A new Pedinophyceae species discovered in picoplanktonic eDNA from the White Seaтезисы доклада Тезисы

Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 22 февраля 2019 г.

Работа с тезисами доклада


[1] A new pedinophyceae species discovered in picoplanktonic edna from the white sea / I. A. Milyutina, T. A. Belevich, L. V. Ilyash, A. V. Troitsky // Contributions to the 5th Moscow International Conference “Molecular Phylogenetics and Biodiversity Biobanking” / Ed. by Л. Ю. Русин, А. В. Троицкий. — Molecular Phylogenetics. — Torus Press, Moscow, Russia, 2018. — P. 96–98. В eDNA проб пикопланктона, собранных в Кандалакшском и Онежском заливах Белого моря, с помощью NGS определена частичная последовательность ядерной рДНК (nc-rDNA) SSU (вариабельная область V4), по данным BLAST близкую к некультивируемым Pedinophyceae. Эта последовательность на 94-95% сходна с V4 видов Marsupiomonadales - Marsupiomonas pellucida и Protoeuglena noctilucae и на 90% идентична видам Pedinomonadales - Pedinomonas minor и P. tuberculata. (Protoeuglena noctilucae, эндосимбионт морских динофлагеллятов Noctiluca scintillans, до изучения Wang et al., 2016, рассматривали как Pedinomonadales species Pedinomonas noctilucae). Основываясь на этой вновь установленной последовательности, была разработана стратегия ПЦР для получения последовательности оперона nc-rRNA (5298 пар оснований, включая 18S, 5,8S и частичную 28S рДНК) этого недавно обнаруженного некультурированного Pedinophyceae. Затем, была определена частичная последовательность 23S рДНК хлоропластов из тех же проб и принадлежащая к тому же некультивируемому образцу Pedinophyceae. На филогенетических деревьях 18S рДНК вновь обнаруженного организма занимает сестринское положение к Marsupiomonas; То же самое справедливо и для деревьев по ядерным рРНК-оперонам и пластидным 23S-рДНК-. Это позволило нам предварительно обозначить образец как новый вид Marsupiomonas WS, который, однако, не может быть описан формально из-за отсутствия для него морфологических характеристик. Возможно, этот вид представляет собой отдельный род Marsupiomonadaceae. Во вторичной структуре 18S рРНК несколько общих структурных особенностей различают вид от других Marsupiomonadales, Marsupiomonas и Protoeuglena noctilucae, и от Pedinomonadales (Pedinimonas minor и P. tuberculata). Анализ некоторых шпилек 18S рРНК Marsupiomonas WS показал их сходство как с другими видами Marsupiomonas, так и с Protoeuglena noctilucae.

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть