Нарушение митохондриального соответствия как основа патогенезаНИР

Violation of mitochondrial fitness as a cause of pathology

Источник финансирования НИР

грант РНФ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 19 мая 2022 г.-31 декабря 2022 г. Нарушение митохондриального соответствия как основа патогенеза
Результаты этапа: Целью работы в 2022 году было выяснение взаимоотношения митохондрий с другими компонентами клетками с целью недопущения возникновения патологического фенотипа. Работа шла по четырем направлениям. Определив конечной целью создание оптимального («идеального») для клетки состояния митохондриома, мы сравнили особенности структуры и ультраструктуры гепатоцитов долгоживущего грызуна, голого землекопа (H. Glaber) и мышей линии C57BL/6. Оценку хондриома проводили путем анализа изображений энергизованных митохондрий в гепатоцитах в срезах печеночной ткани, окрашенных флуоресцентным зондом на мембранным потенциал, являющегося репортером функциональности митохондрий. Мы обнаружили, что все пространство паренхиматозных клеток печени мышей равномерно заполнено энергизованными митохондриями круглой или овальной формы, что соответствовало данным электронной микроскопии. У 3-летнего H. glaber, в отличие от гепатоцитов мыши, популяция энергизованных митохондрий неравномерно распределена в цитоплазме. В центральной части клетки цитоплазма была свободна от митохондрий, которые локализовались либо вокруг ядра, либо на периферии клетки. Ультраструктурных различий в строении митохондрий у обоих типов грызунов обнаружено не было. Кроме митохондрий внутреннее пространство гепатоцитов землекопа было в основном заполнено сетью гладкого эндоплазматического ретикулума (ГЭР), который у мышей был значительно менее развит. Наблюдаемая картина состояния ретикулума у землекопа не соответствует общепринятому взгляду на структурную организацию гепатоцитов млекопитающих, в которой преобладает шероховатый ретикулум (ШЭР). К 7 годам соотношение ШЭР и ГЭР в гепатоцитах H. Glaber продолжает меняться с увеличением доли ГЭР, который занимает почти весь объем гепатоцита. К 11 годам большая часть объема гепатоцита H. Glaber занята ГЭР. Митохондрии локализуются в основном в околоядерной зоне, а ШЭР представлен одиночными цистернами, расположенными между митохондриями. Таким образом, в гепатоцитах H. Glaber относительная площадь, занимаемая ГЭР, более чем в 10 раз выше, чем у мыши, причем у землекопа происходит увеличение площади ГЭР с возрастом, в то время как у мышей она стабилизируется в раннем возрасте. Это может отражать высокую активность процессов детоксикации и деградации неправильно функционирующих белков, что говорит о высоком потенциале у H. Glaber по устранению неправильных структур, приводящих к патологическому фенотипу. Мы предполагаем, что митохондрии участвуют в контроле механизмом проверки качества, обеспечивая его энергией и подвергаясь механизму отбора. Исходя из необъяснимого митохондриального разнообразия, мы вынесли на обсуждение проблему классификации митохондрий. Наш анализ говорит о том, что почти обязательное присутствие митохондрий в клетках обуславливается не их энергетическими функциями, а выполнением альтернативных функций, включая контроль пролиферации, дифференцировки и гибели клетки. Проведя сравнение компонентов клетки с целыми многоклеточными организмами, обладающими своей микробиотой, мы отнесли митохондриальную популяцию клетки к своеобразной организации, именуемой митобиотой, которая, как и микробиота, в значительной мере определяет функционирование клетки или организма-хозяина. Но в отличие от бактерий, в частности риккетсий, для которых существует развитая номенклатура в виде наличия типов и штаммов, для митохондрий такой спецификации до сих пор нет. Однако, задача создания такой спецификации очень сложная, так как даже создание ее на базе имеющегося разделения митохондриальной ДНК на гаплотипы (а всего в мире наблюдается только у человека более 5000 гаплотипов), будет неполным, ибо она не будет включать митохондриального разнообразия, основанного на том, что большинство митохондриальных структур определены не митохондриальной ДНК, а ядром клетки, в которое митохондрия делегировала управление большей частью своих функций. Для бактерий систематика дала возможность сделать выводы о ходе эволюции. Но другой вопрос состоит в решении, насколько симбиотичным нужно считать наличие в наших клетках митохондрий? Кто они: активные и очень нужные элементы, и/или «спящие» враги, которые могут «проснуться» и запустить уничтожение системы? В этом плане систематика позволит разделить митохондрии на такие группы, положительное или вредное функционирование которых будет повергнуто классификации. Третья линия исследований по проекту заключалась в анализе недавно постулированной и подтвержденной концепции нового типа митохондриальной биоэнергетики. Не исключая наличие протонной энергетики, удалось показать синтез АТР, опосредованный транспортом ионов калия из-за превышения в 10 млн раз содержания ионов калия над протонами в клетке. При этом было