нитрозилирование белков, а скорее даже препятствует этому процессу. При этом при высокой концентрации окиси азота модификация белков происходит независимо от присутствия альфа-синуклеина в клетках. Последнее наблюдение косвенно подтверждает заключение, что альфа-синуклеин не стимулирует образование окиси азота из-за активации NO-синтаз. Было показано, что нитрозилирование прионного белка не стимулирует его агрегацию или амилоидную трансформацию. При этом амилоидная трансформация и агрегация немодифицированного PrP происходит в присутствии как двухкольцевого (бактериального GroE), так и фагового однокольцевого gp246 шаперонинов. Для стимуляции такой амилоидной трансформации необходимо присутствие АТФ, тогда как двухкольцевая структура и ко-шаперонины не являются обязательными условиями. Невозможность амилоидной трансформации нитрозилированной формы PrP, обнаруженная в опытах с шаперонинами, показывает важное значение посттрансляционных модификаций для патологической трансформации амилоидогенных белков. В качестве новой мишени для действия окиси азота был выбран RBD спайк-белка SARS-CoV-2 и показано, что, по крайней мере, один из 9 цистеиновых остатков этого белка может подвергаться нитрозилированию. При этом обработка RBD спайк-белка SARS-CoV-2 донорами окиси азота может в итоге приводить не только к нитрозилированию, но и к окислению цистеиновых остатков с образованием сульфеновой кислоты. Высказано предположение, что нитрозилирование RBD спайк-белка SARS-CoV-2 должно приводить к изменению его связывания с основным клеточным рецептором - АСЕ2, а также влиять на взаимодействие RBD спайк-белка SARS-CoV-2 с альфа-синуклеином. Методами молекулярного моделирования продемонстрирована возможность связывания RBD спайк-белка SARS-CoV-2 с альфа-синуклеином, подтвержденная экспериментально. Показано также, что RBD спайк-белка SARS-CoV-2 предотвращает амилоидную трансформацию альфа-синуклеина и уменьшает его цитотоксичность. Проведенные эксперименты являются первым этапом изучения влияния нитрозилирования RBD спайк-белка SARS-CoV-2 на его взаимодействие с АСЕ2 и альфа-синуклеином. По результатам работы опубликовано две журнальных статьи в изданиях Q1 ("International Journal of Molecular Sciences" и "Archives of biochemistry and biophysics"), одна статья принята к публикации, а 1 статья находится на рецензировании в журналах «Biochimie». Результаты работы были доложены на III Объединенном научном форуме физиологов, биохимиков и молекулярных биологов, включающем VII СЪЕЗД БИОХИМИКОВ И МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОЛОГОВ РОССИИ И X РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ».
3 1 декабря 2023 г.-31 декабря 2023 г. Молекулярные механизмы модификации белков окисью азота и участие нитрозилированных белков в развитии патологических процессов
Результаты этапа: 1. Было доказано, что обработка донорами NO клеток, а не только изолированных белков, приводит к образованию сульфенированных белков. При этом происходит снижение активности глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы (ГАФД). Кроме ГАФД сульфенированию в результате воздействия окиси азота подвергается актин. Возможно, образование сульфенированных белков является следствием гидролиза S-NO групп, образующихся при S-нитрозилировании. Вероятно, воздействие пероксида водорода и NO вызывает сходные последствия на жизнедеятельность клеток, в частности в обоих случаях могут образовываться глутатионилированные белки вследствие реакции цистеин-сульфеновой кислоты с восстановленным глутатионом. Образование глутатионилированных бета-актина и ГАФД было обнаружено как при воздействии на клетки окиси азота, так и пероксида водорода. При этом глутатионилированный актин может быть обнаружен в клеточных экстрактах даже методом вестерн-блоттинга с антителами к глутатионилированным белкам, а глутатионилированная ГАФД только в более мягких условиях при проведении иммунопреципитации с антителами