|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Сравнительный анализ 3D-структур белков на GPU: ре-имплементация алгоритма МАТТ на CUDAстатья
- Авторы: Тимохин И.А., Суплатов Д.А., Попова Н.Н., Швядас В.К., Воеводин Вл В.
- Сборник: Суперкомпьютерные дни в России : Труды международной конференции. 21–22 сентября 2020 г., Москва / Под. ред. Вл. В. Воеводина
- Год издания: 2020
- Издательство: ООО "МАКС Пресс"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 147
- Последняя страница: 148
- Аннотация: В докладе рассматривается ре-имплементация популярного алгоритма MATT с поддержкой CUDA и проводится оценка потенциала новой программы для решения задач биологии.Для тестирования выполненной реализации использовались следующие системы: двухпроцессорный сервер на основе Intel Xeon E5-2630v4 с nVidia GeForce RTX2080Super ASUS ROG-STRIX 8192Mb; один узел раздела «pascal»суперкомпьютера «Ломоносов-2», содержащий Intel Xeon E5-2697 v3 и две Tesla P100, из кото-рых использовалась только одна видеокарта; вычислительный кластер ВМК МГУ, содер-жащий 5 узлов на основе двух процессоров POWER8 и двух графических ускорителей NVIDIATesla P100, из которых использовался один узел и один графический ускоритель. Предвари-тельные результаты продемонстрировали существенные преимущества новой GPU-версии ал-горитма МАТТ по сравнению с исходной CPU-версией : использование современного GPUпозволяет получить ускорение до 3 раз на отдельных выборках.
- Добавил в систему: Попова Нина Николаевна