показано, что на каждый перенесенный Н+ АТР-синтаза проводит 3,7 K+, и оба эти процесса сопряжены с синтезом АТР. Транспорт обоих ионов усиливался после внесения в среду диазоксида, активатора АТР зависимого К+ канала (мтK/АТР), и блокировался ингибитором АТР-синтазы, вентурицидином, и ингибитором мтK/АТР, оксидеканоатом. Из этого следовало, что, во-первых, материальной основой мтK/АТР является АТР-синтазный комплекс и, во-вторых, этот комплекс может транспортировать ионы калия. Более того, диазоксид в равной мере усиливал транспорт K+ и H+ через синтазу, что явилось подтверждением, что протон и ион калия идут по одному и тому же пути. Тем самым была показана материальная основа мтK/АТР, поиском которого занималось множество исследователей в течение последних 40 лет Проведенный нами анализ калиевой биоэнергетики привел к ряду важных умозаключений. Во-первых, было показано, что канал АТР-синтазы обладает одинаковой проницаемостью для ионов калия и ионов натрия. Хотя концентрация ионов натрия в клетке мала, в патологических условиях она возрастает многократно, что может составить конкуренцию за ионный транспорт через АТР-синтазу. Эти данные могут быть основой разработки новых подходов к лечению различных патологий, сопровождающихся увеличением ионов натрий в клетке. Во-вторых, в суть механизма калиевой энергетики заложена осмотическая компонента, определяемая тем, что ионы калия, в отличие от протонов, осмотически активны, и их перенос внутрь митохондрий ассоциируется с обводнением матрикса митохондрий, что позволяет рассматривать АТР-синтазу как водный канал. Исследование опосредованного АТР-синтазой транспорта воды очень важно, учитывая важную роль гомеостаза воды в метаболизме, нарушение которого чревато фатальными последствиями, в частности отеками органов. Мы доказали, что АТР-синтаза может быть участником процесса мягкого разобщения, которое было протестировано с использованием проникающего иона C4R1, с доказанной ранее его разобщающей активностью. Мы оценивали связывание C4R1 с митохондриями с последующим их фракционированием и детекцией флуоресценции. Были получены данные, подтверждающие связывание C4R1 с компонентом АТР-синтазного комплекса, имеющим молекулярную массу около 48-50 кДа. Теоретический анализ химического взаимодействия позволил предположить, что этим компонентом является бета субъединица комплекса, а именно часть, на которой располагается каталитический центр АТР-синтазы, то есть этот компонент принадлежит к F1 части комплекса. Анализ позволил также подтвердить электростатическое взаимодействие С4R1 и бета субъединицы АТР-синтазы, так как в присутствии NaOH такого связывания не наблюдалось. Масс спектрометрический анализ мажорной флуоресцирующей электрофоретической полосы в районе 48-50 кДа позволил получить предварительные результаты, о том, что эта компонента содержит пептиды, принадлежащие бета субъединице. Нами был проведен молекулярный докинг взаимодействия C4R1 c АТР-синтазой, с указанием вероятностной локализации места связывания C4R1 на бета субъединице. Таким образом мы приходим к заключению, что отмеченное ранее разобщающее действие C4R1 может быть опосредовано взаимодействием с бета субъединицей АТР-синтазного комплекса, что указывает на то, что в процесс разобщения вовлечены митохондриальные белки.
2 1 января 2023 г.-31 декабря 2023 г. Нарушение митохондриального соответствия как основа патогенеза
Результаты этапа: В проекте центральной была парадигма о том, что большинство патологий определяется неправильным функционированием митохондрий, в результате чего терапия этих патологий должна быть направлена на нормализацию работы митохондрий, что в терминах проекта означало приведение в соответствие структуры и функций митохондрий. Все исследования по проекту шли в соответствии с этой парадигмой. Во-первых, была подвержена анализу возможность реализации альтернативных функций у митохондриальной АТР-синтазы, в частности за счет обеспечения механизма мягкого разобщения окислительного фосфорилирования. Этой работе предшествовало очень важное открытие ранее неизвестного типа энергетики, основанной на транспорте катионов щелочных металлов через АТР-синтазный комплекс, что отменило концепцию исключительности протонной митохондриальной биоэнергетики. Был проведен исчерпывающий анализ всех преимуществ калиевой энергетики, за счет которой, используя ту же разницу свободной энергии окисления субстратов, можно получить на 30% больше энергии в виде АТР. Однако, в работе впервые была показана еще одна, никем не высказанная функция митохондриальной АТР-синтазы, а именно ее участие в механизме разобщения. В качестве мягкого разобщителя были выбраны флуоресцентные производные родамина 19 с разной длиной алифатической цепи (C4R1 и C12R1), ранее доказавшие свои положительные свойства в моделях терапии разных патологий. Из этих двух веществ C4R1 обладал более эффективным разобщающим действием, оцененном по стимуляции дыхания митохондрий, выделенных из печени крысы. Митохондрии после инкубации с C4R1 и C12R1 подвергались лизису с последующим разделением