к глутатионилированным белкам. На предыдущих этапах проекта было показано, что ГАФД-SNO легко подвергается денитрозилированию и восстановлению дегидрогеназной активности в присутствии глутаредоксина 1 (Grx1) и GSH, в то время как ГАФД-SSG в тех же условиях деглутатионилируется гораздо медленнее (рис. 1.7). По этой причине глутатионилированная ГАФД накапливается в клетках при воздействии Н2О2 или NO. 2. Изучение взаимодействия глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы с другими белками показало, что основным ее партнером является бета-актин. Кроме того, были найдены комплексы ГАФД с шапероном HspP90A. Методом иммунопреципитации комплексы ГАФД и бета-актина были изолированы из экстрактов клеток HEK 293T как с помощью антител к ГАФД, так и к бета-актину. Однако обработка клеток пероксидом водорода или донором NO не влияла на образование комплекса между двумя белками. Окисление ГАФД также не влияло на взаимодействие друг с другом изолированных ГАФД и актина белков, которое оценивали методом твердофазного иммуноферментного анализа. При этом с ГАФД связывалась только мономерная форма актина (G-актин), но не его фибриллы (F- актин). Удельная активность ГАФД снижалась при добавлении избытка мономеров бета-актина на 20-30%, вероятно, из-за дестабилизации ГАФД при его связывании с белком-партнером. Следует отметить, что указанными методами выявляются прочные полибелковые комплексы. Однако нельзя исключить, что ГАФД может обратимо адсорбироваться на фибриллах актина с невысокими константами связывания, участвуя в энергообеспечении сократительных функций. Возможно, что такой тип связывания может регулироваться посттрансляционными модификациями фермента, что требует проведения дальнейших исследований. 3. При проверке гипотезы об участии глицеральдегид-3-дегидрогеназы в транс-нитрозилировании было показано, что активность S-нитрозилированной ГАФД восстанавливается (до 60% исходной активности) при добавлении эквимолярных количеств неполимеризованного актина в расчете на мономер ГАФД. При этом после инкубации ГАФД-SNO с актином и гель-хроматографии содержание групп SNO в молекуле ГАФД уменьшается c 1,85 до 0,17 моль /моль ГАФД. Эти результаты указывают на денитрозилирование фермента. Вероятно, происходит транс-нитрозилирование, то есть перенос NO группы с ГАФД на сульфгидрильные группы бета-актина. Однако, это предположение требует дополнительных прямых доказательств. Следует отметить, что активность немодифицированной ГАФД не уменьшается при добавлении S-нитрозилированного бета-актина. Следовательно, транс-нитрозилирование происходит только в одном направлении - от ГАФД-SNO на актин-SH. Данное наблюдение может быть связано с разной реакционной способностью сульфгидрильных групп активного центра ГАФД по сравнению с сульфгидрильными группами актина. Очень высокая концентрация ГАФД в клетке и уникальная реакционная способность сульфгидрильных групп ее активного центра, вероятно, позволяет этому ферменту участвовать в транс-нитрозилировании белков. 4. В дополнение к проведенным ранее исследованиям S-нитрозилирование прионного белка было подтверждено иммунохимическим и масс-спектроскопическим методами. Было показано, что S-нитрозилирование прионного белка приводит к модификации его сульфгидрильных групп по 182 остатку цистеина, расположенному вo второй альфа-спирали рядом с бета-тяжем. С помощью стимулирования амилоидной трансформации прионного белка вирусным шаперонином OBP в присутствии АТФ удалось провести эксперименты в мягких условиях, которые не вызывают распада продуктов нитрозилирования. Было показано, что модификация прионного белка оксидом азота замедляет его амилоидную агрегацию в присутствии функционально активного шаперонина. Вероятно, модификация Cys182 может затруднять образование фибрилл, препятствуя укладке бета-структурных элементов. 