Образование и трансформация природных геомолекул планетарного значения: грибная лакказа как биокатализатор гумификации от древних почв до современной биосферыНИР

Synthesis and transformation of natural geomolecules of planetary scale: laccase as humification biocatalyst from ancient soils to modern biosphere

Источник финансирования НИР

грант РНФ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 30 апреля 2017 г.-31 декабря 2017 г. Экспериментальное обоснование роли лакказы в гумификации - определение активности в природных объектах и потенциала к модификации высокомолекулярных фракций почвенных гуминовых кислот
Результаты этапа: Целью отчетного этапа исследований было экспериментальное обоснование роли лакказы в гумификации - определение активности фермента в природных объектах и потенциала к модификации почвенных гуминовых кислот. В результате проведенных работ получены данные об активности лакказы по сравнению с пероксидазами в типичных почвах горных тундр Севера европейской части России, почвах северной и южной тайги и лесостепи. Установлено, что активность и лакказ и пероксидаз максимальна в подстилках и снижается вниз по профилю, коррелируя с содержанием органического углерода. Активность лакказ в большинстве образцов почв была в 2-10 раз выше активности пероксидаз. Полученные данные позволяют судить о важной роли лакказ в окислительных процессах в почвах. Данные о природных величинах активности будут использованы в модельных экспериментах по синтезу гуминовых кислот на следующих этапах исследований. Проведены работы по изучению условий продукции лакказы и потенциала к деструкции гуминовых кислот у почвенных аскомицетов и базидиомицетов. В ходе работы с почвенными аскомицетами проведен поиск продуцентов лакказ в почвах зонального ряда путем посева материала водных вытяжек на агаризованную среду, содержащую субстрат лакказ – АБТС. Проведены видовая идентификация и оценка численности грибов в профилях почв. Установлено, что численность микромицетов была наибольшей в слое 0-10 см и снижалась вниз по профилю, коррелируя с содержанием углерода и активностью лакказ. Подстилка и гумусовые горизонты почв отличались большим видовым разнообразием по сравнению с нижележащими горизонтами, а луговые биоценозы - большим разнообразием, чем лесные. Численность грибов, окисляющих АБТС, составляла значительную часть от общей численности микромицетов в верхнем (0-10 см) слое почв. Наиболее часто встречаются и широко распространены в изученных почвах Acremonium (Gliomastix) murorum (Corda) W. Gams, Oidiodendron griseum Robak и Isaria fumosorosea Wize. Изучены условия продукции лакказы и взаимосвязь с деструкцией ГК у 9 штаммов. Установлено, что присутствие индукторов, в том числе ГК, не влияет на внеклеточную продукцию лакказы у изученных аскомицетов. Лакказы у аскомицетов оказались в основном конститутивные, продукция лакказы в жидкой среде выявлена только у Botritis cinerea (слабая и только без индукторов и ГК) и у А.murorum Z1710. Этот гриб одинаково активно продуцировал лакказу как без индукторов, так и в присутствии ГК. Установлено обесцвечивание ГК некоторыми штаммами микромицетов как на агаризованной, так и в жидкой среде. Однако, оно не всегда коррелировало с продукцией лакказы. Например, грибы Cladosporium allicinum Z1708, Isaria fumosorosea Z1709 и I. fumosorosea Z1704 обесцвечивали ГК в жидкой среде на 81%, 67% и 54% соответственно, но не продуцировали лакказу. Несмотря на самую высокую продукцию лакказы в жидкой среде, гриб А.murorum Z1710 обесцвечивал ГК в меньшей степени (43%), чем B.cinerea (62%), у которого продукция лакказы была незначительной. Тем не менее, впервые установлена однозначная корреляция между продукцией лакказы в жидкую среду и деструкцией ГК у представителя почвенных аскомицетов – гриба A. murorum. Роль лакказы и других окислительных систем микромицетов в деструкции ГК требует дальнейшего изучения. В ходе работы с почвенными базидиомицетами проведен поиск эффективных продуцентов окислительных ферментов (лакказа, пероксидазы) среди грибов, полученных из Всероссийской коллекции микроорганизмов. Обнаружено, что самыми активными продуцентами лакказы являются грибы Coprinus comatus F-2940 и Stropharia rugosoannulata F-3134, при этом самым эффективным индуктором фермента являлись ионы меди в концентрации 0.5 мМ. Дополнительно к продукции лакказы гриб S. rugosoannulata так же продуцировал Mn-пероксидазу в лигнинолитических условиях (рост в условиях голодания культуры по азоту, наличие в среде культивирования иоинов Mn2+). Впервые изучен относительный вклад целлюлолитических и окислительных ферментов в деструкцию ГВ почвенными базидиомицетами C. comatus и S. rugosoannulata в условиях их роста на целлюлозе и глюкозе. В ходе роста на средах, содержащих целлюлозу в качестве источника углерода, грибы проявляли высокую целлюлазную и целлобиозо дегидрогеназную (ЦДГ) активности. Обнаружено, что трансформация ГК зависит от условий культивирования грибов. В условиях продукции грибами лакказы на среде с глюкозой наблюдалась деполимеризация ГК в культурах обоих грибов, при этом в ходе роста грибов в целлюлолитических условиях деполимеризация ГК лакказой происходила в меньшей степени. Для установления роли ферментов в трансформации ГК исследована реакция деполимеризации ГК культуральной жидкостью грибов, выращенных в целлюлолитических условиях и обладающей целлюлазной, лакказной и ЦДГ активностью. Активности отдельных ферментов ингибировали. В результате установлено, что гидролитические ферменты (целлюлазы, гемицеллюлазы) не трансформируют ГК. Установлена ключевая роль лакказы в деполимеризации ГК. Наблюдаемое в целлюлолитических условиях снижение деполимеризации ГК лакказой было вызвано активностью ЦДГ, которая восстанавливает окисленные ГК в нативное состояние в ходе окисления целлобиозы. Аналогично лакказе, в лигнинолитических условиях ключевым ферментом, отвечающим за трансформацию ГК, являлась Mn-пероксидаза. Под воздействием Mn-пероксидазы ГК также подвергались деполимеризации, но, в целлюлолитических условиях, деполимеризация была снижена, что так же обуславливалось активностью ЦДГ. Таким образом, установлена ведущая роль окислительных ферментов в деструкции ГВ и доказана роль лакказ почвенных базидиомицетов в этом процессе. Установлено, что почвенные ГК вне связи с минеральной матрицей неустойчивы к действию окислительных ферментов. Их деполимеризация в присутствие лакказ и Мn-зависимой пероксидазы, т.е. ферментов, действующих на ковалентные связи фенольных субстратов, доказывает важную роль С-С связей в формировании макромолекулярной структуры гумусовых веществ. Дополнительно к запланированным работам изучено взаимодействие с ГК двухдоменной лакказой (2д лакказой), широко распространённой среди почвенных бактерий и считающейся эволюционным предшественником грибных лакказ. Была получена рекомбинантная 2д лакказа бактерии Streptomyces anulatus VKM Ac-728, которую очистили до электрофоретически гомогенного сотояния и провели реакцию с ГК при оптимальном значении рН 9.0. Обнаружено, что 2д лакказа способна полимеризовать ГК - как её высокомолекулярную фракцию, так и низкомолекулярную. Такое свойство 2д лакказы указывает на широкий адаптивный потенциал бактерий рода Streptomyces, а также на то, что в эволюционном плане бактерии раньше грибов начали трансформировать ГК. Проведен обзор трехмерных структур лакказ, депонированных в базе PDB. Так как нами была обнаружена активность 2д лакказ в отношении ГК, обзор проводился как для структур трёхдоменных лакказ грибов (3д лакказы), так и 2д лакказ. Показано, что активный центр 3д и 2д лакказ построен аналогичным способом – состоит из Т1 и Т2/Т3 медьсодержащих центров. Связывание субстратов происходит возле Т1 медьсодержащего центра. Восстановление кислорода происходит в Т2/Т3 медьсодержащем центре. Доступ кислорода к функциональному центру осуществляется по Т3-каналу, а перенос протонов идёт по Т2-каналу. С поверхности молекулы фермента к Т2/Т3 центру проходят внутримолекулярные каналы, по которым в активный центр попадает