![]() |
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
НИР посвящена разработке экспресс-метода определения пространственной структуры ДНК-олигонуклеотидов, образующих G-квадруплексы. G-квадруплексы как структурный элемент часто встречаются в ДНК-аптамерах – специфических регуляторах ферментов и факторов роста, лежащих в основе нового класса синтетических лекарственных средств. Основная идея метода состоит в использовании спектроскопии кругового дихроизма как простого экспериментального метода, чувствительного к пространственной структуре молекулы. Для интерпретации спектров кругового дихроизма и их сопоставления с данными моделирования молекулярной динамики была разработана и программно реализована модель диполь-дипольных взаимодействий, позволяющая рассчитать спектры кругового дихроизма на основе координат атомов. Таким образом, метод является комбинированным и состоит из трех связанных подходов: 1) моделирование молекулярной динамики, в ходе которого выявляются наиболее представленные конформации интересующих олигонуклеотидов, 2) регистрация спектров кругового дихроизма данных олигонуклеотидов и 3) соспоставление экспериментальных спектров кругового дихроизма с расчетными спектрами, полученными с помощью модели диполь-дипольного взаимодействия на основе данных моделирования молекулярной динамики.
В ходе проекта выявлена зависимость устойчивости структуры от топологии квадруплекса, показана связь между устойчивостью структуры и свойствами сигнала кругового дихроизма, установлена роль гетерогенности конформаций в формировании спектра кругового дихроизма.
грант РФФИ |
# | Сроки | Название |
1 | 6 февраля 2014 г.-31 декабря 2014 г. | Исследование пространственной структуры ДНК-аптамеров к тромбину с помощью комплексного метода на основе спектроскопии кругового дихроизма |
Результаты этапа: 1. Получены преобладающие конформации олигонуклеотидов с PDB ID 2kaz, 1kf8, 2lby, 1f3s 2. Зарегистрированы спектры КД 3. Разработана модель диполь-дипольных взаимодействий для расчета спектров КД олигонуклеотидов на основе полученных конформаций. | ||
2 | 30 октября 2015 г.-31 декабря 2015 г. | Исследование пространственной структуры ДНК-аптамеров к тромбину с помощью комплексного метода на основе спектроскопии кругового дихроизма |
Результаты этапа: 1. Разработан способ квантово-химического расчета кругового дихроима квадруплексных структур. 2. Выявлены закономерности, связывающие круговой дихроизм квадруплексов с их топологией. 3. При сравнении классической модели и результатов квантово-химического расчета выявлен вклад фактора диполь-дипольного взаимодействия в круговой дихроизм квадруплексов. |
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".