Теоретические подходы к оценке специфического межмолекулярного взаимодействия в ДНК-белковых комплексахстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Информация о цитировании статьи получена из
Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 28 мая 2015 г.
Аннотация:Для трехмерных структур ДНК-белковых комплексов формализовано понятие ДНК-узнающего сегмента белка. Предложены алгоритмы вычисления двух показателей, характеризующих взаимодействие ДНК-узнающего сегмента белка с большой бороздкой ДНК: показателя водородных связей и показателя гидрофобного взаимодействия. ДНК-узнающие сегменты белков в трехмерных структурах комплексов классифицированы по двум показателям взаимодействия с большой бороздкой ДНК. Эти данные сопоставлены с классификацией соответствующих ДНК-узнающих доменов по структуре. Вычислен вклад каждой пары аминокислотный остаток-основание во взаимодействие белка с ДНК по большой бороздке.