КОНСЕРВАТИВНЫЕ ОСОБЕННОСТИ СТРУКТУР КОМПЛЕКСОВ ДОМЕНОВ СЕМЕЙСТВА ETS С ДНКстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Информация о цитировании статьи получена из
Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 25 апреля 2017 г.
Аннотация:ETS-белки – широко распространенные транскрипционные факторы, регулирующие экспрессию многих важных генов животных. Структурно ETS-белки характеризуются наличием консервативного ДНК-связывающего ETS-домена, узнающего последовательности ДНК, содержащие тринуклеотид GGA. Нами проведен сравнительный анализ структурных особенностей ДНК-белковых комплексов ETS-доменов с сайтами их связывания, выявлены консервативные связи доменов с ДНК, наиболее важные с точки зрения стабильности и специфичности взаимодействия. Анализ позволил идентифицировать 9 консервативных водородных связей с кислородами фосфатных групп и 2 консервативные бидентантные связи с атомами большой бороздки ДНК, один консервативный гидрофобный кластер на ДНК-белковом интерфейсе, важный для узнавания сайта связывания, и 12 консервативных молекул воды, возможно, опосредующих взаимодействие ETS-доменов с ДНК. Результаты анализа представлены в специализированной базе данных комплексов белков с нуклеиновыми кислотами NPIDB.