|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Влияние вязкости среды на формирование пространственной структуры полипептидовтезисы доклада Тезисы
- Авторы: ЭРЕНДЖЕНОВА А.А., АРМЕЕВ Г.А., ШАЙТАН К.В.
- Сборник: VI школа молодых учёных «Современные методы электронной, зондовой микроскопии и комплементарных методов исследованиях наноструктур и наноматериалов». г. Черноголовка, 5 – 6 сентября 2020г. Том 1
- Том: 1
- Тезисы
- Год издания: 2020
- Место издания: ФНИЦ «Кристаллография и фотоника» РАН Москва
- Первая страница: 83
- Последняя страница: 84
- DOI: 10.37795/RCEM.2020.93.86.030
- Аннотация: ISBN 978-5-6045073-1-5 (т.1)DOI: 10.37795/RCEM.2020.93.86.030Молекулярная динамика формирования уникальной пространственной структуры биополимеров [1] является ключом к пониманию общих закономерностей формирования 3Dструктур биологически активных макромолекул и, в перспективе, может стать одним из эффективных методов структурной биологии. В работе методами молекулярной динамики при различных значениях параметров виртуальной среды был изучен фолдинг модельных полипептидных последовательностей, состоящих из 50 и 150 аминокислотных остатков с чередованием аланина и глицина. Стартовые конформации соответствовали полностью развернутой структуре цепи. Изменение диссипативных свойств среды моделировалось за счет вариации параметров ланжевеновского термостата. Длина траекторий фолдинга составляла 2 нс для 50 остатков, 2 и 4 нс для цепи из 150 остатков. Показано, что сворачивание рассмотренных полипептидных последовательностей при эффективной вязкости среды порядка вязкости воды происходит преимущественно в альфа-спиральные конформации. Уменьшение вязкости среды ниже некоторого порога приводит к сворачиванию в случайную конформацию (рис.1).Наблюдаемые эффекты вязкости находятся в согласии с развитыми ранее представлениями о корреляции конформационных движений, вызванных диссипативными силами [2,3].Данная работа была поддержана РФФИ (грант No18-02-40010).[1]А.В. Финкельштейн и О. Б. Птицын, Физика белка (М., 2002).[2] К.В. Шайтан, Биофизика 63, 629 (2018).[3] К.В. Шайтан, Ф. Ю. Попеленcкий, Г.А. Аpмеев, Биофизика 62, 443 (2017).
- Добавил в систему: Шайтан Константин Вольдемарович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | пдф, стр.83 | RCEM2020_V1_s.83.pdf | 382,7 КБ | 22 октября 2020 [ShaitanKV] |
| 2. | Полный текст | пдф, стр.84 | RCEM2020_V1_s.84.pdf | 263,5 КБ | 22 октября 2020 [ShaitanKV] |