Модель комплекса РНК-полимеразы вируса SARS-CoV-2 с фавипиравиромстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 8 сентября 2021 г.
Аннотация:Методами молекулярного моделирования построена модель многодоменного комплекса, объясняющая механизм ингибирующего действия фавипиравира на РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp) коронавируса SARS-CoV-2. В качестве начальных атомных координат использованы данные криоэлектронной микроскопии для апо-формы RdRp вируса SARS-CoV-2 и данные по структуре RdRp вируса гепатита C. После соответствующих замен сконструирован комплекс RdRp, содержащий цепочки РНК, и потенциальный ингибитор фермента – фавипиравир в форме рибозатрифосфата. Методами молекулярной динамики оптимизирована структура комплекса в водныхоболочках, включающая более ста тысяч атомов. Анализ активного центра с включенной молекулойфавипиравира позволяет объяснить химическую реакцию фермента с ингибитором.