Restriction-Modification systems interplay causes avoidance of GATC site in prokaryotic genomesстатья
Информация о цитировании статьи получена из
Web of Science,
Scopus
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 19 июля 2016 г.
Аннотация:Палиндромы часто бывают недопредставлены в прокариотических геномах. Палиндромный сайт 5′-GATC-3' узнаётся несколькими различными системами рестрикции-модификации (РМ-системами), а также одиночной метилтрансферазой Dam. Классические GATC-специфические РМ-системы метилируют GATC и разрезают неметилированый GATC. Наоборот, метилзависимые эндонуклеазы рестрикции типа II разрезают именно метилированный GATC. Метилирование GATC метилтрансферазой Dam вовлечено в регуляцию различных процессов. Разнообразие функций GATC-узнающих белков делает последовательность GATC хорошей моделью для изучения причин избегания палиндромов в прокариотических геномах.
В настоящей работе влияние РМ-систем и одиноких белков на избегание GATC описано математической моделью. Избегание GATC сильно ассоциировано с присутствием генов альтернативных (метилзависимых или классических) РМ-систем типа II в разных штаммах одного вида. мы показали этот эффект для четырёх видов бактерий: Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, Eubacterium rectale и Moraxella catarrhalis. Мы предполагаем, что избегание GATC является следствием обмена генетическим материалом между штаммами с разным статусом метилирования этого сайта. Если эта гипотеза верна, избегание GATC может служить признаком такого обмена в смешанной популяции бактерий.