кислород и удаляется продукт реакции – вода. Обнаружено, что внутримолекулярные каналы 3д лакказ и 2д лакказ существенно различаются. У 3д лакказ каналы широкие, у 2д лакказ каналы менее доступные, поскольку прикрыты боковыми группами некоторых аминокислотных остатков. Разница строения внутримолекулярных каналов, вероятно, объясняет различия каталитических свойств 2д и 3д лакказ. Показано, что в настоящее время не описано структур как 3д, так и 2д лакказ с полифенольными соединениями, описано очень мало структур фермент-субстратных комплексов лакказы. Тем не менее, на основании существующих структур возможно построение моделей взаимодействия лакказ с ГВ. Проведен анализ последовательностей генов, кодирующих лакказы. В результате были определены консервативные медьсвязывающие участки генов лакказы различных организмов. На основании обнаруженных участков генов был разработан набор праймеров, и проведена ПЦР с тотальной ДНК из таллома лишайников. Была разработана методика, обеспечивающая получение ДНК из талломов необходимого для ПЦР качества, что оказалось нетривиальной задачей. На основании анализа количества генов рРНК в тотальной ДНК было обнаружено, что в полученных препаратах ДНК присутствует как ДНК цианобионта, так и микобионта лишайника. Для оценки количества специфической ДНК в препаратах тотальной ДНК талломов использован метод полуколичественного ПЦР со специфическими праймерами к генам рибосомальной РНК(рРНК) цианобактерий и микобионтов. Обнаружено, что в полученных препаратах тотальной ДНК талломов содержание ДНК микобионтов составляет около 10%, что достаточно для дальнейшей работы. Проведена ПЦР для участков генов лакказы 9 лишайников порядка Peltigerales. Получены и клонированы продукты ПЦР. Первичные результаты показали, что в талломах лишайников содержится несколько генов лакказы, кодирующих разные формы фермента. Изучены параметры удерживания модельных минеральных фаз во вращающихся спиральных колонках (ВСК) и микроколонках, которые мы считаем перспективными системами для изучения процессов гетерогенного синтеза гуминовых веществ в динамических условиях. В связи с техническими трудностями удерживания образцов глин в ВСК, для моделирования реакций гумификации выбраны проточные микроколонки. Проведена иммобилизация лакказы базидиомицета Cerrena unicolor (фермент был наработан и очищен до электрофоретически гомогенного состояния) на немодифицированном каолините и каолините, на котором был осажден гидроксид алюминия. Установлено, что активность лакказы лучше сохранялась на каолините-Al(OH)х, и этот носитель был выбран для дальнейших исследований. Проведена оценка эффективности проточных колонок для изучения процессов сорбции предшественников гуминовых веществ минеральной фазой. Изучена сорбция модифицированным каолинитом смеси фенольных кислот – галловой, протокатеховой, п-оксибензойной, ванилиновой, сиреневой и феруловой в проточном режиме (эта работа была запланирована на второй год исследований). Параллельно проводили сорбцию в традиционных статических условиях, используя различные концентрации раствора смеси кислот. Установлено, что сорбция галловой и протокатеховой кислот, содержащих ОН-группы в орто-положении, на порядок превышает сорбцию п-оксибензойной кислоты и метоксилированных кислот – ванилиновой, сиреневой и феруловой. Изучение сорбции в динамическом (проточном) режиме дало уникальную возможность показать конкуренцию кислот за центры связывания на каолините-Al(OH)х. Сорбирующаяся галловая кислота вытесняла остальные кислоты, которые переходили в раствор в следующем порядке п-оксибензойная > ванилиновая > сиреневая >> феруловая > протокатеховая. Установленные закономерности сорбции свидетельствуют о важной роли орто-замещенных гидроксибензойных кислот в формировании состава органического вещества почв, тогда как п-оксибензойная, ванилиновая и сиреневая кислоты имеют большее значение для формирования состава почвенных растворов и природных вод. Результаты эксперимента планируется учитывать при выборе соединений-предшественников гуминовых кислот в экспериментах по моделированию синтеза ГВ. Таким образом, все работы, запланированные на 2017 год, выполнены в полном объеме. Все намеченные результаты достигнуты. Помимо этого, проведен ряд дополнительных исследований. В частности, изучено взаимодействие ГК 2д лакказой, которая, как было показано, способна полимеризовать как высокомолекулярную, так и низкомолекулярную фракцию ГК. В динамическом режиме изучена конкурентная сорбция смеси фенольных кислот модифицированным каолинитом.
2 1 января 2018 г.-31 декабря 2018 г. Развитие концепции гетерогенного биокатализа в гумусообразования и изучение роли лакказы свободноживущих грибов в формировании и модификации макромолекулярной структуры гумусовых веществ in vivo
Результаты этапа: Темноокрашенные аморфные продукты деструкции органических остатков (гуминовые вещества) относятся к самым распространенным геомолекулам в биосфере, процесс их образования второй по масштабу в цикле углерода после фотосинтеза, а накопление в почвах приводит к формированию пула органического углерода, втрое превышающего таковой в биомассе. При этом, молекулярная структура, биохимическая устойчивость и время появления в биосфере ГВ остаются невыясненными. За отчетный период решены три крупные задачи: 1) установлено отсутствие модифицирующего влияния кислорода на молекулярно-массовые распределения и структурно-функциональные свойства ГВ, экстрагируемых из почв щелочными растворителями; 2) установлена важная роль лакказ почвенных грибов и бактерий в формировании и модификации макромолекулярной структуры гуминовых веществ (ГВ) in vitro. При этом, выбор продуцентов, эволюционировавших в ранние эпохи – микроскопических грибов, лишайников и бактерий, позволил проследить роль лакказы в гумификации в геологическом масштабе времени; 3) на основе изучения процессов сорбции и окислительной трансформации фенольных кислот на каталитически активной минеральной фазе в динамическом режиме, имитирующем почвенные условия, обоснованы ограничения концепции гетерофазного биокатализа в гумусообразовании, предложенной авторами проекта. Проведено сравнение физико-химических свойств препаратов ГК, выделенных из почв 0.1 M NaOH с продувкой инертным газом (аргоном) и без его использования. Изучали ГК из горизонтов A1 двух контрастных по условиям гумусообразования типов почв – дерново-подзолистой и чернозема, являющихся зональными почвами южной тайги и степи. Проводили сравнение препаративного выхода гуминовых веществ (по Сорг), элементного, структурно-группового, функционально-группового и молекулярно-массового состава ГК, парамагнитных свойств, а также спектров поглощения в видимой, ультрафиолетовой и ИК областях. Для обеих изученных почв установлено отсутствие статистически значимых различий в количественном выходе, молекулярно-массовом распределении, спектрах поглощения в УФ, видимой и ИК областях между препаратами ГК, выделенными щелочной экстракцией в атмосфере аргона и без его использования. В то же время элементный анализ, потенциометрическое титрование, спектроскопия ЯМР на ядрах 1H и 13С и электронный парамагнитный резонанс (ЭПР) выявили, соответственно, более высокие отношения O:C, более высокое содержание хинонных и карбоксильных групп и существенно большее содержание свободных радикалов в препарате ГКД, выделенном без аргона, что может свидетельствовать о процессах окисления компонентов щелочной вытяжки из дерново-подзолистой почвы при экстракции в присутствии молекулярного кислорода. В ГКЧ указанных отличий не найдено, что может свидетельствовать о глубокой окислительной трансформации соединений органических остатков в процессе их гумификации в черноземах. В результате, щелочные условия и присутствие молекулярного кислорода не вызывают дальнейшего окисления ГК. Были выделены и очищены до электрофоретически гомогенного состояния лакказы почвенного микромицета Botritis cinerea, двухкомпонентных лишайников Peltigera canina и P.rufescens. Проведена реакция с гуминовыми кислотами при рН 4.5. Установлено, что ферменты этих продуцентов полимеризовали ГК. Изучена трансформация ГК эволюционно древней формой лакказы – двухдоменной лакказой бактерий. Получены электрофоретически гомогенные препараты рекомбинантной 2D лакказы распространенных в почвах бактерий рода Streptomyces, изучены их свойства. 