Генетическая структура видов и видовых комплексов степных растений флоры Северной Евразии в географическом и таксономическом контекстеНИР

Источник финансирования НИР

грант РФФИ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 1 января 2014 г.-31 декабря 2014 г. Генетическая структура видов и видовых комплексов степных растений флоры Северной Евразии в географическом и таксономическом контексте
Результаты этапа: Полученные в 2014 году важнейшие результаты По роду лядвенец - Lotus (семейство бобовые). Анализ хлоропластного участка ДНК trnL-trnF. Последовательность участка хпДНК trnL-trnF изучена у 57 образцов секции Lotus рода Lotus. Материал собран в 23 локальных популяциях на территории России, Украины, Венгрии, Казахстана и Туркмении. Изученные образцы относятся к семи видам комплекса Lotus corniculatus, из которых Lotus tenuis Waldst. et Kit. ex Willd., L. corniculatus L., L. x ucrainicus Klokov, L. stepposus Kramina и L. borbasii Ujhelyi имеют преимущественно европейское, а L. frondosus (Freyn) Kuprian. и L. krylovii Schischk. et Serg. – преимущественно азиатское распространение. Виды L. angustissimus L. и L. uliginosus Schkuhr из той же секции, но других видовых комплексов выбраны в качестве внешней группы. Длина выравнивания составила 812 п.о. Общее число варьирующих сайтов 64. Изученные последовательности trnL-trnF относятся к 18 гаплотипам. Анализ в программе TCS выявил две отдельные сети гаплотипов. Первую из них составили 16 гаплотипов, характерных для группы Lotus corniculatus и отличающихся между собой мононуклеотидными заменами и инделями и одной инверсией GC-CG. Гаплотипы L. angustissimus и L. uliginosus образуют отдельную сеть, отличающуюся от сети группы Lotus corniculatus четырьмя длинными инделями (4, 6, 10 и 14 п.о.). У каждого из изученных видов комплекса Lotus corniculatus обнаружены как уникальные гаплотипы, так и гаплотипы, которые он разделяет с одним или несколькими другими видами. Отметим, что такие разделенные гаплотипы встречаются чаще, чем уникальные. Однако, если рассматривать только диплоидные виды, то у них преобладают уникальные гаплотипы, а разделенные встречаются очень редко. Центральное положение в сети гаплотипов комплекса Lotus corniculatus занимают гаплотипы видов преимущественно европейского распространения. Самый широко распространенный гаплотип A разделяют виды L. tenuis, L. corniculatus, L. x ucrainicus и L. borbasii. От него происходят ряд близких гаплотипов, встречающихся у этих же видов. Восточноевропейский вид степной зоны L. stepposus характеризуется несколькими своеобразными гаплотипами, возникшими независимо, следовательно, он полифилетичен по материнской линии. Общие для L. stepposus и L. ? ucrainicus гаплотипы С и D являются концевыми в сети и находятся в зоне симпатрии, что свидетельствует в пользу недавней гибридизации этих видов. Наиболее своеобразны гаплотипы преимущественно азиатских видов L. frondosus и L. krylovii. Общий внутренний гаплотип M, характерный для них, обнаружен в географически сильно удаленных популяциях, что может говорить о неполной сортировке линий, т.е. остатках исходного полиморфизма. Анализ варьирования участка trnL-trnF позволяет предположить, что при формировании комплекса Lotus corniculatus и отделении его от общего предкового ствола секции Lotus в изученной последовательности произошла утрата трех участков ДНК (4, 6 и 10 нуклеотидов) и вставка участка в 14 нуклеотидов. Этот видовой комплекс отделился от гипотетического общего предка раньше, чем произошло разделение групп Lotus angustissimus и Lotus uliginosus. На дальнейшую эволюцию группы Lotus corniculatus оказали влияние как постепенное расселение на север и восток, так и происходящие между отдельными линиями процессы гибридизации. Микросателлитный анализ. Протестированы 17 микросателлитных локусов по роду Lotus: TM0181, TM0113, TM0065, TM0076, TM0257, TM0002, TM0035, TM0127, TM0256, TM0030, TM0095, TM0186, TM0082, TM0014, TM0139, TM0055 (Kai et al. 2010). Отобраны восемь локусов (TM0113, TM0035, TM0127, TM0030, TM0186, TM0014, TM0139, TM0055), маркирующих каждую из шести хромосом набора секции Lotus с основным числом х=6 и диплоидным (2n=2x=12) и/или тетраплоидным (2n=4x=24) хромосомным набором. Отобранные локусы показали наиболее эффективное прохождение ПЦР и отличались наибольшей информативностивностью. По этим локусам был проанализирован аллельный состав 8-16 особей 30 популяций (всего 256 образцов) шести видов Lotus: диплоидных Lotus tenuis, L. frondosus, L. krylovii, L. stepposus, тетраплоидных L. x ucrainicus и L. corniculatus. Территория исследования примерно соответствовала таковой из предыдущего анализа, при этом в 16 популяциях проведены оба анализа (trnL-trnF и микросателлитный). По результатам обработки микросателлитных данных в программе Arlequin показано, что между подавляющим большинством исследованных популяций имеются статистически достоверные отличия в частотах аллелей, что свидетельствует об их генетической обособленности. Анализ молекулярной изменчивости (AMOVA) показал, что наибольшую долю изменчивости составляет внутрипопуляционная (77,35%), однако доля межвидовой изменчивости тоже значительна (13,05%) и превышает межпопуляционную в пределах каждого вида (9,61%). Показатель среднего генного разнообразия по всем изученным локусам значительно варьирует между видами и ниже у диплоидных, чем у тетраплоидных видов. Минимальные значения этого показателя характерны для диплоидных видов L. frondosus (0,11-0,26, кроме популяции из Туркмении, где он 0,47) и L. krylovii (0,24-0,39). У диплоидных видов L. tenuis и L.stepposus он выше (0,60 и 0,44-0,71, соответственно), а у тетраплоидных видов он наибольший: 0,73-0,82 у L. x ucrainicus и 0,73-0,89 у L. corniculatus. Число полиморфных локусов (из 8 изученных) варьировало от 3-5 у L.frondosus (исключение - популяция из Туркмении, где было 7) до 6-8 у диплоидного L. stepposus и обоих тетраплоидных видов. Сходно с этим изменялось и среднее число аллелей на локус, варьирующее от минимальных значений у L. frondosus (2,0-3,3) до максимальных у L. x ucrainicus и L. corniculatus (7,6-9,8). Таким образом, диплоидные виды характеризовались меньшим генетическим полиморфизмом, чем тетраплоидные. Наименьшие значения всех показателей генетического разнообразия характерны для популяций L. frondosus (ЮВ Украины, Ниж.Поволжье, Туркмения) и L. krylovii (Зап.Казахстан, Алтайский край), что можно связать с их обособленностью, малыми размерами и, видимо, значительной ролью самоопыления в системе скрещивания. Использование метода кластеризации, реализованного в программе Structure, демонстрирует высокую степень обособленности всех 4 дипоидных видов как между собой, так и от популяций тетраплоидных видов. Одновременно различия между популяциями тетраплоидных видов невелики, как на внутри, так и на межвидовом уровне. По роду ковыль - Stipa (семейство злаки). Микросателлитный анализ. Протестированы 18 микросателлитных локусов: SP90, SP152, SP182, SP185, SP199, SP202, SP207, SP419, SP441, SP462, SP475 (Liu et al., 2011), Asi002, Asi024, Asi026, Asi043, Asi048, Asi061, Asi070 (Chen et al., 2008). Для дальнейших исследований отобраны 5 локусов (SP152, SP185, SP419, Asi024, Asi061), дающих устойчивые ПЦР продукты и обладающих достаточным уровнем полиморфизма. По этим 5 локусам проведен SSR-анализ 113 образцов ковылей, включающий выборки из трех популяций Stipa dasyphylla Trautv. (запад Ростовской области, Центрально-Чернозѐмный заповедник, Оренбургский заповедник), трех популяций Stipa ucrainica P.Smirn. (запад Ростовской области, заповедник Ростовский, Центрально-Чернозѐмный заповедник), трех популяций Stipa zalesskii Wilensky (запад Ростовской области, Центрально-Чернозѐмный заповедник, Оренбургский заповедник), одной популяции Stipa pontica P.Smirn. (урочище Утриш) и одной популяции неясной видовой принадлежности с запада Ростовской области. Последняя из