Алгоритм сочетания хромато-масс-спектрометрического ненаправленного профилирования и многомерного анализа для выявления веществ-маркеров в образцах сложного составастатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 16 декабря 2020 г.
Аннотация:Лавинообразное развитие методов статистической обработки данных, вычислительных мощностей, техники хромато-масс-спектрометрического анализа и омиксных технологий в последние десятилетия так и не привело к созданию унифицированного протокола для ненаправленного профилирования. Влияние систематических ошибок снижает воспроизводимость и достоверность результатов исследования, одновременно затрудняя объединение и анализ данных масштабных многодневных хромато-масс-спектрометрических экспериментов. В работе предложен алгоритм проведения омиксного профилирования для выявления потенциальных веществ-маркеров в образцах сложного состава на примере анализа образцов мочи разных клинических групп пациентов. Профилирование проведено методом жидкостной хромато-масс-спектрометрии. Выбор маркеров проводили методами многомерного анализа, в том числе машинного обучения и отбора переменных. Тестирование подхода выполняли с использованием независимого набора данных алгоритмами кластеризации и проецирования на главные компоненты.