5. Отдельный аспект работы был связан с исследованием роли цистеиновых остатков RBD-фрагментa спайк белка коронавируса SARS-CoV-2 в регуляции его функционирования. Было показано, что из 9 цистеиновых остатков RBD-фрагментa без дополнительных воздействий может подвергаться модификации только один, поскольку остальные 8 образуют дисульфидные мостики. Единственный неспаренный остаток Cys538 после предварительного восстановления дитиотретитолом может подвергаться S-нитрозилированию с последующим образованием цистеин-сульфеновой кислоты на части цистеиновых остатков. При этом исходный препарат RBD-фрагментa также содержит цистеин-сульфеновую кислоту, что указывает на высокую чувствительность Cys538 к окислению. Таким образом, в зависимости от условий, RBD-фрагмент может содержать SH-, SNO или SOH группы или их сочетания, которые оказывают разное влияние на его взаимодействие с другими белками. Так, взаимодействие RBD-фрагментa с клеточным рецептором ACE2 регулируется состоянием С-концевого цистеинового остатка Cys538. S-нитрозилирование или окисление до сульфеновой кислоты цистеинового остатка RBD-фрагментa стимулирует его связывание с ACE2, тогда как восстановление до SH-группы вызывает 2-кратное снижение эффективности взаимодействия двух белков. Таким образом, можно предположить, что взаимодействие RBD-фрагментa спайк белка с ACE2 может регулироваться окислительно-восстановительным статусом среды. При этом восстановление сульфгидрильных групп RBD-фрагментa может приводить к ухудшению связывания с клеточным рецептором ACE2, препятствуя проникновения частиц вируса в клетку. Высокая чувствительность Cys538 RBD-фрагментa к модификации делает этот остаток потенциальной мишенью для соединений, которые могут быть использованы для предотвращения развития данной вирусной инфекции. Было также обнаружено, что в присутствии RBD-фрагмента спайк-белка, содержащего разные модификации единственного свободного цистеинового остатка, изменяется патологическая трансформация альфа-синуклеина. В условиях близких к физиологическим, а именно при нейтральных значениях рН и температуре 370С, нитрозилированный или восстановленный дитиотреитолом RBD-фрагмент существенно уменьшают амилоидную агрегацию альфа-синуклеина, тогда как RBD-фрагмент, содержащий только цистеин-сульфеновую кислоту, напротив, стимулирует этот процесс. Вероятно, противоречивые сведения о влиянии RBD-фрагментa и полноразмерного спайк-белка на патологическую трансформацию альфа-синуклеина можно объяснить тем, что разные пост-трансляционные модификации цистеиновых остатков RBD-фрагментa оказывают различное, а иногда и противоположное действие на агрегацию этого амилоидогенного белка. Возможно, что разнонаправленным характером воздействия RBD-фрагмента с разными модификациями Сys538 можно объяснить противоречивые данные о влиянии вакцинации и самой инфекции на развитие нейродегенеративных заболеваний, в частности, болезни Паркинсона. Дальнейшие исследования помогут создавать более безопасные вакцины, с помощью модификации или замены Cys538. 6. В 2023 году было опубликовано 4 статьи в международных журналах первого квартиля (Arch. Biochem. Biophys., Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects, Front. Mol. Biosci., Biomedicines). В 3-х опубликованных экспериментальных статьях были представлены полученные результаты, а в обзорной статье суммированы сведения об участии спермоспецифической глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы в развитии ряда патологий и о роли пост-трансляционных модификаций фермента в этих процессах. Одна обзорная статья принята в печать в журнал «Вестник МГУ, серия Химия» и будет опубликована в феврале 2024 года. Было сделано 3 доклада на международных конференциях - один пленарный, один устный и один постерный. В докладах были представлены полученные результаты, а также суммированы сведения о роли пост-трансляционных модификаций сульфгидрильных групп ферментов, прежде всего S-нитрозилирования, в регуляции их основных и побочных функций.

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".