перечисленных популяций по морфологическим признакам была сходна со Stipa pontica. Обработка данных (вычисление сходства образцов между собой и апостериорное переопределение образцов) показала, что образцы образуют единое облако, «края» которого образуют Stipa zalesskii, Stipa ucrainica и Stipa dasyphylla. Все восемь образцов из популяции с неясной видовой принадлежностью были отнесены программой к группе Stipa ucrainica, таким образом, находка в Ростовской области изолированной популяции Stipa pontica на данном этапе не подтверждается. Обращает на себя внимание резкое отличие образцов Stipa zalesskii, собранных на Урале от остальной выборки. Помимо отличий в составе аллелей микросателлитов, эти растения также характеризуются относительно узкими листьями со значительным для этого вида числом волосков на них. Межмикросателлитный анализ Изучены 4 популяции ковыля украинского (Stipa ucrainica) и 3 популяции ковыля Залесского (Stipa zalesskii) в Ростовской области. Комплексный подход с использованием морфологического анализа и анализа ISSR-фрагментов, проведенного в программах PaSt (Hammer et al., 2001) и Structure, однозначно подтвердил различия между этими двумя видами ковылей на территории Ростовской обл. Анализ хлоропластных участков ДНК trnF-trnL и ndhC-trnV. Было проведено тест-исследование оследовательностей хлоропластной ДНК у изучаемых видов ковылей Stipa dasyphylla, S. ucrainica, S. zalesskii и S. pontica. Для тестирования были взяты участки trnF-trnL (по два образца от каждого вида) и ndhC-trnV (по одному образцу от каждого вида). В результате были получены выравнивания длиной около 900 и 850 нуклеотидов, соответственно, но никаких отличий в последовательностях между видами обнаружено не было. Последовательность trnF-trnL изучена также у внешней группы, Achnatherum sibiricum (L.) Keng ex Tzvelev. Она не отличалась от последовательностей изученных видов ковылей. По роду подмаренник – Galium (семейство мареновые) Микросателлитный анализ Для видов Galium xeroticum Soo, G. biebersteinii Ehrend, G. octonarium Soo протестированы 12 пар универсальных микросателлитных праймеров (Hr06 – из работы Wang et al. 2008; Hrms003, Hrms004, Hrms010, Hrms012, Hrms014, Hrms018, Hrms021, Hrms023, Hrms025, Hrms026, Hrms028 – все из работы Jain et al. 2010). Проведен популяционно-генетический анализ 324 образцов Galium из 18 популяций с использованием этих микросателлитных маркеров. Проблемы при амплификации были обнаружены в Hr06, Hrms003, Hrms004, Hrms014, Hrms026, Hrms025, Hrms018, доля таких случаев в целом по матрице составила 1,53%.Число аллелей варьировало от 3 до 31 на локус, всего по 12 локусам было обнаружено 147 аллелей. Все исследованные образцы имели уникальные мультилокусные генотипы, однако в ряде случаев отличия между генотипами были только по 1 аллелю. Такие наиболее похожие образцы были, как правило, из одной популяционной выборки или из соседних выборок в рамках одного региона. Параметры генетического разнообразия сильно варьировали как между популяциями, так и между некоторыми районами. Наибольшее генетическое разнообразие отмечено в излучине р. Дона и в средней и северной частях Ростовской области. Уникальные аллели были обнаружены в популяциях G. xeroticum из Крыма. Часть редких аллелей, характерных для этого вида обнаружены и в некоторых популяциях G. octonarium. Частота их уменьшается при удалении от ареала G. xeroticum, что позволяет предположить интрогрессию со стороны этого вида. Генетическое разнообразие популяций связано с климатическими особенностями мест сбора популяционных выборок (R2 = 0.627, P<0.05). В целом при росте гумидности климата растет генетическое разнообразие популяций. Однако, для меловых популяций и популяций G. xeroticum эта тенденция не выполняется. Эти выборки характеризуются высоким генетическим разнообразием, но растут в относительно засушливых областях. По результатам анализа в программе Structure наиболее вероятно деление