|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Создание реакционноспособных аналогов олигонуклеотидов для необратимого ингибирования ДНК-связывающих белков и изучения строения ДНК-белковых комплексовНИР
- Руководитель НИР: Королев С.П.
- Участники НИР: Анисенко А.Н., Зацепин Т.С.
- Подразделение: Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
- Срок исполнения: 27 июня 2012 г. - 31 декабря 2013 г.
- Номер договора (контракта, соглашения): 12-04-31630 мол_а
- Номер ЦИТИС: 01201271305
- Тип: Фундаментальная
- Приоритетное направление научных исследований: Геномика, протеомика. Белковая и генная инженерия. Трансгеноз, генотерапия. Молекулярная медицина.
- ПН России: Науки о жизни
- Направление технологического прорыва России: Медицинские технологии и лекарственные средства
-
Рубрики ГРНТИ:
- 31.23.27 Пептиды, белки
- 31.23.29 Нуклеиновые кислоты и их компоненты
- 31.27.15 Структура и функции биополимеров
-
Ключевые слова:
олигонуклеотид, интеграза, вирус иммунодефицита человека, пептид, пенообразующий вирус человека
-
Описание:
Разработать методы синтеза ранее неописанных олигонуклеотидов, содержащих в С5-положении пептид Gly-Gly-His (ATCUN); провести синтез набора модифицированных ДНК-субстратов интегразы ПВЧ с учетом анализа данных литературы.
-
Основные результаты:
1. Было опробовано три метода получения конъюгатов олигонуклеотидов с пептидом Gly-Gly-His (ATCUN): присоединение аминокислотных блоков к иммобилизованному олигонуклеотиду с амино-содержащим линкером; синтез 2’-дезоксиуридинового фосфорамидитного производного с присоединенным пептидом; циклоприсоединение между ATCUN-пептидом с азидной группировкой и алкин-содержащим олигонуклеотидом. К сожалению, первые два способа получения конъюгатов не привели к желаемым результатам вследствие низких выходов продуктов реакций присоединения, а также потерь при снятии защитных группировок. Тем не менее использование третьего подхода позволило получать конъгаты с выходами до 90-95%. 2. Был проведен анализ структуры интасомы ПВЧ с использованием данных рентгено-структурного анализа с целью выбора положений ДНК-субстрата, которые сближены с аминокислотными остатками интегразы ПВЧ. 3. Проведен синтез двух наборов модифицированных ДНК-субстратов интегразы ПВЧ, содержащих ATCUN-пептиды в первом, седьмом и одиннадцатом положениях процессируемой цепи, а также в третьем и пятом положениях непроцессируемой цепи, различающихся длиной линкера между олигонуклеотидом и пептидом.
- Добавил в систему: Зацепин Тимофей Сергеевич
Источник финансирования НИР
| грант РФФИ |
Этапы НИР
| # | Сроки | Название |
| 1 | 27 июня 2012 г.-31 декабря 2013 г. | Создание реакционноспособных аналогов олигонуклеотидов для необратимого ингибирования ДНК-связывающих белков и изучения строения ДНК-белковых комплексов |
| Результаты этапа: На данном этапе была отработана методика синтеза конъюгатов олигонуклеотидов с ATCUN-пептидами, позволяющими генерировать кислородные радикалы в присутствии ионов двухвалентной меди. Введенные в состав ДНК-субстратов различных белков ATCUN-пептиды будут способны катализировать окислительную деструкцию белков в комплексе с ДНК. Отработка условий получения конъюгатов позволила выбрать реакцию циклоприсоединения между ATCUN-пептидом с азидной группировкой и алкин-содержащим олигонуклеотидом как наиболее эффективную. С использованием данной методики было синтезировано два набора из пяти аналогов ДНК-субстратов ИН ПВЧ, различающихся структурой линкера между ATCUN-пептидом и олигонуклеотидом. Причем если в случае 5-этинил-2’-дезоксиуридиновых производных выходы конъюгатов составляли порядка 40-60%, то в случае использования октан-1,6-дииновых производных выходы конъюгатов достигали 90-95%. | ||
| 2 | 1 января 2013 г.-31 декабря 2013 г. | Создание реакционноспособных аналогов олигонуклеотидов для необратимого ингибирования ДНК-связывающих белков и изучения строения ДНК-белковых комплексов |
| Результаты этапа: | ||
Прикрепленные к НИР результаты
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".