ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
|
ИПМех РАН |
||
В проекте предполагается развитие и применение методов расчета поверхностей свободной энергии химических реакций в белках с использованием молекулярной динамики с силами, рассчитанными из первых принципов квантовой теории. Значимость подобных расчетов, прежде всего, объясняется тем, что с экспериментальными данными необходимо сопоставлять те характеристики процессов, которые определяются поверхностями свободной энергии. Пути минимальной энергии, традиционно вычисляемые методами квантовой химии или квантовой механики – молекулярной механики (КМ/ММ) представляют лишь первую стадию моделирования. Кроме того, для процессов в больших системах, таких как белковые макромолекулы, концепция единственного переходного состояния на поверхности потенциальной энергии может оказаться некорректной; при этом скорость реакции определяется как средняя по ансамблю различных элементарных процессов с участием множества переходных состояний. В таких случаях необходимо использование подходов, учитывающих конформационную подвижность участников реакции. В данной работе планируется с помощью методов молекулярной динамики исследовать химические процессы в активных центрах ферментов и флуоресцентных белков с целью направленной регуляции их биологических функций. В проекте предполагается активное использование метода КМ/ММ для расчета сил. Современные методы молекулярного моделирования на основе теории КМ/ММ позволяют предсказывать структуру белков и энергетические барьеры реакций с точностью, сопоставимой с результатами экспериментальных исследований, и оказывать им значительную поддержку. Ввиду своей вычислительной сложности, метод КМ/ММ сравнительно недавно начал использоваться для молекулярно-динамического моделирования реакций в белках, поэтому планируется провести тщательное тестирование данного подхода и определить условия его эффективного применения. В качестве исследуемых процессов выбраны реакция деактивации активной формы белка asFP595 и его мутантов, а также каталитический гидролиз нуклеозидтрифосфатов. Для вычислений предполагается активное использование суперкомпьютеров научно-исследовательского вычислительного центра МГУ СКИФ «Чебышев» и «Ломоносов».
грант РФФИ |
# | Сроки | Название |
1 | 1 января 2014 г.-31 декабря 2014 г. | Развитие и применение компьютерных методов расчета поверхностей свободной энергии для химических реакций в белках на основе молекулярно-динамических подходов с квантовыми силами |
Результаты этапа: В проекте предполагается развитие и применение методов расчета поверхностей свободной энергии химических реакций в белках с использованием молекулярной динамики с силами, рассчитанными из первых принципов квантовой теории. Значимость подобных расчетов, прежде всего, объясняется тем, что с экспериментальными данными необходимо сопоставлять те характеристики процессов, которые определяются поверхностями свободной энергии. Пути минимальной энергии, традиционно вычисляемые методами квантовой химии или квантовой механики – молекулярной механики (КМ/ММ) представляют лишь первую стадию моделирования. В данной работе планируется с помощью методов молекулярной динамики исследовать химические процессы в активных центрах ферментов и флуоресцентных белков с целью направленной регуляции их биологических функций. В проекте предполагается активное использование метода КМ/ММ для расчета сил. Современные методы молекулярного моделирования на основе теории КМ/ММ позволяют предсказывать структуру белков и энергетические барьеры реакций с точностью, сопоставимой с результатами экспериментальных исследований, и оказывать им значительную поддержку. Ввиду своей вычислительной сложности, метод КМ/ММ сравнительно недавно начал использоваться для молекулярно-динамического моделирования реакций в белках, поэтому планируется провести тщательное тестирование данного подхода и определить условия его эффективного применения. В качестве исследуемых процессов выбраны реакция деактивации активной формы белка asFP595 и его мутантов, а также каталитический гидролиз нуклеозидтрифосфатов. Для вычислений предполагается активное использование суперкомпьютеров научно-исследовательского вычислительного центра МГУ СКИФ «Чебышев» и «Ломоносов». | ||
2 | 1 января 2015 г.-31 декабря 2015 г. | Развитие и применение компьютерных методов расчета поверхностей свободной энергии для химических реакций в белках на основе молекулярно-динамических подходов с квантовыми силами |
Результаты этапа: На втором этапе было проведено исследование процесса гидролиза молекулы ГТФ в активном центре белкового комплекса Ras-GAP с участием мутантной формы G13V. С помощью методов молекулярной динамики с использованием подхода КМ/ММ было показано, что в данная мутация увеличивает барьер реакции на ~3 ккал/моль, что соответствует экспериментальному замедлению процесса гидролиза на два порядка. Также на примере реакции гидролиза ГТФ белковым комплексом Ras-GAP было исследовано влияние конфигурации белка на профиль потенциальной энергии. С помощью многомерного метода зонтичной выборки был изучен рельеф ППЭ реакции. Было показано наличие двух конфигураций активного центра белка, характеризующихся различной стабильностью в областях реагентов и продуктов реакции и отвечающих различным профилям потенциальной энергии реакции. |
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".