проанализированной выборки на 3 части: 1 часть соответствует G. xeroticum, две другие соответствуют комплексу G. biebersteinii + G. octonarium. Наши данные не позволяют разграничить эти виды с учетом их ареалов. Большая часть образцов имеет гибридный характер. При исключении из анализа популяций G. xeroticum исследуемая выборка распадается так же на 3 основных кластера. Первые два можно связать с G. biebersteinii и G. octonarium, однако четкого разделения и в данном случае не наблюдается – преобладают гибридные образцы. Третий кластер – представители мелового экотипа изучаемого комплекса. Сюда входят образцы из популяций, разделенных существенными расстояниями, но объединенных тем, что растут преимущественно на меловых или известковых субстратах. Анализ в программе Barrier позволил реконструировать наиболее сильно изолированные регионы и области существенного изменения популяционно-генетических характеристик. Изолированность меловых растений и самостоятельность G. xeroticum подверждается и этим методом. Мантель-тест для матрицы значений Fst и матрицы георгафических расстояний позволяет предположить значительный вклад изоляции расстоянием для внекрымских популяций (R2 = 0.712, P<0.05). Иерархический анализ молекулярной изменчивости показал, что большая часть изменчивости сконцентрирована на внутрипопуляционном уровне (65% в среднем по изученным локусам), на изменчивость между популяциями пришлось 35%. Межмикросателлитный анализ Проанализированы те же три вида группы Galium glaucum, представленные В Вост. Европе: G. xeroticum, G. bieberstenii и G. octonarium. Среди них только G. xeroticum относительно хорошо обособлен морфологически. Изучена изменчивость ISSR-маркеров в 20 природных популяциях. Во всех популяциях наблюдалась высокая генетическая изменчивость (доля внутрипопуляционной изменчивости 65%, межпопуляционной - 35%). Анализ в программе STRUCTURE выявил, что исследуемые данные разбиваются на два кластера: 1) кластер G. xeroticum; 2) кластер остальных популяций. Сделан вывод о присутствии общего генетического пула для G. octonarium и G. bieberstenii в Вост.Евпропе. Кроме того, наблюдается некоторое генетическое влияние G. xeroticum на ближайшие популяции других видов. Это влияние коррелирует с географическим расстоянием. Морфологический анализ Проанализированы гербарные коллекции ведущих российских гербариев (MW, LE, MHW) и сборы А.Борисюка за период 1938-2014 гг. (210 образцов). В качестве параметров приняты признаки, традиционно используемые в систематике подмаренников этой группы. В качестве климатических данных использованы данные по глобальной температуре в северном полушарии. Результаты корреляционного анализа позволили разбить исследованные признаки на: 1) имеющие сильную и достоверную связь с температурой; 2) связанные как с температурой, так и с годом сбора; 3) связанные с годом сбора, но не с температурой; 4) не связанные с исследуемыми параметрами. В период 1938-2014 годы чередовались более и менее теплые периоды, что отразилось на изученных морфологических признаках. Растения, собранные в периоды со сходными климатическими показателями по некоторым морфометрическим признакам обладали большим сходством, несмотря на существенную разницу во времени сбора, тогда как более близкие по времени сбора выборки могли различаться. Часть признаков вела себя иначе: кроме изменчивости, связанной с климатическими показателями, существует изменчивость, связанная с годом сбора. Общие размеры растений, длина листьев, количество паракладиев, их разветвленность и угол отхождения от оси старшего порядка увеличивались в теплые периоды и уменьшались в более холодные. При этом сохранялась тенденция к увеличению значений этих признаков вместе с увеличением средней температуры за весь изучаемый период (R= +0,55…+0,75, p?0,05). Разделение образцов вдоль первой оси при ординации методами главных компонент и главных координат в целом соответствует хронологической последовательности их сбора, тогда как разделение по второй оси соответствует разделению между сборами в более и менее теплые периоды. Таким образом существует несколько комплексов признаков, по-разному меняющихся во времени.