2 D лакказы отличаются от грибных лакказ - обладают высокой термостабильностью (активность сохраняется при 90оС) и щелочным оптимумом (рН 8.5-8.9) при окислении фенольных субстратов. Установлено, что препараты 2D лакказ полимеризовали ГК дерново-подзолистой почвы, чернозёма, а также их высоко- и низкомолекулярные фракции, полученные высаливанием. Таким образом, установлено, что в щелочных условиях реакция трансформации ГК сдвинута в сторону полимеризации. В отсутствие лакказы полимеризацию ГК не наблюдали, что указывает на ведущую роль окислительных биокаталитических реакций в синтезе ГК. В рамках развития концепции гетерофазного биокатализа определены условия иммобилизации лакказ базидиомицета белой гнили L.tigrinus, подстилочного базидиомицета С.comatus и лишайника S.crocea на глинистых минералах, определены условия функционирования лакказ. Установлено, что при рН 4.5 фермент быстро, полностью и практически необратимо cорбируется минералами. Установлено, что каолинит, модифицированный аморфной гидроокисью алюминия, обладает наибольшей емкостью поглощения по отношению к лакказе, при этом активность лакказы сохраняется на 50-90%. Установлено, что при сорбции лакказа достаточно долго сохраняет активность. На основе изучения процессов конкурентной сорбции и окислительной трансформации фенольных кислот на модифицированном каолините в проточном режиме в присутствие и отсутствие иммобилизованной лакказы C.comatus, определены условия сорбции кислот и обоснованы ограничения концепции гетерофазного биокатализа в гумусообразовании. Установлено, что присутствие распространенных в почвах конкурирующих ионов, таких, как ацетат-ион, резко снижает сорбцию всех кислот минералом. Сорбция галловой и протокатеховой кислот почти на порядок превышала таковую остальных кислот, что предполагает селективность сорбции и важную роль ортозамещенных кислот в формировании пула стабильного углерода в почвах. Наличие инактивированной лакказы уменьшает количество доступных для связывания кислот активных центров приблизительно на 30-40%. Активная лакказа повышала сорбцию галловой, протокатеховой и сиреневой кислот. Установлено, что эти соединения быстро окисляются лакказой, что предполагает их первоочередную роль в гумификации. Таким образом, установлено отсутствие модифицирующего влияния кислорода на молекулярно-массовый и структурно-групповой состав ГК, выделенных из двух контрастных по условиям гумусообразования типов почв – яернозема и дерново-подзолистой почвы. Поэтому можно считать, что высокомолекулярные фракции ГК в щелочных экстрактах из почв не являются артефактом экстракции. Показано, что лакказа может принимать участие в синтезе ГВ как при кислых значениях рН (лакказа микромицетов и лишайников), так и в щелочной области рН (двухдоменная бактериальная лакказа). Результаты имеют первостепенное значение для понимания процесса гумификации как в эволюционном аспекте, так и в почвах с разными значениями рН. Факт полимеризации ГК в присутствие лакказ доказывает важную роль окислительных реакций в формировании структуры ГК, роль вторичных реакций конденсации (ныне отрицающихся) в образовании ГК. Показано, что вне связи с минеральной матрицей ГК неустойчивы к действию окислительных ферментов, что подтверждает концепцию о ведущей роли органо-минеральных взаимодействий в стабилизации органического углерода в почвах. Установлено, что в условиях динамического эксперимента (промывном режиме) и при низких концентрациях кислот (1 мМ) не происходит образования полимерных продуктов в гетерофазном биокатализе. Полимеризация скорее всего возможна в застойных статических условиях, как было показано нами ранее. Роль реакций гетерогенного биокатализа в синтезе ГВ требует дальнейшего изучения.