на белковые фракции при помощи электрофореза в ПААГ. После инкубации с C4R1, но не с C12R1, флуоресценция сосредоточивалась исключительно в полосе белка, с молекулярной массой около 50 кДа, что указывало на связывание C4R1 именно с этим белком. Было получено доказательство того, что связывание C4R1 с компонентом митохондрий носит электростатический характер. Было сделано предположение, что этот компонент принадлежит белковому комплексу АТР-синтазы. После выделения из митохондрий чистого препарата АТР-синтазы и его инкубации с C4R1 с последующим электрофорезом, флуоресцентное пятно было сосредоточено в области, соответствующей α или β субъединице АТР-синтазы. Флуоресцирующее пятно было вырезано из электрофореграммы и подвержено масс спектрометрическому анализу, который подтвердил, что этот компонент - β-субъединица митохондриальной АТР-синтазы. Используя молекулярный докинг, была построена модель связывания C4R1, указавшая на место его связывания с АТР-синтазой на границе раздела между ее α- и β-субъединицами, близкое к анионным аминокислотным остаткам β-субъединицы. В рамках изучения митохондриальной гетерогенности и структурно-функционального разнообразия мы анализировали трехмерную организацию митохондрий, которая из протяженных структур при внешнем воздействии рассыпается на фрагменты разной структуры и функций. Мы аргументировали, что объединение в общий митохондриальный ретикулум позволяет обеспечить создание единой энергетической системы, организованной в виде протяженных митохондриальных кабелей, которые могут адекватно обеспечивать энергией все клеточные компартменты. Учитывая термодинамическое равновесие между митохондриальным трансмембранным потенциалом и степенью восстановленности восстановительных эквивалентов в виде NAD(P)Н и GSH, мы постулируем, что, кроме доставки электрической формы энергии в отделы клетки, митохондриальный ретикулум может обеспечить равномерное распределение как электрического потенциала, так и редокс потенциала и рН по клетке, и именно их стабильность является гарантом сохранения нормального фенотипа клетки. Мы делаем вывод о том, что структурные особенности ретикулярных и митохондриальных структур отражают адаптивные перестройки, нацеленные на повышение толерантности клеточной системы к воздействиям, прежде всего к гипоксии и к эндогенным и экзогенным токсинам. Эти предположения укладываются в концепцию гормезиса, то есть привыкания к ядам и вредным воздействиям, которые могут менять структуру и функцию митохондриома и его связь с другими элементами клетки. Известно, что митофагия призвана устранять нефункциональные или поврежденные митохондрии, и снижение эффективности или неправильное функционирование этого процесса приводит к образованию так называемого патологического фенотипа. Понимая важное значение дисбаланса между степенью повреждения митохондрий и скоростью их утилизации, что автоматически приведет к накоплении в клетке поврежденных органелл и невозможности выполнения ими внутриклеточных функций, мы проанализировали протекание некоторых парциальных реакций аутофагии/митофагии, сосредоточив свое внимание на адаптерном белке SQSTM1/p62. Известно, что он играет важную роль в протекании ряда сигнальных путей, и имеются данные о его участии в различных возрастных патологиях, прежде всего затрагивающих скелетные мышцы. Было обнаружено, что ограничение питания животных на 35% привело к снижению в митохондриях мышц продуктов перекисного окисления липидов, сопровождающих процесс старения. Тем самым мы продемонстрировали вызванную ограничением питания активацию митофагии с недопущением окислительной модификации митохондриальных мембран, что способствует нормальному функционированию митохондрий. На уровне митохондриальной ДНК мы обнаружили ряд изменений, ассоциированных с возрастом, а именно в генах cox1, cox2, atp8 и atp6, причем эти изменения были менее выражены при ограничении питания животных. В очередной раз мы подтверждаем возможную терапевтическую роль ограничения питания и/или калорийности питания на протекание большого ряда патологических процессов, включая старение. С целью предоставления стратегии борьбы с раковыми заболеваниями на основе митохондриальных знаний мы детально проанализировали характеристики анаэробного энергетического метаболизма раковых клеток, которые имеют место в гипоксических солидных опухолях. Конечной целью было использование этих характеристик в качестве мишеней борьбы с опухолевыми клетками. Одной из таких мишеней может быть фумарат редуктазная активность, которая должна быть подавлена, чтобы полностью исключить поступление в раковую клетку энергии, образуемой митохондриями. Другой митохондриальной мишенью может быть транспортный белок TSPO (также имеющий название периферический, или митохондриальный бензодиазепиновый рецептор), экспрессия которого находится на очень высоком уровне в агрессивных опухолях. Третьей мишенью могут быть элементы механизма специфического заякоривания в опухолевых клетках некоторых гидрофобных катионов.

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".