Уровень различий между группировками, полученными по результатам ординации, приближается к уровню различий между некоторыми современными локальными популяциями, принадлежащими разным видам из группы G. glaucum s.l. По роду копеечник - Hedysarum (семейство бобовые) Морфологический анализ Морфологическая изменчивость копеечников изучена в семи выборках по 25 растений каждая. Выборки собраны в трех локалитетах (ЦП-1, ЦП-2 и ЦП-3) в Волгоградской области, где наблюдалось произрастание видов Hedysarum grandiflorum и H. cretaceum в непосредственной близости друг от друга. В каждой из этих трех точек взяты выборки обоих видов (всего 6 выборок). Дополнительно в другом районе Волгоградской области взята выборка из популяции H. cretaceum, произрастающей отдельно (ЦП-4). В выборках H. grandiflorum учтены значения 18 морфологических признаков, а в выборках H. cretaceum - только значения 6 количественных признаков венчика. Исследование изменчивости количественных морфологических признаков в популяцях H. grandiflorum и H. cretaceum не позволило установить четких морфологических различий между видами ни в одном из локалитетов. В пределах одной локальной популяции часто встречаются несколько вариантов опушения листовой пластинки и генеративного побега. Размахи изменчивости всех изученных признаков у двух изученных видов перекрываются. Ни по одному признаку достоверного различия средних у двух видов копеечников установлено не было. Анализ возрастной структуры ценопопуляций В сложении структуры популяций основная роль принадлежит генеративным особям (максимум численности в различных местообитаниях приходится на взрослую часть возрастного спектра). Большинство популяций были полночленные. Преобладание в ЦП-2 молодых особей и соответственно массовое развитие имматурных растений, связано, вероятно, с высокой семенной продуктивностью особей и хорошими условиями для прорастания семян. В ЦП-1 и ЦП-3 возрастные спектры относились к правостороннему типу и имели максимум на среднегенеративных и зрелых генеративных особях. Бимодальный возрастной спектр наблюдался в ЦП-2. В изученных популяциях число генеративных особей колебалось от 12,3 до 36,2 % (1,53 – 3,1 особей/м2). Незначительные колебания наблюдаются только в количественном соотношении растений разных возрастных состояний. Число старых генеративных особей во всех популяциях было низким (0,7 - 1,6%). Возрастные спектры H. cretaceum с территории Волгоградской области являются полночленными с максимумом численности, приходящимся на средневозрастные генеративные особи. Преобладание в ЦП-4 ювенильных растений, связано, вероятно, с высокой семенной продуктивностью особей и хорошими условиями для прорастания семян. Минимальное количество генеративных особей наблюдалось в ЦП-3 (12,3%) по сравнению с остальными популяциями. Число старых генеративных особей во всех популяциях было низким (0,7-1,6%). Доля особей постгенеративного периода развития составляла незначительную часть в возрастных спектрах изученных популяций. Все возрастные спектры относились к правостороннему типу и имели максимум на среднегенеративных и зрелых генеративных особях. По классификации «дельта-омега» популяции H. grandiflorum – зрелого типа, а популяции H. cretaceum распределились на переходные и зрелые: ЦП-1 и ЦП-4 являются зрелыми, а ЦП-2 и ЦП-3 - переходными. Высокие значения индекса эффективности свидетельствуют о достаточно хорошем и устойчивом состоянии популяций H. grandiflorum и H. cretaceum с территории Волгоградской области. Все популяции являются жизнеспособными при достаточном количестве генеративных особей, обеспечивающих семенное размножение. Незначительные колебания наблюдаются только в количественном соотношении одних и тех же онтогенетических состояний.