3 1 января 2019 г.-31 декабря 2019 г. Изучение реакционной способности лакказ лишайников в отношении фенольных субстратов, изучение свойств лакказ, их структуры и происхождения.
Результаты этапа: Название этапа было изменено, в связи со скорректированным планом работ 3 этап (2019 год). Изучение трехмерной структуры лакказ грибов и бактерий, моделирование реакций с фенольными соединениями и гуминовыми веществами, получение рекомбинантных лакказ лишайников, установление роли лакказ лишайников в гумусообразовании. Установление роли гетерофазных реакций в гумификации. В соответствии с планом работы на 2019 год решены следующие крупные задачи и получены соответствующие результаты: 1) на основе построения трехмерных структур лакказ и моделирования in silico установлены механизмы взаимодействия ГК с лакказами различных продуцентов, позволяющие судить о размере компонентов ГК, участвующих в реакциях с лакказой. Изучение двухдоменной лакказы бактерий, как наиболее древней формы фермента, позволило экстраполировать данные на геологический отрезок времени; 2) впервые проведено полногеномное секвенирование талломов двух лишайников порядка Peltigerales, обнаружено, что гены лишайников эволюционно далеко отстоят от генов лакказ наиболее близких грибов-аскомицетов и эволюционировали независимо; 3) установлено, что интактные талломы лишайников не способны к деструкции ГК, однако активно поглощают меченые соединения глюкозу и глицин, что свидетельствует о возможности органотрофного питания у этих автотрофных организмов; 4) впервые установлена модифицирующая в отношении продуктов реакции роль клеточных стенок грибов при окислении лакказой низкомолекулярных фенольных соединений, что существенно расширяет представления о метаболизме этих соединений грибами; 5) на основе изучения окислительной трансформации фенольных кислот в присутствии связанной с каолинитом лакказы в динамическом промывном режиме и при почвенных концентрациях мономеров установлено, что в этих условиях не происходит образования полимерных фракций, характерных для щелочных экстрактов из почв. Обоснованы ограничения для конденсационных процессов синтеза ГК в почвах. На основе рентгеноструктурного анализа кристаллов, полученных на этапе 2 исследований, с высоким разрешением (1,8 А, 2 А и 1,7 А соответственно) решены и описаны трехмерные структуры двухдоменных бактериальных лакказ из Streptomyces puniceus Ac-579 и S. griseoflavus Ac-993, а так же трёхдоменной лакказы базидиомицета Cerrena unicolor. Исходя из анализа размеров и окружения Т1 медьсодержащего центра двухдоменных и трёхдоменных лакказ, отвечающего за первичное окисление субстрата, проведено моделирование взаимодействия двухдоменной и трёхдоменной лакказы с гуминовыми кислотами in silico, Показано, что у обоих типов лакказы окружение Т1 центра устроено схожим образом, и позволяет им взаимодействовать с субстратами при условном диаметре молекулы 10 Å. При этом, окружение Т2/Т3 центра, размер каналов, ведущих с поверхности молекулы к этому центру, и их окружение у двухдоменных и трёхдоменных молекул кардинально отличаются. У двухдоменных лакказ каналы более узкие и формируются аминокислотами с отрицательными зарядами. Такая структура каналов определяет способность двухдоменных лакказ катализировать окисление фенольных субстратов при щелочных значениях рН и их устойчивость к ингибиторам, так как гидроксид ионам и ингибиторам сложнее проникнуть к Т2/Т3 медьсодержащему центру. Средний размер молекул гуминовых и фульвокислот, определенный по радиусам вращения при рН 3.5-7.0 составляет от 17-19 А до 60-100 А (Stevenson, 1994). Однако, нами показано, что