| 1 |
1 января 2012 г.-31 декабря 2012 г. |
Геном внутриклеточного гиперпаразита Amphiamblys sp.: анализ методом тотальной геномной амплификации и секвенирования нового поколения. |
| Результаты этапа: Выполнен первый этап работы с Amphiamblys sp., заключающийся в подготовке образцов ДНК к секвенированию на платформе Illumina. За период работы над проектом в 2012 году проведена работа по выделению ДНК из фиксированного материала Amphiamblys sp., успешно поставлена тотальная геномная амплификация выделенных образцов, и выполнена предварительная оценка состояния амплифицированного материала при помощи ПЦР со специфическими праймерами. Результат секвенирования и последующего филогенетического анализа продуктов ПЦР согласуется с полученным ранее результатом о близком родстве Amphiamblys sp. и микроспоридий, и позволяет рассчитывать на успешное выполнение второго этапа работы – геномного секвенирования. |
| 2 |
1 января 2013 г.-31 декабря 2013 г. |
Геном внутриклеточного гиперпаразита Amphiamblys sp.: анализ методом тотальной геномной амплификации и секвенирования нового поколения. |
| Результаты этапа: В 2013 году получен основной результат завершающегося проекта – собран частичный геном гиперпаразита Amphiamblys sp. Это первые геномные данные из эволюционно значимой, но крайне малоисследованной группы микроспоридий – мечниковеллид. Геномное секвенирование проводилось на платформе Illumina для образцов наработанных методом тотальной геномной амплификации замещением цепей из следовых количеств материала. Всего было секвенировано и обработано 4 библиотеки, две из которых использованы в финальной сборке. Результат сборки представляет собой метагеном с неравными долями целевого объекта, прокариотической и эукариотической контаминации. Частичный геном Amphiamblys sp. выделен из сборки при помощи подходов опирающихся на особенности нуклеотидных последовательностей и кодируемых ими генов. Суммарный размер выделенных последовательностей составляет 3.2 миллиона пар оснований, а оценка полноты около 90%. В частичном геноме Amphiamblys sp. предсказано около 2100 генов, и проведен их предварительный сравнительный анализ. Для проведения филогенетического анализа были собраны выравнивания из более трехсот генов с общей длиной в 95 тысяч позиций. Реконструированное дерево помещает Amphiamblys sp. в самое основание группы микроспоридий, а тестирование топологий с использованием новых данных позволяет полностью разрешить вопрос о ранней радиации в группе Holomycota. |