2 1 января 2015 г.-31 декабря 2015 г. Генетическая структура видов и видовых комплексов степных растений флоры Северной Евразии в географическом и таксономическом контексте-2
Результаты этапа:
3 1 января 2016 г.-31 декабря 2016 г. Генетическая структура видов и видовых комплексов степных растений флоры Северной Евразии в географическом и таксономическом контексте-2
Результаты этапа: Мультигенный филогенетический анализ рода Lotus по ядерным и пластидным маркерам ДНК подтвердил сведение родов Dorycnium и Tetragonolobus в синонимы к Lotus. Анализ пластидных данных выявил раннее расщепление рода Lotus на две клады: одну, включающую секцию Lotus и виды, традиционно относимые к роду Dorycnium, и вторую, объединяющую остальные виды рода. Первая клада («северная») имеет центр видового разнообразия в Европе и Сев. Азии, а вторая («южная») – в Макаронезии, Африке и Юж.Азии. Только «южная» клада выявляется по ядерным маркерам ITS и ETS. Обособление некоторых секций рода Lotus (например, Lotea, Pedrosia, Chamaelotus) поддержано всеми изученными маркерами, других (например, Lotus) – только частью маркеров, некоторых (например, Ononidium) – ни одним из маркеров. Кроме того, выявлены хорошо поддержанные клады, не выделяемые в классических системах. Установлено несколько случаев неконгруэнтности между пластидными и ядерными филогенетическими реконструкциями, и даже между данными по двум ядерным маркерам (ITS и ETS), возможно, возникших в ходе сетчатой эволюции. В прошлом, ареал рода Lotus претерпел как минимум один раунд фрагментации с последующей экспансией и обширным видообразованием, связанным со сложной историей Средиземноморского биома в целом. Опубликована статья: Kramina T.E., Degtjareva G.V., Samigullin T.H., Valliejo- Roman C.M., Kirkbride J.H., Jr, Volis S., Deng T., Sokoloff D. D. 2016. Phylogeny of Lotus (Leguminosae: Loteae): partial incongruence between nrITS, nrETS and plastid markers and biogeographic implications // Taxon, 65 (5): 997–1018. Проведен филогенетический анализ секции Lotus рода Lotus по маркеру trnF-L хп ДНК на матрице из 176 образцов, длина выравнивания 1049 п.о. Полностью был прочитан межгенный спейсер trnF-L и интрон гена trnL. Обнаружен протяженный индель (73 п.о.), охватывающий часть гена trnF и спейсера trnF-L. Построена сеть гаплотипов по межгенному спейсеру trnF-L и интрону гена trnL хп ДНК методом статистической парсимонии в программе TCS. Число копий протяженного инделя и их особенности являются основой филогеографического паттерна сети гаплотипов и хорошо согласуется с группами гаплотипов. Методом микросателлитного анализа по 8 локусам изучена генетическая структура шести видов комплекса Lotus corniculatus в Северной Евразии. Полученные данные сопоставлены с результатами морфологического анализа. Проведен морфологический, межмикросателлитный (ISSR) и микросателлитный (SSR) анализы ковылей группы родства Stipa dasyphylla, собранных в Крыму в 2015 г. Полученные результаты сравнены с ранее полученными данными, проведен анализ обобщенных данных по Европейской части России с включением материала по Крыму. Изучены возрастные спектры в популяциях копеечников Hedysarum grandiflorum и H. rasoumovianum Волгоградской области. Обобщены данные по возрастным спектрам копеечников за три года (2014-2016 гг). Изучена генетическая структура копеечников Hedysarum grandiflorum, H. gmelinii и H. argyrophyllum по составу ISSR маркеров и последовательностей участка rpl32-trnL на Южном Урале. Построена сеть гаплотипов хлоропластного спейсера rpl32-trnL методом статистической парсимонии в программе TCS. Подготовлена и принята в печать статья А.А.Борисюк, И.А.Шанцер «Таксономическая структура и генетическая дифференциация в группе Galium glaucum L. s. l. (Rubiaceae) в Восточной Европе» // Ботанический журнал.

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".