как трёхдоменные, так и двухдоменные лакказы способны окислять высокомолекулярную и низкомолекулярную фракции ГК. Видимо, в ГК существуют структуры, размер которых меньше указанного. Таким образом, на основании анализа окружения T1 центра обеих типов установлен размер компонентов ГК (не более 10 А), которые могут подходить к этому центру и непосредственно с ним взаимодействовать. За счёт окисления этих компонентов происходит трансформация ГК лакказами. Трансформация (деградация) компонентов ГК размером > 10 А, происходит, видимо, за счет активных форм кислорода, генерируемых лакказами в гидрохинон редокс цикле. Для полного определения последовательности всех генов лакказы, содержащихся в геноме лишайников впервые проведено секвенирование тотальной геномной ДНК, выделенной из талломов двух лишайников P.canina и S.crocea по технологии «illumina». В результате получено около 2Gb первичных данных для каждого препарата ДНК. Восемь последовательностей клонированных на 2 этапе исследований генов лакказ использованы для поиска генов лакказ в полученных последовательностях. В результате, для образца тотальной ДНК P. canina обнаружены четыре, а для образца из S. crocea - два контига, имеющих участки с высокой степенью идентичности с клонированными ранее последовательностями лакказ. Гены лакказ лишайников не содержат особых гидрофобных последовательностей, отвечающих за связывание с мембраной, при этом известно, что большая часть лакказ в лишайниках связана с клеточной стенкой. Взаимодействие лакказы с мембранами происходит, видимо, за счёт низкомолекулярных алифатических соединений, связанных с лакказой (установлено в ходе работ на этапе 2) и превращающих мономерные лакказы в гетеромеры. Поиск гомологов клонированных генов лакказ позволил выявить лакказы с наиболее высокими показателями идентичности (51-56%) аминокислотных последовательностей, принадлежащих представителям родов Glonium, Fusarium, Hypoxylon, Microdochium и Metarhizium. Все представители данных родов значительно филогенетически удалены от лишайников порядка пельтигеровых. Эволюционный анализ показал, что филогенетическое расстояние между генами лакказ представителей семейства пельтигеровых, к которому относятся P. canina и S.crocea, меньше чем филогенетическое расстояние между ними и генами лакказ свободноживущих грибов. Наиболее близкие филогенетические кластеры формировали гены лакказ из различных лишайников, а не из одного и того же таллома. Это может указывать на наличие способности каждого штамма лишайника синтезировать несколько белков лакказ, по-видимому, обладающих различной специфичностью и свойствами. Проведены реакции интактного таллома Peltigera canina c мечеными по 13С глюкозой и глицином, а также синтезированными из них и фенольных соединений гуминовыми кислотами. Установлен активный транспорт глюкозы и глицина талломами P.canina и включение этих соединений в биомассу, что подтверждает исследования других авторов и свидетельствует о возможности органотрофного питания у лишайников. Однако, деградации высокомолекулярных соединений (ГК) и включения связанных с ними меченых низкомолекулярных веществ в биомассу не установлено. ГК сорбировались на клеточных стенках в области “жилок”, с которыми у лишайников ассоциированы лакказы. Установлено потемнение жилок с сорбированными ГК, что может свидетельствовать о полимеризующей функции лакказ, препятствующей проникновению низкомолекулярных компонентов ГК в таллом, как это предложено для лакказ дереворазрушающих грибов. Таким образом, установлено, что лакказы в лишайниках принимают участие скорее в синтезе ГК, чем в деструкции. В рамках