ИСТИНА

Из полученных в прошлом году 140 млн пар чтений Illumina с 9 библиотек с кинетикой активации от 30 минут до 6 часов получена финальная фильтрованная сборка транскриптома целомоцитов морской звезды. Она содержит 13003 контига (из них 9368 имеют длину >= 1000 bp) общей длиной 28,5 Gb. N50 сборки = 2933, N75 = 1936, GC = 44.74%, медиана среднего покрытия по контигу 79. Аннотировано около 80% транскриптов сборки. Составлена таблица транскриптов морской звезды, кодирующих белки со значимыми гомологиями с белками млекопитающих, имеющих отношение к защитным реакциям. Среди них минимум 5 Толл-родобных рецепторов (TLR), адаптерная молекула MyD88, минимум 8 NOD-подобных рецепторов (NL)R, минимум 16 скавенджер-рецепторов (SRCR), гомологи генов RAG-1 и RAG-2, транскрипционного фактора NFkB, компонентов комплемента B, C2 и C3, рецепторов цитокинов суперсемейств TNFR, TGFbR и VEGFR, рецептов цитокинов IL-1 и IL-17, пероксидазы и NO-синтазы, катепсинов B, L, O, X, Z, гранзимов. Проведен количественный анализ экспрессии всех транскриптов в ответ на LPS in vitro: было выделено 6 дифференциально экспрессирующихся генов из нашего транскриптома. Для каждого проверили транскриптомную сборку секвенированием по Сэнгеру протяженного фрагмента. На 5 из них удалось написать праймеры и экспрессия подтверждена qRT-PCR. Проведен опыт с in vivo активацией целомоцитов LPS и бактериями E. coli: показано, что реакция на стресс в in vitro опыте вносит больший вклад в изменение экспрессии, чем ответ на LPS. С помощью qRT-PCR показано значимое изменение экспрессии в ответ на E. coli и LPS in vivo для 3 из 6 выбранных генов.