Аннотация:Рибосомный туннель (РТ) соединяет пептидилтрансферазный центр (ПТЦ) рибосомы с ее поверхностью. Он не только направляет растущие полипептидные цепи вновь синтезируемых белков к сайтам их первичного процессинга, но и служит местом специфического связывания с рибосомой нескольких классов антибиотиков, поддавляющих синтез белка. В самое последнее время было установлено, что селективность и эффективность воздействия этих антибиотиков на рибосому есть результат целой сети взаимодействий между собственно ингибитором трансляции, аминокислотными остатками растущей в РТ полипептидной цепи и "стенками" РТ, образованными преимущественно нуклеотидными остатками рибосомной РНК (рРНК). Механизм этих процессов пока еще не известен.
С целью изучения межмолекулярных взаимодействий в РТ в нашей лаборатории были синтезированы десятки аминокислотных и пептидных производных различных антибиотиков (преимущественно макролидов и хлорамфеникола), которые позволяют смоделировать поведение элементов растущей полипептидной цепи белка в этом функциональном центре рибосомы. Изучение взаимодействия полученных соединений с рибосомой проводилось с помощью комплекса биохимических и физико-химических методов, а также с помощью методов моделирования молекулярной динамики. Полученные результаты выходят за рамки первоначально поставленной задачи: они позволяют получить ответ на вопрос, каким образом в рибосоме может происходить передача аллостерических функциональных сигналов.