исследований, направленных на установление роли гетерофазного биокатализа в гумификации, изучена трансформации ГК из дерново-подзолистой почвы лакказой, связанной с мицелием гриба C.unicolor. Установлено, что в ходе реакции не происходит изменения в молекулярной массе ГК как связанной с мицелием, так и в жидкой фазе реакционной смеси. Однако, при внесении в смесь лакказы этого гриба установлена полимеризация ГК - как фракции, связанной с мицелием, так и фракции, с мицелием не связанной. Таким образом, установлено, что связанные с клеточной стенкой лакказы слабо трансформируют ГК, в отличие от несвязанного фермента. Изучено влияние мицелия гриба С.unicolor на полимеризацию низкомолекулярных фенольных соединений на примере реакции лакказы с феруловой кислотой. Установлено, что первичными продуктами окисления феруловой кислоты лакказой без мицелия являются 5 диферуловых кислот, которые далее полимеризуются до водонерастворимого соединения. В присутствии мицелия феруловая кислота и продукты ее окисления сразу сорбируются на мицелии. Среди продуктов реакции диферуловые кислоты составляют 3-5% от количества, обнаруживаемого в реакционной смеси без мицелия, так же не происходит полимеризации феруловой кислоты. В качестве главного продукта реакции с помощью 1Н,13С-ЯМР идентифицирован продукт димеризации 3-метокси4-гидроксифенилэтинил-фурил-2окси-3-метокси4-гидроксифенил (МГФ). Таким образом, нами впервые установлено, что мицелий препятствует полимеризации фенольных соединений лакказой и направляет реакцию по пути образования продуктов, отличных от реакции без мицелия. Конкретный механизм данной реакции требует дальнейшего изучения. Изучена трансформация фенольных кислот лакказой, иммобилизованной на каолините, модифицированном гидроксидом алюминия, в условиях проточной колонки при разных количествах/активности фермента, скоростях потока и при почвенных концентрациях мономеров (0.01 мМ). Также проведены реакции фенольных кислот с лакказой в статических условиях с минералом и без для установления влияния минерала на скорость трансформации фенольных кислот. Установлено, что в присутствии лакказы существенно возрастало количество связанных с минералом галловой, феруловой и сиреневой кислот – соединений, наиболее активно окисляемых ферментом. В присутствии минерала скорость трансформации этих соединений (убыль исходных веществ) возрастала в 2 раза по сравнению с гомогенными системами (без минерала). Таким образом, установлено, что гетерогенные окислительные реакции являются важным фактором секвестрации ароматического углерода в почвах. Для изучения молекулярной массы продуктов гетерогенного биокатализа, сорбированных на минерале, на данном этапе исследований использовали их экстракцию 0.1 М HCl, т.к. ранее нами установлено, что 95% кислот, сорбируемых модифицированным каолинитом, связывается с гидроксидом алюминия, которым растворим при рН<2. Экстракция кислотой позволяет избежать артефактов, связанных с традиционной щелочной экстракцией. В результате анализа молекулярной массы веществ, связанных с минералом, не обнаружено полимеров, характерных для щелочных экстрактов из почв, и образующихся в условиях статического гетерогенного биокатализа при высоких концентрациях мономеров. Однако, с большой долей вероятности можно говорить о реакциях димеризации. На основе проведенных работ нами установлены ограничения для протекания конденсационных процессов гумификации в почвах. Такими ограничениями являются низкие концентрации фенольных субстратов и малое время их взаимодействия с ферментом в проточных условиях.

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".