|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Микробиом природных и антропогенно-нарушенных почв национального парка Кат-тьен (Южный Вьетнам)тезисы доклада
- Авторы: Абакумов Е.В., Зверев А., Андронов Е., Еськов А.
- Сборник: VI Пущинская школа-конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов». Материалы конференции
- Тезисы
- Год издания: 2019
- Место издания: Издательство Вода: химия и экология Москва
- Первая страница: 12
- Последняя страница: 13
- Аннотация: Параметры биоразнообразия микроорганизмов для влажных тропических лесов остаются слабоизученными. В первую очередь это касается микробиома почв, который включает в себя до 95 % всего разнообразия микророганизмов наземных экосистем. Применение методов высокопроизводительного метагеномного секвенирования позволяет выйти при изучении почвенного микробиома на новый методологический уровень и перейти к анализу больших массивов данных, а также к ревизии таксономического состава микробиоты. В связи с этим проведены исследования почв Национального парка Катьен, южная часть Вьетнама. Пробы отбирались из почв и почвоподобных образований нескольких экотопов: природных наземных почв, природных эпифитных почв и антропогенно-нарушенных почв (карьеры, лесопосадки, точечные антропогенные нарушения). Выделение тотальной ДНК проводили из навески почвы массой 0.5 г при помощи набора реагентов FastDNA SPIN Kit for soil (―MP Biomedicals‖) по методике производителя с модификацией на этапе гомогенизации. Гомогенизацию образца проводили на гомогенизаторе Precellus 24 в течение 30 с при 6500 об./мин. Оценку численности бактерий, архей и грибов в почве осуществляли с помощью количественной полимеразной цепной реакции (ПЦР) их рибосомальных генов в амплификаторе iCycler (Bio-Rad). Для приготовления библиотек гена 16S рРНК в каждой пробе ДНК проводили амплификацию с универсальными праймерами на вариабельный участок гена 16S рРНК V3–V4: F515 (GTGCCAGCMGCCGCGGTAA) и R806 (GGACTACVSGGGTATCTAAT) с добавлением служебных последовательностей по технологии ―Illumina‖. Библиотеки секвенировали в соответствии с инструкцией изготовителя на приборе Illumina MiSeq c использованием набора реактивов MiSeq Reagent Kit v3 (600 cycle) с двусторонним чтением. Обработку данных секвенирования осуществляли при помощи программного пакета QIIME. Изучены почвы в классическом понимании – черные слитые и красноземные, а также почвах в местах антропогенного нарушения (зарастающие карьеры и рекультивационные лесопосадки), а также подвешенные почвы, образующиеся в сообществах сосудистых эпифитов в кронах деревьев, характерные для тропических лесных экосистем. Количество рибосомальных генов микроорганизмов было максимальным в эпифитных почвенных образованиях и минимальным в антропогенно-нарушенных почвах. Наземные органоминеральные почвы занимали промежуточное положение между указанными типами объектов. Аналогичные тенденции были характерны для величин индекса Шеннона. Установлено, что в целом, на уровне филумов, микробиологическое разнообразие всех типов почв сходно. Представители следующих филумов являются доминирующими: Proteobacteria, Verrucomicrobia, Acidobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes. В целом, представители данных филумов обычно являются доминирующими в тропических лесах. По параметрам биоразнообразия, между тем, исследованные объекты разделяются как минимум на три кластера: наземные органо-минеральные почвы, почвы антропогенно-нарушенных экосистем и подвешенные почвы. Связано, это, в первую очередь, с уровнями трофности сообществ. Так, наиболее обеспеченными азотом являются именно подвешенные почвы. Наиболее кислыми являются наземные почвы, что выражается в повышенном количестве ацидобактерий. В целом, полученные данные существенно дополняют сведения о микробиоме целинных минеральных почв данной территории (Chernov et al., 2019), а также о специфике эпифитного почвообразования во влажных тропических лесах Южного Вьетнама (Rodina et al, 2019).
- Добавил в систему: Еськов Ален Кямалович